Для синхронизации выбрал сначала папку X, затем передумал и выбрал папку Y. Яндекс.Диск синхронизирует содержимое локальной папки самостоятельно, т.е. не ожидая запроса пользователя.
Вследствие этого, обе папки теперь почти идентичны. Почти — потому что синхронизацию можно остановить. Хотя, надо полагать, этот сценарий синхронизации локальных папок с помощью Яндекс.Диска не является 100% очевидным.
Чтобы вернуться в исходное состояние, придётся откатиться на точку восстановления.
Вывод: прежде чем играться с Яндекс.Диском, настройте архивацию и восстановление данных и убедитесь, что вы сможете восстановить данные, которые случайно будут испорчены этой программой.
Пожелание: сделать виджет для Windows (Vista/7).
Автор: sfunx