Неизвестны точные методы умерщвления — согласно одним данным, детей удушили выхлопными газами в фургонах, согласно другим, их похоронили заживо. Советские военные вместе с врачами добрались до могилы через полгода после зверской казни, когда город был освобожден. Как следует из рассекреченных отчетов, тела были сброшены в яму беспорядочно, многие имели различные травмы, но несерьезные. Огнестрельных ранений или тяжких увечий на телах не было обнаружено. Вместе с детьми в землю закопали личные вещи, а также костыли — почти все убитые были инвалидами. Национальный состав воспитанников детского дома Ейска был очень разнообразным: русские, грузины, украинцы, армяне, чехи, евреи, татары и немцы.
Нормы международного права подразумевают отсутствие сроков давности у военных преступлений против человечности. Главное следственное управление Следственного комитета Российской Федерации возбудило дело по признакам геноцида — преступления, предусмотренного статьей 357 уголовного кодекса. В расследовании предстоит установить всех задействованных в проведении массового убийства лиц. Часть немецких военнослужащих уже была осуждена за это преступление, однако другие ушли от ответственности. Некоторыые имена и должности известны: начальник Гестапо города Ейска обер-лейтенант Бедедекер, комендант города Кандлер и врач Гестапо Штраух.
