Зачем?
При разработке доступной онлайн базы данных для хранения результатов расчётов возникло непреодолимое желание представлять информацию не только в табличном виде, но и в виде графиков. Можно пойти различными путями, например, рисовать кривые в PHP, но правильнее (в смысле UNIX-way) будет использовать внешнюю программу, уже умеющую строить графики, такую как Gnuplot.
Особенно интригует возможность вывода графиков в виде набора JS комманд для рисования на HTML5-холсте (canvas), чем мы и займёмся.
О Gnuplot много писали, в том числе и на Хабре (1, 2), поэтому нет необходимости в подробном описании его синтаксиса.
К своему удивлению, я не обнаружил хорошего туториала о том, как связать вывод gnuplot с динамически формируемой страничкой. Возможно, это связано с недостатком знаний о Java Script и на самом деле всё очевидно, но тем не менее, есть надежда, что эта статья окажется полезной.
Вывод Gnuplot в HTML5 Canvas
Чтобы получить представления о возможностях такого режима, составим минимальный скрипт, рисующий кусок синусоиды в файле output.html:
#!/usr/bin/gnuplot
set terminal canvas
set output "output.html"
plot sin(x) with lines
Здесь первая строка задает интерпретатор команд, вторая — устанавливает формат вывода canvas. Для особо удачных графиков здесь можно было бы заменить canvas на pdf и сразу вставить результат в статью для, скажем, Nature. Третья строка указывает имя файла для записи, если ее не будет — то поток будет направлен в stdout, чем мы воспользуемся при генерации html-странички. Последняя строка содержит собственно команду для построения графика синуса.
Открыв сгенерированный файл output.html можно увидеть график:
Хорошо, но такой результат вполне можно было бы получить, вставляя рисунки, полученные и терминалом png, а хотелось бы интерактивности! Для этого нужно всего лишь указать параметры терминала enhanced mousing:
set terminal canvas enhanced mousing
set output "output.html"
set xlabel 'Time'
set ylabel 'Energy'
plot sin(4*x)/x with lines linewidth 2
В результате появится панелька с управляющими кнопками, возможность ставить точки и приближать интересующую область:
Уже больше похоже на примеры с сайта разработчиков, но с удаленного компьютера работать не будет, поскольку за вспомогательными JS-скриптами идет обращение в локальную файловую систему, так как сгенерированный файл содержит строки типа:
<script src="/usr/share/gnuplot/gnuplot/4.6/js/gnuplot_common.js"></script>
То есть, нужно разместить файлы из /usr/share/gnuplot/gnuplot/4.6/js на своем сайте, скопировав их или создав ссылку. Для работы достаточно иметь файлы canvastext.js, gnuplot_common.js, gnuplot_mouse.js, gnuplot_mouse.css и png-иконки. Также необходимо указать путь к этим файлам в параметрах терминала:
set terminal canvas enhanced mousing jsdir 'js'
Взаимодействие PHP и gnuplot
Итак, есть путь к папке расчётов, нужно построить график согласно выбранным пунктам на html-страничке.
Разобьем задачу на несколько частей, как показано на диаграмме:
Такая схема, возможно, избыточна, и всю функциональность можно реализовать на php, но такое разделение разбивает код по его функциям и правам доступа:
- shell-скрипт имеет доступ к файлам на диске и запуску gnuplot, но не должен быть доступен снаружи,
- php и html — наоборот, доступны снаружи и не должны иметь доступа к файлам за пределами сайта,
- отдельный .gp файл позволяет повторить построение графика, но в более удобном для публикации формате выбором pdf или png терминалов.
PHP/HTML
html-форма и php-скрипт объединены в один файл plot_calc.php:
<?php
// получаем и устанавливаем управляющие переменные:
$path = $_GET['path']; // user-friendly путь,
$fullpath = "/srv/calculations/".$path."/"; // полный путь в локальной ФС
$nSites = $_GET['nsites']; // параметр расчета - число 'сайтов'
$fSite = 1; // текущий 'сайт'
if (isset($_POST["fSite"])) { $fSite = $_POST["fSite"]; }
// опущено описание заголовка и стилей
echo '<a href=index.html>Back</a>';
echo '<h1>Plot Calculation Data</h1>';
echo '<form id="form_plots" method="post" action=plot_calc.php?path='.$path.'&nsites='.$nSites.'>';
echo ' <input id="plotProb" type="submit" name="plotProb" value="Prob" />';
echo ' <input id="plotEnergy" type="submit" name="plotEnergy" value="Energy" />';
// ...
echo ' <label>Site number to plot</label>';
echo ' <input id="fSite" name="fSite" type="text" value='.$fSite.' />';
echo '</form>';
if (isset($_POST["plotProb"])) { // если нажата кнопка plotProb
$input='./plot_calc.sh'.' '.'p '.$nSites.' '.$fullpath.' '.$fSite;
echo "Probability plot for Site #".$fSite;
}
if (isset($_POST["plotEnergy"])) { // если нажата кнопка plotEnergy
$input='./plot_calc.sh'.' '.'E '.$nSites.' '.$fullpath.' '.$fSite;
echo "Energy plot for Site #".$fSite;
}
// ...
$output = shell_exec($input); // запуск скрипта оболочки
echo $output; // вывод результата работы скрипта
echo '</body>';
echo '</html>';
?>
SHELL
Задача скрипта plot_calc.sh — формирование команд для gnuplot согласно заданным внешним параметрам. Скрипт создает файл во временной директории /tmp, содержимое которого передается gnuplot, а результат выполнения возвращается обратно, где его уже ждет php-скрипт.
#!/bin/bash
# параметры:
# 1 - тип
# 2 - число сайтов
# 3 - путь
# 4 - сайт для рисования (требуется для p)
# --------------
# тип значение
# E energy
# p probaility
# ....
#------------------------------#
# создадим новый файл во временном каталоге:
TFILE="/tmp/$(basename $0).$$.gp"
# запишем в него команды gnuplot:
echo "# Automatically generated Gnuplot script " > $TFILE
echo "set terminal canvas enhanced mousing jsdir 'js'" >> $TFILE
### Probability ###
if [ $1 == 'p' ]
then
echo "set xlabel 'Time'">>$TFILE
echo "set ylabel 'Probability'">>$TFILE
let icol=$4+1
echo "plot '$3prob.res' u 1:$icol wi li">>$TFILE
fi
# ...
### Energy ###
if [ $1 == 'E' ]
then
let col=$4*2
let col1=$4*2+1
echo "set xlabel 'Time'">>$TFILE
echo "set ylabel 'Energy'">>$TFILE
echo "plot '$3Energ.res' u 1:$col:$col1 wi err">>$TFILE
fi
/usr/bin/gnuplot $TFILE
Этому файлу потребуются права на исполнение:
chmod +x plot_calc.sh Gnuplot
Скрипт оболочки формирует выходной файл в имени которого содержится имя вызвавшего скрипта и случайное число, внутренность у него примерно такая:
# Automatically generated Gnuplot script
set terminal canvas enhanced mousing jsdir 'js'
set xlabel 'Time'
set ylabel 'Probability'
plot '/srv/calculations/GoodCalc/prob.res' u 1:6 wi li
Проверить работу можно направив браузер по адресу http://servername/plot_calc.php?path=GoodCalc&nsites=10.
В результате появится возможность построить графики по данным файлов prob.res и Energy.res, и должна получится страничка, похожая на:
Генерируемые файлы в /tmp надо время от времени подчищать, для этого сгодится задание cron (от root'а):
crontab -e
0 */1 * * * rm -v /tmp/plot*.gp >> /var/log/rmplotgp.log
Заключение
- Тестирование и демонстрация проводились на Debian Jessie, но должно работать и на прочих системах;
- JS-файлы gnuplot должны быть доступны из внешней сети;
- Есть возможность формирования не только html-страничек, но и js-скриптов, управляемых пользовательским кодом.
- Вопросы нагрузки и безопасности здесь не рассматривались и потребуют дополнительного внимания...
Автор: klurik
