Метка «теория игр» - 2

В этой части мы поговорим о том, как можно так сократить число поворотов цепи, чтобы сократить рассчеты, но при этом не потеряв возможность попадания в нужные состояния.

Но вначале хочу обратиться к специалистам в этой области:

Вначале развею возможное недопонимание: я любитель, и не занимаюсь этой темой профессионально. Я заметил, что тут есть специалисты в этой теме. Странно, что я не читаю ваших статей, а вы читаете мои. Очень надеюсь, что эта ситуация поменяется. Я хочу почитать ваши статьи, и желательно написанные простым языком, и где вы даете ответы, а не отправляете в известном направлении в гугл. Просто у меня есть некий негативный опыт, когда только начинал ряд специалистов, которых удавалось находить в интернете делали умный вид и не помогали словом, и делом — а отправляли в указанном направлении. Здесь я пытаюсь рассказать свой маленький опыт — но может это позволит кому-то легче стартовать.

Тем же кто желает тут похоливарить. Давайте так. Я такой любитель — которому погоны специалистов значут мало, а наука такое дело требует повторяемости (а не бизнес-скрытности, это же не бизнес, чтобы скрывать детали своих алгоритмов и не публиковать их код?), поэтому просто разговоры меня интересуют мало. Но меня очень интересует когда мне показывают, что я занимаюсь немного не тем, и что есть люди которые действительно чего-то добились. Вот задача над которой я мучаюсь. Решите и покажите, что это просто — буду очень благодарен.

Я даю произвольную (реально существующую) первичную последовательность до 100 нуклеотидов. Указываю все водородные связи которые нужно образовать. Вы на выходе даете мне файл .pdb, в котором третичная структура из указанной первичной последовательности и где образованы все требуемые водородные связи. Ни каких других требований.

Прошу или показать, что это просто или ответственно подтвердить, что эта задача скажем за неделю (или другой разумный срок) — не решается.

Ну, а пока этого нет и нет ваших статей, например, о других подходах, вроде молекулярной динамики и т.д., извольте читать о предлагаемом мной подходе и критиковать конструктивно, помогать своими знаниями, участвовать в обсуждении проблемы и может быть даже объединить со мной усилия и чего-то сделать вместе.

И снова моей аудитории, которая не является специалистами: важно поверить, что это легко, и не обязательно знать физику, биологию, и сложную математику — надеюсь вы умеете программировать и этого достаточно. Выше кстати, задача, которую мы и будем решать… но не все сразу. По плюсам — я понял что Вы читаете. Но неужели все понятно и нет вопросов? Если что жду комментариев, даже самых наивных. Пора делать эту область исследований хотя бы простой по описанию, а не скрывать ее за не нужными тонами сложностей.

Читать полностью »

Это продолжение статьи Часть №1. Введение в биовычисления по сворачиванию. От белков к РНК. Здесь мы опишем ковалентные и водородные связи математически. Посмотрим какие углы мы будем вращать у РНК для сворачивания. И прикоснемся к вопросу «а в чем трудность то?»

Читать полностью »