В стремлении рассказать о самом сложном, как можно быстрее, очевидно, забываешь о самом простом. И, в моем случае, не только о простом, но и о важном связывающем звене. Причинно-следственная связь слегка нарушилась. В моих предыдущих статьях (1, 2, 3, 4) описаны математический аспект и программирование, но в них практически нет биологии. Поэтому эта статья о том, какую именно часть молекулярной биологии пытаются раскрыть, предсказать, увидеть и решить описываемые мною программы и алгоритмы.
Картинка с изображением яйцеклетки и сперматозоидов на поверхности символизирует пропущенный мною этап, когда все только зарождается.Читать полностью »
Метка «Pol II»
Биоинформатика / Практическая биоинформатика ч.5. Секвенирование ДНК
2012-02-05 в 7:01, admin, рубрики: ChIP-seq, Pol II, биоинформатика, секвенирование ДНК, метки: ChIP seq, Pol II, биоинформатика, секвенирование ДНКБиоинформатика / Практическая биоинформатика ч.4. Готовимся работать с ZINBA
2012-02-02 в 8:07, admin, рубрики: Новости, метки: ChIP seq, Pol II, ZINBA, биоинформатика, секвенирование
В современном мире анализа данных использовать только один метод или только один подход означает, что рано или поздно ты столкнешься с фактом, как сильно ты ошибался. Для анализа данных комбинируют различные методики, сравнивают результат и на основании сравнения уже делают более точные прогнозы. В программе ZINBA использован именно такой подход. Разработчики объединили разнообразные методы анализа DNA-seq экспериментов в едином пакете. Этот пакет написан для программы статистической обработки данных R. Что же делает ZINBA? Находит различные обогащенные регионы даже в тех случаях, когда некоторые из них были усилены, например, химическиЧитать полностью »