Метка «молекулярное моделирование»

В нашем первом посте про трехмерное моделирование вирусов мы перечислили основные стадии процесса и рассказали о том, с чего мы начинаем и как собираем исходную информацию. В этой заметке мы расскажем о следующем этапе работы — о создании моделей отдельных молекул, из которых впоследствии будет собрана целая частица.

3D модели вирусов человека. Часть вторая: молекулярное моделирование и биоинформатика
Компоненты вирусной частицы Гриппа A/H1N1

Вирусная частица — это молекулярный механизм, решающий две принципиальные задачи. Во-первых, частица должна обеспечить упаковку вирусного генома и его защиту от деструктивных факторов среды, пока вирус путешествует из клетки, в которой он собрался, к клетке, которую он сможет заразить. Во-вторых, частица должна быть способна присоединиться к заражаемой клетке, после чего доставить вирусный геном и сопутствующие молекулы внутрь, чтобы запустить новый цикл размножения. Задач не очень много, поэтому вирусы, за редким исключением, могут позволить себе быть довольно экономными в том, что касается структуры.
Читать полностью »

Допустим, Вы занимаетесь молекулярным моделированием. На руках у Вас имеются громоздкие файлы траекторий, которые неплохо было бы как то проанализировать. Рассмотрим (и ниже пойдет речь, в основном, именно об этой системе), например, метанол. Мы можем, к примеру, построить функцию радиального распределения (RDF), как это делается почти в каждой подобной статье. Но, вспоминая о том, что в метаноле существует специфическая агломерация — водородные связи — мы можем вдруг захотеть посмотреть, а как же оно там все выглядит на самом деле. Посмотреть, как выглядят агломераты (может даже сравнить их топологию), как распределяются они по размеру или еще, что захотите. Собственно ниже я предлагаю один из вариантов реализации подобной программы.
Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js