Продолжая ездить по лабораториям и смотреть, как идут в будущее отечественные ученые, мы заглянули к микробиологу, генетику, Константину Северинову, и он поведал нам о том, какие сейчас наиболее активные течения в биологии, какие вскоре понадобятся ученые в этой области и какого рода задачи они будут решать.
Читать полностью »
Метка «генетика»
ScienceHub #03: Синтетическая микробиология
2013-11-06 в 8:23, admin, рубрики: биоинформатика, биология, Блог компании ПостНаука, будущее, генетика, ПостНаука, метки: биоинформатика, биология, будущее, генетика, ПостНаукаKickstarter запретил ГМО
2013-08-04 в 11:14, admin, рубрики: Kickstarter, Биотехнологии, генетика, гмо, краудфандинг, метки: Kickstarter, генетика, гмоВ минувшую среду известный краудфандинговый сайт Kickstarter внёс изменения в правила своей работы. К числу запрещённых проектов на сайте добавлены проекты с ГМО (генетически модифицированными организмами). Это произошло всего через пару недель после того, как компания Glowing Plants собрала $484 тыс. на разработку светящихся растений.
Мифы нашего времени: генетически модифицированные организмы. Так ли страшен черт?
2013-03-22 в 1:48, admin, рубрики: Биотехнологии, генетика, гмо, идиоты, метки: генетика, гмо, идиоты Человеку давно свойственно интересоваться окружающим миром и находить объяснения тому окружающим вещам и событиям. Собственно, без этого человек не стал бы человеком. На базе верований, мифов развивалась сначала религия, а потом — и современная наука, которая уже весьма успешно объясняет окружающий мир от очень малых до впечатляющих масштабов. Но всегда оставались люди, которые противились прогрессу и распространяли устоявшиеся мифы, уверяя, что они отвечают на все вопросы и незачем двигаться дальше. Гром гремит — это Перун-громовержец злится; кто-то заболел — это Бог его наказывает, вот тебе объяснения, отстань, не задавай вопросов, а лучше помолись.Современные мифы более глубоки и обычно связаны с наукой. Причины понятна — наука развилась (особенно в последнее время) до такой степени, что часто нужен колоссальный объем знаний, чтобы просто понять, о чем вообще идет речь. У многих людей этого объема нет или безвозвратно потерян, что и снижает их сопротивляемость к разного рода мифам нашего времени. Миф про вредность пищевых добавок Exxx; миф про полезность натурального и вредность «химии»; миф про врачей-убийц, травящих людей прививками; миф про настолько страшное ГМО, что наклейки с надписью «без ГМО» надо клеить даже на салфетки и на пачки с солью.
Что такое ГМО? Зачем они нужны? Как велика опасность и польза от их использования? Есть ли доказательства безопасности этих организмов?Читать полностью »
Анализ генома бактерий. Продолжение
2013-02-15 в 1:27, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюция, метки: генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюцияВ предыдущей статье, обсуждение получилось слишком крикливым. Но мы открыли свой сайт и там я переписал более взвешенно. Написанное там рекомендую прочитать, чтобы потом не жаловаться на сложность изложения. На самом деле нужен минимум информации для понимания. Я обещал написать продолжение о своем эксперименте, поэтому те кто заинтересовался проблематикой построения эволюционных деревьев — прошу под кат. Читать полностью »
Проект «Геном прокариот» — научный стартап
2013-02-07 в 7:44, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, управление проектами, эволюция, метки: генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюцияЭтот проект был задуман давно. Лет 5 назад я считал, что многие результаты в геномике могут быть получены людьми далекими от биологии, коим я в полной мере являюсь. Конечно за это время я немного нахватался терминологии и немного узнал как работают специалисты. Но чем больше я узнавал как работают специалисты тем большие отторжение это у меня вызывало. Я считаю, что они явно много незаслуженно усложняют в результате чего не простая область становится не проходимой. В то время как все достаточно просто и качественно можно сделать. И да я с ними пытаюсь конкурировать (конечно, только в определенной узкой области), как бы наивно это не выглядело.
Вся проблема этого проекта — это то, что я его единственный полноценный участник. Конечно, я успел со многими за это время поговорить и многие оказали реальное влияние на проект. Всем им спасибо. Понятно, что не коммерческий проект не сильно может рассчитывать на успех. Да, действительно за каждым научным проектом стоит солидные около миллионные вливания и команда серьезных ученных. У нас этого нет, а есть лишь гуманизм и энтузиазм.
Поэтому в первую очередь я нуждаюсь в советах от тех у кого есть опыт в стартапе подобных проектов на не коммерческой основе. Во вторую очередь, нужна собственно команда программистов (от знания биологии, при необходимости, я вас освобожу :) ). А сейчас я хотел бы найти таких энтузиастов, которые могли бы обеспечить работу (скажем скромно) домашней веб-страницы проекта (прошу писать мне на почту tac@inbox.lv или личными сообщениями хабра). И конечно, важен любой другой отклик и предложения.
А ниже я расскажу идею и то на что претендует проект, а также о текущих результатах, а они в худшем случае сравнимы с теми которые дают специалисты. Но я вполне самокритичен, поэтому всегда готов выслушать критику — желательно не в мой адрес, а в адрес проекта.
Симуляция жизни в системе Darwinbots. II. Симуляция и простейший бот
2013-01-15 в 16:06, admin, рубрики: алгоритм, Алгоритмы, Биотехнологии, выживание, генетика, генетический алгоритм, естественный отбор, Программирование, симуляция, метки: алгоритм, выживание, генетика, генетический алгоритм, естественный отбор, Программирование, симуляция 
Приветствую вас еще раз, дорогие читатели!
Эта статья выкладывается в разгар сессии, так что я могу пропасть из комментариев.
1. Первое знакомство
2. Симуляция и простейший бот
Сегодня разберёмся с настройками симуляции и посмотрим на простейшего бота (или робота, как вам будет удобно). Нет, я не буду досконально рассматривать интерфейс программы – это будет вашим домашним заданием:-) И да, само понятие «генетический алгоритм» четко расписано в Википедии, поэтому опустим это объяснение.
Читать полностью »
Дарвиновская эволюция бактерий — полная картина
2013-01-05 в 8:06, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюция, метки: генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюцияЯ начну с провокационного заявления — «биологи не публикуют детали своих исследований». Казалось бы столько статей, столько исследований… но где описание и детализация информации, которая получена? Её в принципе нет. А статьи без такой информации пусты и спорны. Каждый нахваливает свой метод, но много ли кто озаботился верификацией чужих данных, а главное смог ли он её сделать?
Можно лишь приветствовать появление таких биоинформационных баз как NCBI genomes и PDB, в которые исследователи помещают данные о секвенированных геномах и структурах РНК, белков. И главное, некоторые ученные прежде чем опубликовать статью, прежде помещают данные в биоинформационные базы.
Вы скажите есть много других баз — но я вам скажу они менее серьезные, и как правило перепосты этих двух с некоторой адаптацией. Но главное, что вся другая биоинформационная информация, можно сказать вторичная — не помещается в базы. А в статьях тем не менее идут различные спекуляции.
Конечно, так оно выглядит только для таких дилетантов как я. У настоящих же профессионалов все как в аптеке. Поэтому можете не утруждать себя ответом на эти пафосные заявления. Мы просто поговорим как выглядит биоинформатика в её частных областях глазами дилетанта. Но может и вас эта история к чему нибудь побудит.
Мы поговорим ниже о построение дерева эволюции согласно Дарвину, посмотрим на сколько это справедливо и таки я в итоге дам полное дерево (в рамках имеющейся информации) эволюции бактерий на основании самых консервативных генов тРНК. И дам пояснение о методе построения такого дерева.
Специалистам в биоинформатике рекомендую читать с раздела №5, пропустив весь мой пафос.
Симуляция жизни в системе Darwinbots. Часть первая
2013-01-04 в 10:53, admin, рубрики: алгоритм, Алгоритмы, Биотехнологии, выживание, генетика, генетический алгоритм, естественный отбор, Программирование, симуляция, метки: алгоритм, выживание, генетика, генетический алгоритм, естественный отбор, симуляция Привет!
Недавно сдал курсовую работу по генетическим алгоритмам в программе Darwinbots и решил, что это будет интересно сообществу. Тем более, что в данный момент сообщество проекта довольно мало. Статьи будут наполовину переводом документации, а наполовину своими исследованиями программы.
Читать полностью »
Дебри филогенетики — демонстрация и объяснение
2012-12-31 в 9:24, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, генетика, геномика, геномы, графы, поисковые системы, происхождение видов, эволюция, метки: генетика, геномика, геномы, графы, поисковые системы, происхождение видов, эволюцияДумаю многие ИТ-специалисты интересуются не только программированием, но и вопросами более земными и частенько их можно застать рассуждающими о происхождении человека, разума и т.д. Мы обратимся к самому началу — происхождению видов бактерий. И хотя там есть много узкоспециальных вопросов, сам принцип построения филогенетических деревьев не такой легкий, но захватывающий. О нем то мы и будем говорить.
Чуть ранее я написал статью Систематика прокариот — дальние родственники, где сообщил о грубых результатах и методе их получения. Он несколько не классический, но вполне укладывается в научную парадигму. Достаточно «жесткий» диалог с Davidov, который имел место быть в этой статье, может создать впечатление проблематичности метода о котором я говорю. Но мы потом сели и спокойно обсудили, и подвели некоторые итоги. Суть диалога представляет некоторый интерес и я его вначале частично опубликую.
А затем хочу продемонстрировать один наглядный пример построения дерева «происхождения видов» с помощью моего подхода (назовем его «детерминированный подход»). По сути метод можно обобщить, и тогда он не будет относится только к филогенетике и его можно использовать в других областях, когда нужно граф превратить в дерево, выкинув слабые связи.
Систематика прокариот — детализированные пояснения
2012-12-17 в 1:20, admin, рубрики: биоинформатика, генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюция, метки: генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюцияВ предыдущей статье я не сильно утруждал себя детальным описанием идеи. Мне казалось она интуитивна понятна и элементарна. Но после дискуссии с Davidov понял, что идею не так то просто схватить. Дело в том, что сейчас классические представления в филогенетике строятся на одной догме, которая искажает мировоззрение биологов.
Когда мы строим эволюционное дерево — мы конечно же хотим знать в какой последовательности во времени видообразовывались виды. Но классическая филогенетика объявила, что это не научно ставить такой вопрос. И по сути расписалась в своем невежестве. Действительно, судить о времени видообразования, в то время как эволюционный процесс идет каждую минуту сложно. Но можно. Пояснить как это можно и призвано данное детализированное объяснение.