Метка «биоинформатика» - 4

DNA

Широко известны сайты для решения олимпиадных задач по программированию, такие, как, например, TopCoder и Codeforces, а также сборники математических задач-головоломок, например, Project Euler. За последний год произошёл бум онлайн образования: возникли стартапы Coursera и Udacity, предоставляющие онлайн курсы от топовых университетов США… но для тех, кто хочет изучить биоинформатику, пока ничего нет.

Розалинд — проект, разрабатываемый в Санкт-Петербуге и University of California, San Diego с мая 2012 года, как раз заполняет эту нишу. Это платформа для обучения биоинформатике с помощью решения задач, бесплатная и открытая.Читать полностью »

Как известно фенотип организма формируется под влиянием генотипа и окружающей среды. Один из моих проектов — система для анализа взаимоотношений генотипа, фенотипа и окружающей среды у пшеницы. Летом растения выращивают в поле. Хотелось после окончания сезона иметь доступ к подробным метеорологическим данным, именно в том месте, где росли растения. Эти данные нужны для сопоставления их с генотипами и различными фенотипическими характеристиками растений и проведения различных статистических анализов.

Поле, где работают биологи, располагается в некотором удалении от здания, в которое мы могли получить доступ, возможность установить свое оборудование и использовать Internet.
Читать полностью »

Биоинформатика: взгляд изнутриИз всех известных мне технических и естественных наук, пожалуй, именно о биоинформатике представление у людей самое плохое. Оно либо в той или иной степени неверное, либо его нет совсем. Когда два года назад я начал заниматься бионформатикой, знаний об этой науке у меня самого не было ровным счетом никаких. Со временем я лучше стал представлять, какие задачи стоят перед биоинформатиками, чем они пользуются и что может являться результатом их работы.

У биоинформатиков нет никаких пробирок, реагентов, бактерий, белых халатов. Главные инструменты у них – ноутбук, ручка с бумагой или белая доска с маркером – в общем, всё как у программистов. Да и сама работа очень сильно похожа на работу в IT компании, а лаборатория – на небольшой отдел разработки. А в чем же тогда отличия? Что ж, попробую ответить.

Читать полностью »

Доброго времени суток, уважаемые читатели.
Сегодня вам предоставляется возможность прочитать впечатления студента Computer Science Center-а по итогам первого года обучения.

Bio: маленькое отступление

Я студент 3-его курса СПбГУ НИУ ИТМО, учусь на кафедре «Высшей математики». Туда я поступал, так как мне была интересна математика, информатика и все, что с ними связано. Но, как это часто бывает в системе образования в России, я был несколько разочарован в своих ожиданиях: я думал, что поступлю туда, где мне расскажут много теории и научат применять ее на практике для решения конкретных задач. Теорию преподают очень хорошо: преподаватели действительно специалисты в своих областях и отлично владеют не только материалом, но и техникой его преподавания; но есть ряд предметов, которые, как мне кажется, должны были быть «по выбору», но явились обязательным, что несколько снижало общий настрой к обучению. А вот с применением на практике оказался облом: практически никаких интересных проектов, которые бы включали в себе актуальные на практике вопросы, обнаружено не было. И, если честно, до недавнего времени, я не совсем понимал что же я буду делать по выходу из института: быть «чистым» программистом не хотелось, а заниматься математикой я вообще не понимал как.

Поступление

Первый и самый главный вопрос на который нужно ответить, перед тем как начать обучение чему-либо где-либо, это вопрос: «Для чего мне это нужно?».

Читать полностью »

Предыстория

Сразу извиняюсь за сложность, но сложна как сама ситуация для применения этого, так и способ решения, но получается в результате красиво и эффективно :)

Началось с того, что описал одну проблемку о проблемах ООП. Потом случайно благодаря разговорам тут начал обдумывать паттерны проектирования. И в связи с темой «полное копирование объекта» вышел на паттерн Flyweight. Кто не знает — прошу вначале читайте о нем в Приемы объектно-ориентированного проектирования. Паттерны проектирования (Не в вики, а в оригинале).

Основная идея там такова:

Паттерн Flyweight описывает, как совместно разделять очень мелкие объекты без чрезмерно высоких издержек. Каждый объект-приспособленец имеет две части: внутреннее и внешнее состояния. Внутреннее состояние хранится (разделяется) в приспособленце и состоит из информации, не зависящей от его контекста. Внешнее состояние хранится или вычисляется объектами-клиентами и передается приспособленцу при вызове его методов.

Задача

Мы рассмотрим как это улучшить на конкретном примере. О биовычислениях буду говорить очень мало — но пример будет построен на этом. Суть биовычислений попытаюсь полностью вытравить, оставив только схему.

Читать полностью »

Предыстория

Сразу извиняюсь за сложность, но сложна как сама ситуация для применения этого, так и способ решения, но получается в результате красиво и эффективно :)

Началось с того, что описал одну проблемку о проблемах ООП. Потом случайно благодаря разговорам тут начал обдумывать паттерны проектирования. И в связи с темой «полное копирование объекта» вышел на паттерн Flyweight. Кто не знает — прошу вначале читайте о нем в Приемы объектно-ориентированного проектирования. Паттерны проектирования (Не в вики, а в оригинале).

Основная идея там такова:

Паттерн Flyweight описывает, как совместно разделять очень мелкие объекты без чрезмерно высоких издержек. Каждый объект-приспособленец имеет две части: внутреннее и внешнее состояния. Внутреннее состояние хранится (разделяется) в приспособленце и состоит из информации, не зависящей от его контекста. Внешнее состояние хранится или вычисляется объектами-клиентами и передается приспособленцу при вызове его методов.

Задача

Мы рассмотрим как это улучшить на конкретном примере. О биовычислениях буду говорить очень мало — но пример будет построен на этом. Суть биовычислений попытаюсь полностью вытравить, оставив только схему.

P.S. Если кому то интересна проблематика самих биовычислений по задаче сворачивания РНК/белков — делайте заказ напишу тогда отдельную статью.

Читать полностью »

Учебный процесс в IT / Магистерские программы Санкт Петербургского Академического университета (бывший АФТУ РАН)
Повсеместный переход на Болонскую систему даёт студентам возможность сменить ВУЗ после получения диплома бакалавра. Однако немногие студенты задумываются об этом. Во многих ВУЗах магистерская программа очень «разрежена»: присутствует множество непрофильных курсов (философия, культурология и т.д.), профильных же очень мало, и для того, чтобы их сдать, достаточно просто появиться на экзамене/зачёте.
Тех, кто ещё сохранил желание учиться, кафедра математических и информационных технологий Академического университета приглашает в магистратуру по тремЧитать полностью »

Биоинформатика / Алгоритмы в биоинформатике ч.1
    В предыдущих статьях (1,2) мы познакомились с тем, как могут выглядеть данные в зависимости от проведенного биологического эксперимента. На основании этих визуализированных данных были сделаны предположения о том, что же происходит внутри клетки. Теперь остановимся на том, как математически и алгоритмически проанализировать данные для того, чтобы машины за нас могли выполнить рутинную работу. К сожалению, после прочтения множества статей по анализу данных у меня сложилось впечатление, что однозначного или наиболее универсального решения не существует. Есть алгоритмы, которые хорошо себя показывают на некотором наборе данных, а вЧитать полностью »

Биоинформатика / Практическая биоинформатика ч.5. Секвенирование ДНК
    В стремлении рассказать о самом сложном, как можно быстрее, очевидно, забываешь о самом простом. И, в моем случае, не только о простом, но и о важном связывающем звене. Причинно-следственная связь слегка нарушилась. В моих предыдущих статьях (1, 2, 3, 4) описаны математический аспект и программирование, но в них практически нет биологии. Поэтому эта статья о том, какую именно часть молекулярной биологии пытаются раскрыть, предсказать, увидеть и решить описываемые мною программы и алгоритмы.
    Картинка с изображением яйцеклетки и сперматозоидов на поверхности символизирует пропущенный мною этап, когда все только зарождается.Читать полностью »

Биоинформатика / Практическая биоинформатика ч.4. Готовимся работать с ZINBA
    В современном мире анализа данных использовать только один метод или только один подход означает, что рано или поздно ты столкнешься с фактом, как сильно ты ошибался. Для анализа данных комбинируют различные методики, сравнивают результат и на основании сравнения уже делают более точные прогнозы. В программе ZINBA использован именно такой подход. Разработчики объединили разнообразные методы анализа DNA-seq экспериментов в едином пакете. Этот пакет написан для программы статистической обработки данных R. Что же делает ZINBA? Находит различные обогащенные регионы даже в тех случаях, когда некоторые из них были усилены, например, химическиЧитать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js