Представляем второй выпуск подкаста о технологиях, процессах, инфраструктуре и людях в IT-компаниях. Сегодня в гостях у “CTOcast” — Игнатий Колесниченко, технический директор компании iBinom (анализ генома человека).Читать полностью »
Метка «биоинформатика»
Игнатий Колесниченко: «У бактерии денег не попросишь»
2014-07-01 в 5:24, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании Caspowa.com, геном, интервью, подкаст, метки: биоинформатика, геном, интервью, подкастMiTCR – платформа для диагностики нового типа. Семинар в Яндексе
2014-06-29 в 11:07, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании Яндекс, метки: биоинформатикаРассказ Дмитрия Болотина посвящен программному обеспечению MiTCR, разработанному для анализа репертуаров иммунологических рецепторов. В своем докладе он рассмотрел основные особенности анализа сырых данных секвенирования, в частности, алгоритмы выравнивания последовательностей и коррекции ошибок в исходных данных, а также кратко описал архитектуру, производительность и ближайший план развития программы. Исходный код MiTCR открыт. В перспективе это ПО может вылиться в общую платформу для биоинформатиков, где они смогут обрабатывать свои данные и обмениваться ими с другими исследователями. Результатом такой совместной работы должен стать новый тип диагностики: при помощи анализа крови можно будет ответить не только на вопрос, есть ли у человека то или иное заболевание, а сразу определить, чем именно он болен.
Начнем мы издалека, чтобы было понятно, с какими данными мы работаем, и откуда они берутся. На картинке ниже очень схематично изображен иммунитет. Одним цветом окрашены клетки, которые имеют одинаковую специфичность (т.е. они распознают одни и те же типы инфекций). Мы называем такие клетки клонами. Во время инфекционной атаки, количество клеток, которые ее распознают, возрастает.
Специфичность этих клеток обусловлена тем, что у них на поверхности есть Т-клеточный рецептор, правила сборки которого записаны в соответствующем гене. Для последующего повествования важно понимать его структуру.
Читать полностью »
3D модели вирусов человека. Часть вторая: молекулярное моделирование и биоинформатика
2014-06-24 в 8:28, admin, рубрики: data visualization, science, биоинформатика, Блог компании Visual Science, молекулярное моделирование, Научно-популярное, метки: data visualization, science, биоинформатика, молекулярное моделированиеВ нашем первом посте про трехмерное моделирование вирусов мы перечислили основные стадии процесса и рассказали о том, с чего мы начинаем и как собираем исходную информацию. В этой заметке мы расскажем о следующем этапе работы — о создании моделей отдельных молекул, из которых впоследствии будет собрана целая частица.
Компоненты вирусной частицы Гриппа A/H1N1
Вирусная частица — это молекулярный механизм, решающий две принципиальные задачи. Во-первых, частица должна обеспечить упаковку вирусного генома и его защиту от деструктивных факторов среды, пока вирус путешествует из клетки, в которой он собрался, к клетке, которую он сможет заразить. Во-вторых, частица должна быть способна присоединиться к заражаемой клетке, после чего доставить вирусный геном и сопутствующие молекулы внутрь, чтобы запустить новый цикл размножения. Задач не очень много, поэтому вирусы, за редким исключением, могут позволить себе быть довольно экономными в том, что касается структуры.
Читать полностью »
IT + образование. Еще раз о бакалавриате
2014-03-17 в 15:51, admin, рубрики: computer science, биоинформатика, Блог компании Санкт-Петербургский академический университет, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатика, Учебный процесс в IT, метки: computer science, биоинформатика, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатика 
Когда я оканчивал школу, мой учитель информатики на последнем уроке говорил следующие слова: «Чем дольше вы будете учиться и чем позже начнете работать, тем на большую зарплату вы сможете рассчитывать». С тех пор много воды утекло, и я успел несколько раз изменить собственное мнение по этому поводу, но в свете последних постов о проблемах образования в IT хотелось бы еще раз обсудить эту тему.
Компаниям, как правило, нужны программисты двух типов. Одни — «рабочие руки», т.е. те, кто умеет хорошо выполнять порученное им задание, и вторые — «рабочие мозги», т.е. те, кто может генерировать новые идеи, предлагать новые подходы, разрабатывать новые направления.
Что касается первой категории, то для того, чтобы в ней работать действительно может хватить пары курсов института и книжек перед сном. Со второй категорией все сложнее… Дело в том, что специалисты этого уровня должны иметь знания шире, чем это требуется для их непосредственной работы.
Вот о том, как готовить специалистов второй категории и хочется поговорить сегодня. И начать с азов — с бакалавриата.
Читать полностью »
Чему нужно учить в магистратуре по Computer Science?
2014-02-25 в 15:31, admin, рубрики: computer science, биоинформатика, Блог компании Санкт-Петербургский академический университет, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатика, Учебный процесс в IT, метки: computer science, биоинформатика, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатикаПродолжаем рассказывать о нашем опыте построения «самой лучшей магистратуры по Computer Science» =) и интересоваться мнением IT-сообщества. Напомню, что нашей целью было создать магистратуру с сильной программой, в которой не было бы «лишних» курсов. И благодаря сотрудничеству с Академией Современного Программирования и лабораторией математической логики Санкт-Петербургского отделения математического института им. В.А. Стеклова РАН у нас это успешно получилось сделать.
В прошлый раз мы написали о том, как создавалась кафедра и о том, чего нам удалось добиться за 5 лет.
В этом посте мы обсудим, чему нужно учить в магистратуре по Computer Science.
СПбАУ РАН: чему должны учить в магистратуре по Computer Science?
2014-02-05 в 13:44, admin, рубрики: computer science, биоинформатика, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатика, Учебный процесс в IT, метки: computer science, биоинформатика, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатикаПродолжаем рассказывать о нашем опыте построения «самой лучшей магистратуры по Computer Science» =) и интересоваться мнением IT сообщества. Напомню, что нашей целью было создать магистратуру с сильной программой, в которой не было бы «лишних» курсов.. И благодаря сотрудничеству с Академией Современного Программирования и лабораторией математической логики Санкт-Петербургского отделения математического института им. В.А. Стеклова РАН у нас это успешно получилось сделать.
В прошлый раз мы написали о том, как создавалась кафедра и о том, чего нам удалось добиться за 5 лет.
В этом посте мы обсудим, чему нужно учить в магистратуре по Computer Science.
Нейросистема: революция сознания
2014-01-24 в 23:43, admin, рубрики: биоинформатика, взлом мозга, искусственный интеллект, нейропрограммирование, ненормальное программирование, метки: биоинформатика, взлом мозга, искусственный интеллект, нейропрограммирование Попробуем найти законченную форму для изложенных ранее знаний и через нее совершить качественный скачок в понимании происходящих процессов. Если вы обладаете абстрактным мышлением и способны ради экперимента отказаться от своих устоявшихся взглядов, то поехали.
Читать полностью »
Нейросистема: исправляем ошибки
2014-01-15 в 22:49, admin, рубрики: биоинформатика, взлом мозга, искусственный интеллект, нейропрограммирование, ненормальное программирование, метки: биоинформатика, взлом мозга, искусственный интеллект, нейропрограммированиеМой прошлый пост с треском провалился. А все потому, что я допустил серьезную ошибку, построив многоуровневую абстрактную модель. Будем исправлять.Читать полностью »
Терминология или раскладываем по полочкам
2014-01-13 в 22:49, admin, рубрики: биоинформатика, взлом мозга, искусственный интеллект, мозг, ненормальное программирование, метки: биоинформатика, взлом мозга, искусственный интеллект, МозгМой предыдущий пост оправдал ожидания вызвал весьма оживленную дискуссию. Тема актуальная и интересная, поэтому стоит продолжать. И самое время заложить основы понимания и определиться с терминологией.Читать полностью »
Компьютеры для геномики
2013-11-28 в 16:05, admin, рубрики: биоинформатика, Блог компании ПостНаука, будущее здесь, геномика, суперкомпьютер, метки: биоинформатика, геномика, суперкомпьютер Сергей Науменко, научный сотрудник лаборатории эволюционной геномики факультета бионженерии и информатики МГУ им. Ломаносова рассказал ПостНауке о лаборатории, сепуркомьютерах, которые используются для обработки геномных данных, и проблемах, которые в связи с этим приходится решать.
Читать полностью »