Рубрика «системная биология»

image
Как при помощи генных сетей превратить яйцо сначала в личинку, а затем во взрослую муху? Муха, как и другие насекомые, состоит из сегментов. Сегменты объединяются в три группы — голова, грудь и брюшко. На сегменте может быть пара конечностей. В груди три сегмента, на каждом по паре ножек. Второй грудной сегмент имеет еще крылья, а третий — жужжальца (маленькие рулевые крылышки, практически незаметные без лупы). Брюшко состоит из восьми сегментов, конечностей на них нет. В голове исходно было шесть сегментов, но в ходе эволюции насекомых границы между ними совершенно стерлись. Их конечности — это усики, которыми муха нюхает и щупает, и три пары ротовых конечностей. У жука или таракана это были бы жвалы, максиллы и нижняя губа, а у мухи они все сливаются в хоботок.

Чтобы все органы были на своем месте, каждая клетка должна знать, в каком месте зародыша она находится. Поэтому на ранних стадиях развития зародыша, когда в нем еще нет никаких органов и все клетки выглядят одинаково, в нем появляется биохимическая «координатная сетка» с передне-задней, спинно-брюшной и лево-правой осями. Мутации генов, образующих координатную сетку, могут легко и быстро изменить облик животного — передвинуть органы на другое место, изменить их количество и так далее. Поэтому такие гены важны для эволюции животных и очень активно изучается. Генная сеть разметки зародыша у мухи дрозофилы — любимой игрушки генетиков — пожалуй, самая изученная среди генных сетей животных.
Читать полностью »

(предыдущая статья цикла: geektimes.ru/post/283686)

Логика включения оперонов разных путей обмена веществ у кишечной палочки близка к элементам AND и OR. Поэтому на их основе можно сделать генную конструкцию, реализующую произвольную логическую схему (не слишком сложную). Существуют программы, например Cello, которые из описания логики на языке Verilog делают последовательность генной конструкции, реализующей эту логику.

image

Cложнее оказывается обратная задача: из последовательности природной ДНК получить описание логики ее регуляции. Начнем с простых случаев, где нет сложных петель обратных связей и интеграции множества сигналов на одном опероне. Почти вся регуляция генов кишечной палочки удовлетворяет этим условиям. Если взять все известные регуляторные связи между генами кишечной палочки и построить сеть из них, то можно подсчитать статистику «мотивов» этой сети (способов соединения элементов) и выделить самые часто используемые.
Читать полностью »

(продолжение. Предыдущая часть: «Автоматика из ДНК и белков: что у нее общего с электроникой?»)

image
Мы остановились на том, что лактозный оперон похож на логический элемент AND. Но откуда у него берутся цифровые свойства? Ведь оба входных сигнала (концентрации цАМФ и лактозы), вообще-то, аналоговые. Попробуем нарисовать входные функции лактозного оперона.
Каждый вход лактозного репрессора состоит из двух этапов молекулярного узнавания. Лактоза связывается с лактозным репрессором, а репрессор — с ДНК. В клетке находится несколько десятков молекул репрессора, каждая из которых, пока нет лактозы, может связываться с началом лактозного оперона. Когда она там связана, РНК-полимераза не может начать работу. Из-за теплового движения молекулы репрессора то и дело отваливаются от ДНК и присоединяются обратно. Если репрессора нет совсем, оперон работает на полную мощность (сейчас для простоты считаем, что катаболический активатор есть в избытке). При малых концентрациях репрессора он снижает активность оперона практически линейно. Но дальше эффект каждой новой порции репрессора все меньше и меньше, и в целом график зависимости близок к гиперболе y = 1 / (x + 1)

image
Читать полностью »

(ответ биолога на статью «Вы неправильно пишете животных»)

image

В каждой клетке есть тысячи генов. Никогда не бывает так, чтобы они все работали одновременно. Клетки мышц, печени и мозга несут одинаковый набор генов. Они такие разные, потому что в них работают разные гены. Все клетки умеют включать и выключать отдельные гены в ответ на разные внешние воздействия. То есть система, которая управляет активностью генов — это такая система автоматического управления. Ученые хотят понимать, как такая автоматика работает, чтобы уметь ее чинить и взламывать. Например, в клетках человека есть система из примерно трехсот генов и белков, которая управляет делением клетки. Когда она ломается и клетка начинает все время делиться, возникает рак.
Читать полностью »

Об авторе

Автор нижеприведенной заметки родился в 1981-м году, чем поставил окончательный крест на секретной программе по евгенике в УССР, давшей миру так много тех, о ком он совершенно не просил. Родился в опасной близости от гидроэлектростанции Днепрогэс, ввиду чего одним из любимых занятий было писать на доске мелом слово «гидроэлектростанция». Другим любимым занятием автора был запуск самодельных ракет на основе сельскохозяйственной селитры, фольги и газет. Ввиду маниакальной склонности к доведению любого дела до конца автор продолжил заниматься своим хобби сначала на химическом факультете МГУ, а потом и в аспирантуре университета штата Мичиган. Получив степень Ph.D. в органической химии, автору неожиданно пришла в голову мысль, что не так интересна селитряная ракета, как та голова, которая ее придумала — или хотя бы то, что от нее осталось. Так автор увлекся биологией — сперва молекулярной динамикой протеинов, а потом и тем, что гордо зовется «системной биологией», чем и промышляет сейчас в медицинской школе Университета Вашингтона в Сент-Луисе.

Молекулярная биология на данный момент представляет из себя типичный фронтир, научный эквивалент Калифорнии времени Золотой Лихорадки (все же читали Джека Лондона, да? Нет, не «До Адама», там про программистов). А ведь как все мы усвоили из художественной литературы, Дикий Запад — это не только жуткие болезни, скальпы, беспорядочная стрельба, беспринципность, звериная жестокость, грязь, вонь и бескультурье, а еще и возможность заработать себе на жизнь несколько монет, показать свое беспримерное мужество, и, вообще, хорошо провести время. Надеюсь, эта заметка раззадорит вас, и вы тоже рискнете намыть немного золотишка.

Нижеследующий текст можно рассматривать как короткую и несерьезную зарисовку о современном положении дел в системной биологии.
Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js