tl;dr: потому что перед Ы не могли возникнуть ни Ж, ни Ш.
Орфография многих живых языков отражает давно исчезнувшие вещи: например, написание английского слова knight указывает на то, что когда-то в 14 в. оно произносилось «книхт». В русской орфографии тоже полно «доисторических окаменелостей»; и для того, чтобы не зубрить, а понимать орфографические правила — нужно разбираться, откуда эти правила взялись. Готового обзора истории шипящих я не нашёл, так что взялся составить его сам. Особенно интригует природа буквы Щ — самой необычной в нашем алфавите.