Рубрика «ruvds_статьи» - 81

image
Кристаллическая структура S. aureus Cas9 в комплексе с crРНК и её целевой ДНК

В прошлых постах вы просили подробнее рассказать про CRISPR/Cas9 и подходы к редактированию генома. Я просто не стал включать столь объемный материал в прошлый пост. А в этот не включу, например метод TALEN, который потенциально может быть более точным и имеет свои плюсы. Но дорогой, да.

Попробуем пройтись по уже достаточно хорошо описанному методу генетической модификации с помощью CRISPR-Cas9 и посмотрим чуть шире на перспективы, которые он для нас открывает. Меня дико заинтересовало направление по ксеногенной трансплантации от свиней к человеку. Первые, «докоррекционные» методы показали, что такой свиной трансплантат убивается организмом в течение нескольких минут. Но метод не отбросили совсем. Все-таки это — перспективный способ не ждать пока погибнет очередной потенциальный донор органов, а вырастить их заранее. Потом выяснилось, что свиньи еще и поголовно носят в себе пачку специфичных ретровирусов, которые встроены в их геном и могут вызвать эпидемию нового ксенозооноза. И вирусы тоже как-то надо выковыривать перед трансплантацией. И вот где-то тут выходят на сцену люди в белых халатах, которые делают что-то непонятное в своих лабораториях…
Читать полностью »

Запускаем DOOM на калькуляторе HP Prime G2 - 1


Установить DOOM на какое либо устройство, это как водрузить знамя победителя на павшей крепости. Мне задали вопрос “ну что, doom запустил?” не менее 35 раз, когда узнали что я вожусь с данным калькулятором. Решил не разочаровывать публику и добиться запуска DOOM. Попутно, это стало неплохим тестом работоспособности оборудования, а также выявления неприятных багов. В общем, поехали!Читать полностью »

Установка Linux на калькулятор. Часть II - 1

Как вы помните, в прошлой статье мне удалось стартануть linux на калькуляторе. Однако, работать на нём было невозможно, и я считаю это незачётом. Тогда я понял, что кроличья нора достаточно глубока и придётся полностью пересобирать всю систему, разбираясь с кодом. В итоге, я кратко прошёлся по всем этапам, которые описывал автор проекта. И результат полностью того стоит. Итак, поехали!Читать полностью »

Установка Linux на калькулятор - 1

Достаточно давно я мечтаю об устройстве, которое на своём борту будет иметь экран с тачскрином, аппаратные кнопки, и на котором без особых проблем будет работать linux. Ну и конечно же у неё будет достаточное количество интерфейсов. В своё время, надежды подавал проект Vogue, но сегодня я нашел его — идеальное устройство для карманного ношения, с мощным процессором и linux на борту. Итак, это калькулятор HP Prime G2. Там стоит шикарный процессор i.mx6ull, с которым у меня достаточно богатый опыт работы, поэтому портирование linux не казалось слишком сложной задачей. Однако, как обычно, дьявол кроется в мелочах.

Хочу поведать вам о своём тернистом пути установки Linux на калькулятор, что из этого получилось, а что нет, судить вам! Читать полностью »

Cheney on the M.T.A.: компилятор, в котором стек служит заодно и кучей - 1 

Did he ever return? No, he never returned,
And his fate is still unlearned,
He may ride forever ‘neath the streets of Boston,
He’s the man who never returned.

“Charlie on the M.T.A.”, 1949

1. Замыкания

Одна из удобных возможностей современных языков программирования – вложенные функции:

def bubble(arr, comp):

    def swap(i, j):
        temp = arr[i]
        arr[i] = arr[j]
        arr[j] = temp

    flag = True
    while flag:
        flag = False
        for i in range(len(arr) - 1):
            if comp(arr[i], arr[i+1]) > 0:
                swap(i, i+1)
                flag = True

Сама эта возможность не нова: она была уже в Алголе (1958) и многим знакома из Паскаля (1970). В компиляции вложенных функций нет ничего сложного: например, в стековом кадре внутренней функции может храниться указатель на стековый кадр внешней функции, чтобы внутренняя функция могла обращаться к параметрам и локальным переменным внешней. Кто-то может вспомнить, что инструкции enter и leave, появившиеся в 80186 (1982), реализуют именно такую поддержку вложенных функций (хотя я не встречал ни один компилятор, который бы её задействовал).

Сложности начинаются, если язык позволяет передать внутреннюю функцию наружу внешней:

def by_field(name):

    def comp(x, y):
        return x[name] – y[name]

    return comp

bubble(my_records, by_field("year"))

Как внутренняя функция сможет обращаться к параметрам и локальным переменным внешней после того, как возврат из внешней функции уничтожил её стековый кадр? Каким-то образом внутренняя функция должна «захватить» используемые переменные вместе с собой; функция вместе с захваченными извне переменными называется «замыканием». Паскаль такое уже не поддерживает; Читать полностью »

Что лучше выбрать: Wireguard или OpenVPN? Любимый VPN Линуса Торвальдса - 1

Технологии VPN редко становятся объектами пристального внимания: есть и есть. Создатель Wireguard Jason A. Donenfeld оказался везунчиком после нетипичной для Линуса Торвальдса резко хвалебной оценки качества кода.

Can I just once again state my love for it and hope it gets merged soon? Maybe the code isn’t perfect, but I’ve skimmed it, and compared to the horrors that are OpenVPN and IPSec, it’s a work of art.

Вскоре после этого Wireguard оказался в основной ветке стабильного ядра Linux. Чем же Wireguard так замечателен и отличается от остальных VPN?
Читать полностью »

image

image
Будем греть металлические пластины на GPU

Все знают, что Python не блещет скоростью сам по себе. На мой взгляд язык прекрасен своей читабельностью, но основная ниша его применения там, где вы большую часть времени ожидаете ввода/вывода каких-то данных. Условно, вы можете написать суперпроизводительный код на Rust или С, но 99% времени он будет просто ждать.

Тем не менее, Python прекрасен еще и как высокоуровневый синтаксический клей. В этом случае, его неторопливая интерпретируемая часть вызывает быстродействующий код, написанный на компилируемых языках программирования. Обычно для этого используются такие традиционные библиотеки как NumPy.

Но мы пойдем чуть дальше попробуем распараллелить вычисления на CUDA и задействуем странный, но работающий гибрид C++, stdpar и компилятора nvc++ от Nvidia. Ну и заодно попробуем оценить быстродействие. Возьмем две задачи: сортировку чисел и метод Якоби, которым будем рассчитывать нагрев металлической пластины.
Читать полностью »

Обзор GameLisp: нового языка для написания игр на Rust - 1

Программист, подписывающийся псевдонимом Fleabit, уже полгода разрабатывает свой язык программирования. Сразу же возникает вопрос: ещё один язык? Зачем?

Вот его аргументы:

TreeOS. 16-битная рождественская демка в загрузочном секторе - 1

В преддверии Нового Года бороздил просторы сети, и нашёл замечательную демку на ассемблере рисования новогодней ёлки. Демка не простая, а золотая, написана таким образом, чтобы работала в загрузочном секторе диска, фактически микрооперационная система, если её так можно назвать. Из-за большой любви к Новому Году и ассемблеру, решил таки её немного разобрать, и восхититься мастерством автора. Итак, поехали. Читать полностью »

Хабр точно знаком с парадоксом, а вот с некоторыми фичами павершелла, вероятно, нет, поэтому тут больше про него.

Правильно пишем командлеты на Powershell и заодно симулируем парадокс Монти Холла - 1

Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js