Навигационные системы используют разные типы навигационных сообщений для модуляции разных сигналов. Например, сигналы GPS L1C/A модулируются сообщением в соответствии с протоколом LNAV, а сигналы GPS L2C и L5 сообщением CNAV.
Протокол определяет размещение данных в фреймах и сабфреймах, интервал передачи, разрядность и т.д.