Рубрика «R» - 4

Как читать эту статью: прошу прощения за то, что текст получился таким длинным и хаотичным. Чтобы сэкономить ваше время, я каждую главу начинаю со вступления «Чему я научился», в котором одним-двумя предложениями излагаю суть главы.

«Просто покажи решение!» Если вы хотите всего лишь увидеть, к чему я пришёл, то переходите к главе «Становлюсь изобретательнее», но я считаю, что интереснее и полезнее почитать про неудачи.

Недавно мне поручили настроить процесс обработки большого объёма исходных последовательностей ДНК (технически это SNP-чип). Нужно было быстро получать данные о заданном генетическом местоположении (которое называется SNP) для последующего моделирования и прочих задач. С помощью R и AWK мне удалось очистить и организовать данные естественным образом, сильно ускорив обработку запросов. Далось мне это нелегко и потребовало многочисленных итераций. Эта статья поможет вам избежать некоторых моих ошибок и продемонстрирует, что же у меня в конце концов получилось.
Читать полностью »