Как мы показали в «Небольшом введении в параллельное программирование на R», одно из преимуществ R — легкость, с которой можно воспользоваться преимуществами параллельного программирования для ускорения вычислений. В этой статье мы расскажем, как перейти от запуска функций на нескольких процессорах или ядрах к запуску на нескольких машинах (с целью еще большего масштабирования и ускорения).
Сам по себе R не предназначен для параллельных вычислений. В нем нет множества параллельных конструкций, доступных пользователю. К счастью, задачи обработки данных, для решения которых мы чаще всего используем R, очень хорошо подходят для параллельного программирования, и есть ряд отличных библиотек, это использующих. Вот три основных пути воспользоваться преимуществами параллелизации, предоставляемой библиотеками:
- Подключайте более мощные параллельные библиотеки, например, Intel BLAS (доступна под Linux, OS X и Windows как часть дистрибутива Microsoft R Open). Это позволит заменить уже используемые библиотеки их параллельными версиями, благодаря чему получите ускорение (на соответствующих задачах, например, связанных с линейной алгеброй в
lm()/glm()). - Вынесите обработку задач моделирования из R во внешнюю библиотеку для параллелизации. Это стратегия, которую используют следующие системы: методы rx от RevoScaleR (теперь Microsoft Open R), методы h2o от h2o.ai, RHadoop.
- Используйте утилиту
parallelв R, чтобы запускать функции на других экземплярах R. Эта стратегия из «Небольшого введения в параллельное программирование на R» и ряда библиотек на основеparallel. Фактически это реализация удаленного вызова процедуры через сокет или сеть.
Рассмотрим подробнее третий подход.
Читать полностью »
