В попытках объяснить ребенку термин «молекула», можно сказать, что это гроздь винограда, а виноградинки — отдельные атомы. Утрировано, но вполне понятно. Когда же речь идет о макроциклах, то тут скорее подойдет сравнение с бусами, ибо такие молекулы состоят из больших колец атомов. Уникальность подобных структур заключается в их форме, которая определяет их свойства. Если форму можно контролированно менять, то можно менять и свойства. Ученые из Монреальского университета (Канада) разработали новую методику, позволяющую получить контроль над макроциклами посредством вполне естественного процесса под названием биокатализ. Как именно работает новая методика, какие результаты она показала во время испытаний и какое будущее ждет данное открытие? Ответы на вопросы мы будем искать в докладе ученых. Поехали.Читать полностью »
Рубрика «молекулярное моделирование»
Рукотворные атомные бусы: манипуляции с макроциклами
2020-02-26 в 7:50, admin, рубрики: антибиотики, атомы, биокатализ, Биотехнологии, Блог компании ua-hosting.company, катализ, лазеры, макроциклы, молекулы, молекулярное моделирование, молекулярные кольца, Научно-популярное, онкология, синтез, химия, Читальный залМетаморфозы: программирование формы на молекулярном уровне
2018-08-31 в 8:00, admin, рубрики: Блог компании ua-hosting.company, будущее здесь, мирцеллы, молекулярное моделирование, нанотехнологии, Научно-популярное, программирование веществ, решетка, физика, химияВ мире все подчиняется определенным законам. Многие вещь, что нас окружают, мы не можем представить иначе. Для нас всегда вода мокрая, огонь горячий, шар шарообразный, а куб кубический, как бы по-детски это не звучало. Но так ли это всегда? К слову, форма любого объекта обусловлена как химическими законами, так и физическими. Но человек всегда будет стремиться подстроить под себя окружающий мир, даже если придется играть с законами естественных наук. Большое внимание в наши дни уделяется минимизации устройств и их отдельных элементов, при этом сохранив или повысив их производительность и снизив энергопотребление. Однако есть и те, кто мыслит чуть шире. Сегодня мы с вами будем знакомиться с исследованием материала, способного менять свою форму по программе, заложенной в него учеными. Что это за материал, какие факторы влияют на его метаморфозы и насколько это важно для будущего технологий — об этом мы узнаем из доклада исследовательской группы. Поехали.Читать полностью »
Fujitsu создала новую технологию молекулярного моделирования
2018-06-18 в 11:33, admin, рубрики: Fujitsu, Биотехнологии, Блог компании Fujitsu, молекулярное моделирование, Научно-популярноеРазработка новых лекарственных препаратов связана с крупными финансовыми вложениями и может длиться не одно десятилетие. Именно поэтому ученые непрестанно занимаются поиском перспективных методов создания лекарств. Одним из таких методов является технология компьютерного моделирования. ИТ-разработка лекарств имеет большой потенциал, так как этот подход позволяет создавать виртуальные химические вещества и оценивать их эффективность на компьютерной модели. Компания Fujitsu разработала технологию молекулярного моделирования, которая в 10 раз снижает вероятность возникновения ошибок на этапе моделирования новых химических веществ. В этой статье мы расскажем о ней подробно.

Химия Кеннета Снельсона
2017-11-16 в 18:20, admin, рубрики: Биотехнологии, квантовая механика, молекула днк, молекулы, молекулярное моделирование, Научно-популярное, таблица элементов, химия, электронная оболочкаПри обосновании свойств атомов и молекул принято ссылаться на постулаты квантовой механики, в которых разбираются далеко не все физики. Тем более химики, у которых принципы Паули и Гейзенберга, правила Клечковского и Хунда, и даже уравнение Шрёдингера не вызывают никаких чувств, кроме чувства глубокого уважения к вышеупомянутым физикам. Ещё хуже гуманитариям и прочим художественным натурам, которым описывать и разъяснять подобные принципы, правила и уравнения бесполезно. В результате один из них – художник Кеннет Снельсон (Kenneth Snelson; 29.06.1927 — 22.12.2016) – решил, что «спасение утопающих – дело рук самих утопающих». И в 1960 году придумал простую теорию строения атома, которому он посвятил несколько десятков своих картин, и даже изваял из гранита /1/.
Рис. 1. «Атомные» скульптуры (4'x4'x4', гранит, 2009) /1/
Электроны в атомной модели Снельсона имеют кольцевую форму и формируют сферические электронные оболочки, состоящие из соприкасающихся электронных колец (“circle-sphere”). Модели таких «циклосфер» Снельсон построил из ферритовых кольцевых магнитов. Если их расположить на поверхности сферы, то при чередовании направления магнитного поля края смежных магнитов притягиваются друг к другу, и их внешние плоскости образуют многогранные (кольцегранные) оболочки.
Рис.2. Магнитные модели электронных оболочек Снельсона
Наиболее устойчивые «электронные» структуры получаются из двух, восьми, десяти и четырнадцати магнитов.
Читать полностью »
3D модели вирусов человека. Часть вторая: молекулярное моделирование и биоинформатика
2014-06-24 в 8:28, admin, рубрики: data visualization, science, биоинформатика, Блог компании Visual Science, молекулярное моделирование, Научно-популярное, метки: data visualization, science, биоинформатика, молекулярное моделированиеВ нашем первом посте про трехмерное моделирование вирусов мы перечислили основные стадии процесса и рассказали о том, с чего мы начинаем и как собираем исходную информацию. В этой заметке мы расскажем о следующем этапе работы — о создании моделей отдельных молекул, из которых впоследствии будет собрана целая частица.
Компоненты вирусной частицы Гриппа A/H1N1
Вирусная частица — это молекулярный механизм, решающий две принципиальные задачи. Во-первых, частица должна обеспечить упаковку вирусного генома и его защиту от деструктивных факторов среды, пока вирус путешествует из клетки, в которой он собрался, к клетке, которую он сможет заразить. Во-вторых, частица должна быть способна присоединиться к заражаемой клетке, после чего доставить вирусный геном и сопутствующие молекулы внутрь, чтобы запустить новый цикл размножения. Задач не очень много, поэтому вирусы, за редким исключением, могут позволить себе быть довольно экономными в том, что касается структуры.
Читать полностью »
Анализ агломерации ассоциированных систем
2012-11-24 в 16:07, admin, рубрики: молекулярное моделирование, Научно-популярное, метки: молекулярное моделирование, научно-популярное Допустим, Вы занимаетесь молекулярным моделированием. На руках у Вас имеются громоздкие файлы траекторий, которые неплохо было бы как то проанализировать. Рассмотрим (и ниже пойдет речь, в основном, именно об этой системе), например, метанол. Мы можем, к примеру, построить функцию радиального распределения (RDF), как это делается почти в каждой подобной статье. Но, вспоминая о том, что в метаноле существует специфическая агломерация — водородные связи — мы можем вдруг захотеть посмотреть, а как же оно там все выглядит на самом деле. Посмотреть, как выглядят агломераты (может даже сравнить их топологию), как распределяются они по размеру или еще, что захотите. Собственно ниже я предлагаю один из вариантов реализации подобной программы.
Читать полностью »