Мы создали атомарную 3D модель вируса SARS-CoV-2. И хотим рассказать о нашем проекте.
Это переработанная версия нашей статьи для N+1.
https://nplus1.ru/blog/2021/07/29/sars-cov-2-model
Рубрика «молекулярная биология»
Houdini и 3D модель вируса SARS-CoV-2
2021-11-30 в 10:45, admin, рубрики: CGI (графика), covid, Houdini, redshift, rocket science, биология, Блог компании Science in Motion, Компьютерная анимация, коронавирус, молекулярная биология, Научно-популярноеМолекулярная биология. Houdini. NVIDIA 3080. Коронавирус vs иммуноглобулины
2021-05-01 в 10:04, admin, рубрики: CGI (графика), coronavirus, Houdini, IgG, Nvidia, redshift, антитела, иммуноглобулин, Компьютерная анимация, коронавирус, молекулярная биология, Научно-популярное, Работа с 3D-графикой
Это мой второй текст на Хабре. Он плавно вырос из первой статьи «Молекулярная биология и Houdini летом двадцатого».
Молекулярная биология и Houdini летом двадцатого
2020-11-09 в 11:01, admin, рубрики: 3d графика, CGI (графика), Houdini, Компьютерная анимация, молекулярная биология, Научно-популярное, Работа с 3D-графикой, удаленная работа
Вот что получилось. А ниже история движения из точки А в точку B.
1.
Я учился в школе. И учебники по биологии, физике, химии отличались вялостью картинок. Если фотка, то чёрно-белая, обилие схем и текста. Сочного, красивого текста, рассказывающего, как выглядит вирус или ДНК.
Ну, это, приблизительно, как выбирать обувь, мороженое или автомобиль артикуляцией и обилием слов.
Но ведь так не происходит. Захотел боты — загуглил. Увидел миллиард картинок, ролики посмотрел, рекламу. И они все бодрые, сочные. Никаких схем. Зарядился энергией и купил кросы, греющие эстетику души и ножки.
Читать полностью »
Карусель из 16 атомов: самый маленький молекулярный ротор в мире
2020-06-19 в 6:40, admin, рубрики: атомы, Блог компании ua-hosting.company, молекулярная биология, молекулярный мотор, нанотехнологии, Научно-популярное, ротор, статор, туннелирование, физика, химия, электроны
На микро- и нанометровом уровне происходит множество интереснейших процессов, о которых мы даже не подозреваем, ибо их не так и просто увидеть. Чего стоит наше собственное тело: миллионы клеток из разных подсистем слаженно выполняют свои функции, поддерживая жизнедеятельность организма. Среди великого разнообразия необычных молекулярных образований стоит выделить молекулярные моторы, к которым причисляют моторные белки (например, кинезин). Концепция искусственных молекулярных моторов существует еще с середины прошлого века, а попыток создать нечто подобное было очень много, и все они чем-то отличались от других. Сегодня мы с вами познакомимся с исследованием, в котором ученые из EMPA (Швейцарская федеральная лаборатория материаловедения и технологий) создали молекулярный двигатель из 16 атомов, что делает его самым маленьким на данный момент. Как именно ученые создавали нано-двигатель, какие его особенности и возможности, и как эта разработка может быть применена на практике? Об этом мы узнаем из доклада ученых. Поехали.Читать полностью »
Хиральность, космические лучи и эволюция
2020-05-29 в 6:45, admin, рубрики: астрономия, биология, Биотехнологии, Блог компании ua-hosting.company, днк, Земля, зеркальное отражение, излучение, космические лучи, молекулы, молекулярная биология, Научно-популярное, нуклеотиды, РНК, симметрия, физика, хиральность, Читальный зал, эволюция
Случайности неслучайны, по крайней мере, если более пристально рассмотреть законы природы, управляющие миром вокруг нас. Каждый элемент, каждая молекула подчиняются определенным правилам, нарушив которые они могут попросту перестать существовать. Вся структура мироздания, несмотря на видимый хаос, весьма упорядочена. Правда не всегда удается понять, почему все устроено именно так, и никак иначе. Сегодня мы познакомимся с исследованием, в котором ученые из Стэнфордского университета (США) выдвинули теорию о том, что один из основополагающих элементов нашего мира, хиральность, был сформирован посредством длительного влияния космических лучей. Что такое хиральность, как именно космические лучи повлияли на ее формирование и как это проверить? Ответы ждут в докладе ученых. Поехали.
Читать полностью »
Липидам холод нипочем: предотвращение кристаллизации воды при -263 °С
2019-04-17 в 8:00, admin, рубрики: Биотехнологии, Блог компании ua-hosting.company, вода, кристаллизация, липиды, математика, молекулярная биология, нагрев, нанотехнологии, охлаждение, температура, физика, химия
Чего больше всего на планете? Что находится на вершине наших потребностей наряду с воздухом и едой? Что по мнению одного бородатого анекдота роднит человека с огурцом? Ответ прост — вода. Это химическое соединение играет центральную роль во многих макро- и микропроцессах: от климатических изменений до химического строения живых организмов. H2O обладает рядом химических и физических свойств, которые тем или иным образом применяются учеными разных направлений. Изменение определенных параметров приводит к появлению новых свойств или же изменению старых. Еще с малых лет много из нас знают, что вода в нормальных условиях закипает при 100 °С и замерзает при температуре ниже 0 °С. И тут ученые решили это изменить.
Сегодня мы с вами познакомимся с исследованием, в котором ученым удалось создать воду, незамерзающую даже при -263 °С. Какие манипуляции были проведены для достижения этого, какими новыми свойствами и характеристиками стала обладать «вечно» жидкая вода и какова польза от сего исследования? Ответы будем искать в докладе исследовательской группы. Поехали.Читать полностью »
Что за болезнь: рак. Молекулярная диагностика
2017-10-02 в 10:50, admin, рубрики: Биотехнологии, Блог компании «Атлас», будущее здесь, Здоровье гика, молекулярная биология, молекулярная фармакология, онкология, ракЗавершаем цикл статей об онкологических заболеваниях.
Сегодня Атлас подробно расскажет, что такое молекулярное тестирование и как оно влияет на постановку диагноза.
На фото: Владислав Милейко, руководитель направления Онкодиагностика,
биомедицинский холдинг «Атлас».
Читать полностью »
Генная инженерия бактерий: как достать из бактерий нужный нам белок
2017-03-28 в 20:09, admin, рубрики: бактерии, Биотехнологии, генная инженерия, молекулярная биология, хроматография, электрофорезИтак, в двух предыдущих статьях о генной инженерии бактерий (раз и два) мы разобрались с тем, как собирать нужные нам гены, в каком виде их можно вносить в бактерию и как именно их туда вносить. Допустим, все эти манипуляции мы проделывали для того, чтобы сделать биофабрику по производству белка. Тогда теперь дело за малым — достать из бактерии наш белок в максимально чистом виде.
Существует много методов решения этой задачи, большинство из них относится к хроматографии. О том, как эти методы работают читайте под катом.
Неподвижная фаза «ловит» проплывающие мимо молекулы за их (-ОН)-группы.
Читать полностью »
Генная инженерия бактерий: как внести нужные нам гены в составе плазмидного вектора в бактерию
2017-03-05 в 1:24, admin, рубрики: бактерии, Биотехнологии, генная инженерия, молекулярная биологияВ моей предыдущей публикации рассматривались два вопроса: основы молекулярной биологии и способы создания несущих нужные нам гены конструкций на основе плазмидных векторов. Теперь нужно разобраться с тем, как внести плазмидный вектор в бактериальную клетку, то есть произвести «трансформацию». Заодно мы узнаем кое-что о строении оболочки бактерий и о том, как её можно преодолевать, а также о том, почему некоторые бактерии называют компетентными, как всё это связано с бактериальными токсинами и устойчивостью бактерий к антибиотикам и много других интересных фактов.
Генная инженерия бактерий: с чего всё начиналось и как это работает в лаборатории сегодня
2017-03-03 в 7:52, admin, рубрики: бактерии, Биотехнологии, генная инженерия, медицина, молекулярная биологияНесмотря на существование очевидных преград и трудностей, которые подчас встают на пути развития и внедрения продуктов генной инженерии (ГИ), XXI век уже невозможно представить без плодов этой важной и многообразной технологии в арсенале современного биолога. Наиболее часто используемым организмом в ГИ являются бактерии.
Что такое ГИ и зачем она нам нужна? Почему бактерии так популярны у генных инженеров? В каком виде проще всего внести нужный ген в бактерию? С какими трудностями можно столкнуться, работая с этими организмами? Что произошло раньше: создание первой генноинженерной бактерии или открытие структуры ДНК и генома? Об этом и многом другом читайте под катом.
