В этой статье мы рассмотрим как свернуть одну спираль в РНК. Для понимания нужно прочитать все предыдущие части От белков к РНК, Мат. критерии, Как уменьшить число поворотов цепи?, Как оценить ход сворачивания односпиральной РНК?, Ограничение оптимизирующих методов в играх с противником и без. Если ранее у нас все шло как по маслу, то здесь мы столкнемся с серьезной проблемой. Может кто-то подскажет как её решить.
Рубрика «математика» - 198
Часть №5. Биовычисления по сворачиванию. Одна фундаментальная проблема
2012-03-25 в 3:58, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, Биотехнологии, кибернетика, математика, сворачивание рнк, теория игр, Фолдинг белков, метки: кибернетика, математика, сворачивание рнк, теория игр, Фолдинг белковЧасть №4. Биовычисления по сворачиванию. Как оценить ход сворачивания односпиральной РНК?
2012-03-19 в 6:57, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, Биотехнологии, кибернетика, математика, сворачивание рнк, теория игр, Фолдинг белков, метки: кибернетика, математика, сворачивание рнк, теория игр, Фолдинг белковИтак, если еще не устали от цикла «Hello, RNA World» — ловите последнею статью сезона :)
В прошлой статье я обосновал, почему следует (или хотя бы целесообразно) отказаться от оценки энергии как целевой функции. Если кто не в курсе — целевая функция, это такая придуманная нами функция, по которой можно оценить приближаемся мы к поставленной нами цели или нет, т.е. «правильно» сворачивается РНК или нет.
Если энергия — это мало репрезентативная цель, тогда что более стабильно/чётче указывает куда двигаться? Если бы у нас была абсолютно формализованная и точная цель — это уже означало бы, что мы задачу решили, т.к. сама формализация целевой функции — есть не что иное как полноценное понимание процесса.
Но у нас такой роскоши нет. Мы вынуждены вначале выдвигать гипотезу — каким закономерностям подчиняется процесс, и определенным образом отражать это в целевой функции.
JavaScript / Simplify.js — JavaScript-библиотека для упрощения ломаных линий
2012-02-08 в 14:27, admin, рубрики: javascript, open source, библиотека, геометрия, математика, упрощение, метки: javascript, open source, библиотека, геометрия, математика, упрощение
Рад представить вашему вниманию еще одну крохотную, но полезную open-source-утилиту своего авторства — Simplify.js.Simplify.js — очень быстрая реализация упрощения ломаных линий на JavaScript. Изначально написав ее для Leaflet (библиотеки для интерактивных карт), после небольшого эксперимента по оптимизации захотелось выпустить ее в качестве отдельной библиотеки без зависимостей, которую можно использовать как в браузере, так и на серверных платформах, таких, как Node.js, и применять и для 2D, и для 3D-точек.
Подобное упрощение позволяет на несколько порядков уменьшить количество точек в ломаной линии (например, представляющей длинный маршрут на карте илиЧитать полностью »