В прошлом году мы с Артуром Кадуриным решили присоединиться к новой волне обучения нейронных сетей — к глубокому обучению. Сразу стало ясно, что машинное обучение во многих сферах практически не используется, а мы в свою очередь понимаем как его можно применить. Оставалось найти интересную область и сильных экспертов в ней. Так мы и познакомились с командой из Insilico Medicine (резидент БМТ-кластера фонда «Сколково») и разработчиками из МФТИ и решили вместе поработать над задачей поиска лекарств против рака.
Ниже вы прочитаете обзор статьи The cornucopia of meaningful leads: Applying deep adversarial autoencoders for new molecule development in oncology, которую мы с коллегами из Insilico Medicine и МФТИ подготовили для американского журнала Oncotarget, с упором на реализацию предложенной модели во фреймворке tensorflow. Исходная задача была следующей. Есть данные вида: вещество, концентрация, показатель роста раковых клеток. Нужно сгенерировать новые вещества, которые останавливали бы рост опухоли при определенной концентрации. Датасет доступен на сайте NCI Wiki.