Рубрика «gromacs»

FlyElephant празднует первый год работы в публичном доступе и анонсирует сотрудничество с HPC-HUB - 1

В ноябре FlyElephant празднует первый год работы в публичном доступе. FlyElephant — это платформа для дата сайнтистов, инженеров и ученых, которая ускоряет бизнес с помощью автоматизации Data Science и Engineering Simulation.
Читать полностью »

Сообщество экспертов, совместная работа над проектами и другие обновления платформы FlyElephant - 1

Команда FlyElephant рада анонсировать релиз платформы FlyElephant 2.0, в который вошли следующие обновления: внутреннее сообщество экспертов, совместная работа над проектами, публичные задачи, поддержка Docker и Jupyter, новое хранилище данных и работа с HPC кластерами.

FlyElephant — платформа для исследователей данных, инженеров и ученых, которая предоставляет готовую вычислительную инфраструктуру для проведения высокопроизводительных вычислений и рендеринга, помогает находить партнеров и совместно работать над проектами, а также управлять всеми ресурсами из одного места. Платформа состоит из 3-х основных компонентов:

  • Compute. Быстрый доступ к вычислительному кластеру в облаке с нужным программным обеспечением или HPC кластеру, а также автоматизация проведения расчетов.
  • Collaborate. Совместная работа над проектами и сообщество экспертов, где можно найти партнеров, чтобы вместе решить сложную задачу или получить квалифицированную консультацию.
  • Manage. Управление лицензиями, программным обеспечением, вычислительными ресурсами, шаблонами, алгоритмами, данными и результаты в одном месте.

Среди нововведений отметим следующие:
Читать полностью »

Пару недель назад, наша команда выпустила свежий релиз FlyElephant — платформа для ученых, которая предоставляет готовую вычислительную инфраструктуру для проведения расчетов, помогает находить партнеров и совместно работать над проектами, а также управлять всеми данными из одного места.

В качестве вычислительного ресурса сейчас используется облако Azure, а пользователи могут запускать вычислительные задачи, написанные с помощью С++ (с поддержкой OpenMP), R, Python, Octave, Scilab, Java, Julia, OpenFOAM, GROMACS, Blender на серверах с количеством ядер от 1 до 32 и оперативной памятью до 448 ГБ.

Сегодня мы хотим поделиться видео-туториалсами запуска задач во FlyElephant. Под катом вы найдете видео, как запускать вычислительные задачи, написанные с помощью С++, R, Python, Octave и рендерить изображения с помощью Blender, а также промо-код для получения бесплатных дополнительных часов работы ваших задач.
Читать полностью »

Работа с приватными репозиториями и другие обновления платформы FlyElephant - 1

Команда платформы FlyElephant подготовила ряд обновлений, которые позволяют работать с приватными репозиториями, повышают безопасность системы и улучшают работу с задачами.

FlyElephant — это платформа для ученых, которая предоставляет готовую вычислительную инфраструктуру для проведения расчетов, помогает находить партнеров и совместно работать над проектами, а также управлять всеми данными из одного места. FlyElephant автоматизирует рутинные задачи и позволяет сосредоточиться на основных вопросах исследований.

В качестве вычислительного ресурса используется облако Azure. Пользователи могут запускать вычислительные задачи, написанные с помощью С++ (с поддержкой OpenMP), R, Python, Octave, Scilab, Java, Julia, OpenFOAM, GROMACS, Blender на серверах с количеством ядер от 1 до 32 и оперативной памятью до 448 ГБ.

Среди нововведений можно отметить следующие:
Читать полностью »

FlyElephant как инструмент для вычислений на C++, R, Python или Octave - 1
Приветствую всех!

Сегодня я расскажу о возможностях платформы FlyElephant для ученых и инженеров, которые в своей работе проводят различные вычисления на C++, R, Python или Octave. Это могут быть научные расчеты, анализ данных, моделирование или другие задачи. 22 января я буду проводить вебинар “Введение в FlyElephant”, на котором детально расскажу о платформе FlyElephant, а сегодня в общих чертах познакомлю вас с ней и покажу процесс проведения расчетов.

FlyElephant — это платформа, которая предоставляет ученым готовую вычислительную инфраструктуру для проведения расчетов, автоматизирует рутинные задачи и позволяет сосредоточиться на основных вопросах исследований.
Читать полностью »

Новые инструменты (Octave и Scilab) во FlyElephant и анонс вебинаров - 1

Команда FlyElephant поздравляет всех с наступившим Новым Годом. Мы начинаем этот год с расширения списка инструментов, вебинаров и формирования сообщества вокруг проекта.

FlyElephant — это платформа, которая предоставляет ученым готовую вычислительную инфраструктуру для проведения расчетов, автоматизирует рутинные задачи и позволяет сосредоточиться на основных вопросов исследований.

Для пользователей платформы FlyElephant стали доступны Octave и Scilab, таким образом полный список поддерживаемых языков и инструментов следующий: GCC (с поддержкой OpenMP), R, Python (v2 & v3), Octave и Scilab. Для участников программы бета-тестирования стал доступен следующий инструментарий: Java (v7 & v8), Julia, OpenFOAM, GROMACS и Blender. Если Вы еще не являетесь пользователем платформы FlyElephant, то зарегистрироваться можно здесь. В честь Нового Года Вы можете пополнить свой счет на $300 введя в Личном кабинете специальный промо-код: 195708679772.
Читать полностью »

Моделирование методом молекулярной динамики в пакете Gromacs - 1Иногда хочется занять свой ноутбук чем-нибудь полезным, да и так чтобы с работой помогало. Несколько лет назад, в университете сталкивался бегло с моделирование методом молекулярной динамики в gromacs, это хоть и не совсем то, но уже можно было притянуть за уши к моей работе. Русскоязычной информации по запуску моделирования в gromacs удалось найти крайне мало, примерно столько же и в глобальном масштабе, все в основном обсуждают уж очень глубокие/тонкие моменты. В итоге решил разобраться в нем, а заодно и написать краткое руководство, по использованию gromacs.

Преследуемая цель статьи — популяризировать Gromacs в широких кругах. Цели сделать полный охват метода и возможностей пакета нету, потому это будет краткий экскурс плохая методичка, с установками и запуском.
Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js