Мы часто говорим о задачах, которые лежат на стыке той или иной классической науки и анализа данных. В сегодняшнем докладе эта идеология представлена воочию — большую часть доклада читает учёный, а о конкретных методах и инструментах рассказывает программист.
Под катом — расшифровка и основная часть слайдов.
Постепенная информатизация медицины связана со сбором очень разных данных. Они добываются совершенно непохожими способами и почти всегда имеют уникальную структуру. Откуда, как и зачем их стоит собирать? В своём докладе руководитель разработки сервиса Яндекс.Здоровье Михаил Tomcat Пайсон рассказывает об основных путях развития современной медицины и о технологических проблемах, которые перед ней стоят.
Под катом — расшифровка доклада и слайды.
Мы уже несколько раз упоминали серию мероприятий Data & Science, где специалисты по анализу данных и учёные рассказывают друг другу о своих задачах и ищут способы для взаимодействия. Одна из встреч была посвящена биоинформатике. Это отличный пример отрасли, где есть масса ещё не решённых задач для разработчиков.
Под катом вы найдёте расшифровку лекции Игната Колесниченко — выпускника мехмата МГУ и Школы анализа данных. Сейчас Игнат работает ведущим разработчиком службы технологий распределённых вычислений Яндекса.
Близнецы Саманта Шилит (слева) и Ариэль Шилит Нитенсон (справа) на свадьбе Нитенсон в 2013 году
В августе 2015 года Саманта Шилит посещала своего терапевта для сдачи крови на анализ. Она была кандидатом наук в Гарварде, специализировалась на человеческой генетике, и её было очень интересно раскрыть секреты своего генома при помощи полной расшифровки, предоставляющей полную распечатку ДНК человека.
Пациенты должны давать согласие на полную расшифровку ДНК или любой другой тест. Но никакие законы не запрещают им делать со своей генетической информацией что угодно, а также не требуют вмешательства родственников пациентов. А это поднимает вопросы владения генетическим кодом – ведь члены семьи разделяют множество свойств этого кода, и могут являться носителями сходных самых генетических аномалий, связанных с различными болезнями.
Читать полностью »
200 лет назад на побережьях Великобритании, Ирландии, Норвегии, Гренландии, части Испании и Новой Англии гнездилась бескрылая гагарка. Это крупная нелетающая птица семейства чистиковых. Вымерла гагарка в середине 19-го века. Как говорит нам Википедия, эта птица была единственным современным представителем рода Pinguinus.
Вымерла она не из-за природных катаклизмов, а из-за того, что на нее охотился человек. Мясо, пух — все шло в ход. Уже к середине 16-го века популяции гагарки в различных регионах стали резко сокращаться. И в 1852 году на Большой Ньюфаундлендской банке была замечена единственная особь. Похоже, она была последней, или одной из последних в мире. Это один из первых видов живых организмов, которые были полностью уничтожены человеком. Теперь ученые хотят все исправить и вернуть гагарку при помощи последних достижений науки. А именно — при помощи генной инженерии.
Читать полностью »
Биоинформатика – перспективная сфера науки и стремительно развивающаяся индустрия. Применение информационных технологий в биологических исследованиях сегодня позволяет тестировать лекарственные препараты в виртуальной среде и расшифровывать последовательности ДНК за считанные часы. В этом материале мы расскажем о биоинформатике и о том, какие разработки ведутся в этой сфере в Университете ИТМО.
Читать полностью »
Последовательность чередования оснований, определенная в молекуле ДНК, находящихся в каждой клетке нашего тела делает нас с вами такими, как мы есть. Вместе с тем, ряд ученых уже достаточно продолжительное время изучают возможность и вероятность существования «альтернативного» скрытого языка, также кодирующего жизненно важную информацию генома но другим способом и на другом уровне. Эта закодированная информация должна служить своего рода руководством к действию, используя которое клетки нашего организма получают возможность распознать и обработать основной массив информации в строго определенной последовательности.
Мегавирус
Биологи из университета Пердью в новой работе описали строение и свойства гигантского вируса семейства «фаустовирусов», обнаруженного в прошлом году. Он отличается от других найденных ранее гигантских вирусов наличием двойной оболочки, защищающей его геном – такое строение среди ДНК-вирусов наблюдалось впервые.
Среди уникальных особенностей также можно отметить строение гена, кодирующего капсид вируса (внешнюю белковую оболочку вирусов) – в него входит более 17000 спаренных оснований, которые при этом кодируют всего 652 аминокислоты.
Ранее считалось, что вирусы имеют размеры до 200 нм, и потому свободно проходят через фильтр с диаметром пор 0,22 мкм, а из-за их малого размера их нельзя разглядеть в световой микроскоп. Но с 2003 года эти представления начали меняться.
Читать полностью »
Слева — споры Kudoa iwatai, размер каждой — 10 мкм. Справа — медуза Aurelia aurita, с диаметром купола 25 см
Организмы, ведущие паразитический образ жизни, как правило, имеют довольно простое строение. Предки таких организмов (тех же ленточных червей) были гораздо более совершенными, чем их «потомки». На днях ученые, секвенировавшие геном паразита Kudoa iwatai, обнаружили, что это микроскопическое существо, на самом деле — микромедуза. При этом состоит такой организм всего из нескольких клеток.
Расшифровка генома паразита показала, что предком этого организма являются стрекающие кишечнополостные (Cnidaria). Представителями Cnidaria, кроме медуз, являются кораллы и морские анемоны.
Читать полностью »
