Друзья, у нас начался новый финансовый год и мы решили сделать новые футболки, которые мы традиционно раздаем на наших мероприятиях для разработчиков. Сейчас мы выбираем между шестью вариантами и просим вашей помощи выбрать лучший — голосуйте!
Читать полностью »
Недавно на хабре проскочил пост, который напомнил мне о такой забавной и довольно интересной вещи, как BoxCar2D (Оригинал, Версия из поста), которую в первый раз я увидел пару лет назад, и которая меня порядком впечатлила. И уже тогда я подметил в ней один фатальный недостаток (вкратце — ее сделал не я), но в тот раз руки так и не дошли до его исправления. И вот теперь я решил это исправить.
Итак, я расчехлил Visual Studio и принялся за дело.
Первым делом я просто повторил функционал BoxCar2D, а именно: фиксированный размер популяции, которая проживает свою жизнь и порождает следующее поколение. Можно было поиграться с тем, как усложняется трасса со временем, что содержит в себе геном и как машинки скрещиваются и мутируют.
Читать полностью »
В продолжение предыдущей игры — Эволюция гоночных автомобилей на JavaScript
Эта игра теперь сетевая, все игроки деляться своими лучшими машинками в каждом раунде. Лучшая машинка каждого игрока игрового мира добавляется к вам в список машин текущего уровня. Лучшие машинки передаются по миру друг другу пользователями которые прямо сейчас играют, используя PubNub Real-time Network.
Сорцы: https://github.com/pubnub/genetic-car-2
Играть на http://gencar.co/
Возможно, вам доводилось видеть игру Box Car 2D — автогонки машинок, сгенерированных с помощью генетического алгоритма. Игра работает на платформе Flash и использует физический движок box2d. За тем, как из бесформенных уродцев через несколько десятков поколений развиваются вполне приличные гоночные автомобили, можно наблюдать часами. Игра существует уже несколько лет, а её фанаты соревнуются в выведении новых «пород» машинок на разных типах трасс. Недавно в сети появился клон этой игры под названием Genetic Cars, написанный на HTML5 и JavaScript. Хотя в нем ещё многого не хватает (например, редактора машинок), некоторые вещи сделаны гораздо лучше, чем в оригинале. Например, есть возможность наблюдать заезд всех машинок одновременно. И самое главное — можно ковыряться в исходниках!
Количество новых гаджетов и электронных устройств с каждым днём растёт как на дрожжах.
Станет ли очередная «железка» эволюционным прорывом, перевернувшим весь мир, или так и останется прототипом? Читая многочисленные обзоры новых ноутбуков, мобильных телефонов и прочей техники, невольно хочется провести аналогию с эволюцией биологических видов, тем более что схожесть этих процессов поражает.
Давайте посмотрим на то, как развивался Homo Sapiens. Род Homo отделился от австралопитеков или подобных им гоминид около 2 млн лет назад в Африке. Существовало несколько видов людей, большинство из которых вымерло. К ним, в частности, относятся питекантропы, неандертальцы и др. Важнейшими этапами антропогенеза, отделившими человека разумного от других гоминид и выделившими его из мира животных, были начало изготовления орудий труда, освоение огня и появление языка.
В предыдущей статье, обсуждение получилось слишком крикливым. Но мы открыли свой сайт и там я переписал более взвешенно. Написанное там рекомендую прочитать, чтобы потом не жаловаться на сложность изложения. На самом деле нужен минимум информации для понимания. Я обещал написать продолжение о своем эксперименте, поэтому те кто заинтересовался проблематикой построения эволюционных деревьев — прошу под кат. Читать полностью »
Этот проект был задуман давно. Лет 5 назад я считал, что многие результаты в геномике могут быть получены людьми далекими от биологии, коим я в полной мере являюсь. Конечно за это время я немного нахватался терминологии и немного узнал как работают специалисты. Но чем больше я узнавал как работают специалисты тем большие отторжение это у меня вызывало. Я считаю, что они явно много незаслуженно усложняют в результате чего не простая область становится не проходимой. В то время как все достаточно просто и качественно можно сделать. И да я с ними пытаюсь конкурировать (конечно, только в определенной узкой области), как бы наивно это не выглядело.
Вся проблема этого проекта — это то, что я его единственный полноценный участник. Конечно, я успел со многими за это время поговорить и многие оказали реальное влияние на проект. Всем им спасибо. Понятно, что не коммерческий проект не сильно может рассчитывать на успех. Да, действительно за каждым научным проектом стоит солидные около миллионные вливания и команда серьезных ученных. У нас этого нет, а есть лишь гуманизм и энтузиазм.
Поэтому в первую очередь я нуждаюсь в советах от тех у кого есть опыт в стартапе подобных проектов на не коммерческой основе. Во вторую очередь, нужна собственно команда программистов (от знания биологии, при необходимости, я вас освобожу :) ). А сейчас я хотел бы найти таких энтузиастов, которые могли бы обеспечить работу (скажем скромно) домашней веб-страницы проекта (прошу писать мне на почту tac@inbox.lv или личными сообщениями хабра). И конечно, важен любой другой отклик и предложения.
А ниже я расскажу идею и то на что претендует проект, а также о текущих результатах, а они в худшем случае сравнимы с теми которые дают специалисты. Но я вполне самокритичен, поэтому всегда готов выслушать критику — желательно не в мой адрес, а в адрес проекта.
Посвящается Энди Рубину, Рику Майнеру, Нику Сирсу и Крису Уайту.
Сейчас много любителей Android, имеющих, как минимум, одно устройство под его управлением, чуть меньше тех, кто просто немного пользовался системой, и уж точно нет почти никого, кто не слышал об этой популярной операционной системе.
Для представителей последней группы, непонятным образом оказавшихся на Хабре:
Долго собирал разного рода информацию для себя по этой ОС с целью создания общей картины о ее месте на рынке мобильных устройств и перспектив.
Кроме того, статья содержит примеры использования нескольких полезных вэб-сервисов:
Я начну с провокационного заявления — «биологи не публикуют детали своих исследований». Казалось бы столько статей, столько исследований… но где описание и детализация информации, которая получена? Её в принципе нет. А статьи без такой информации пусты и спорны. Каждый нахваливает свой метод, но много ли кто озаботился верификацией чужих данных, а главное смог ли он её сделать?
Можно лишь приветствовать появление таких биоинформационных баз как NCBI genomes и PDB, в которые исследователи помещают данные о секвенированных геномах и структурах РНК, белков. И главное, некоторые ученные прежде чем опубликовать статью, прежде помещают данные в биоинформационные базы.
Вы скажите есть много других баз — но я вам скажу они менее серьезные, и как правило перепосты этих двух с некоторой адаптацией. Но главное, что вся другая биоинформационная информация, можно сказать вторичная — не помещается в базы. А в статьях тем не менее идут различные спекуляции.
Конечно, так оно выглядит только для таких дилетантов как я. У настоящих же профессионалов все как в аптеке. Поэтому можете не утруждать себя ответом на эти пафосные заявления. Мы просто поговорим как выглядит биоинформатика в её частных областях глазами дилетанта. Но может и вас эта история к чему нибудь побудит.
Мы поговорим ниже о построение дерева эволюции согласно Дарвину, посмотрим на сколько это справедливо и таки я в итоге дам полное дерево (в рамках имеющейся информации) эволюции бактерий на основании самых консервативных генов тРНК. И дам пояснение о методе построения такого дерева.
Специалистам в биоинформатике рекомендую читать с раздела №5, пропустив весь мой пафос.
Думаю многие ИТ-специалисты интересуются не только программированием, но и вопросами более земными и частенько их можно застать рассуждающими о происхождении человека, разума и т.д. Мы обратимся к самому началу — происхождению видов бактерий. И хотя там есть много узкоспециальных вопросов, сам принцип построения филогенетических деревьев не такой легкий, но захватывающий. О нем то мы и будем говорить.
Чуть ранее я написал статью Систематика прокариот — дальние родственники, где сообщил о грубых результатах и методе их получения. Он несколько не классический, но вполне укладывается в научную парадигму. Достаточно «жесткий» диалог с Davidov, который имел место быть в этой статье, может создать впечатление проблематичности метода о котором я говорю. Но мы потом сели и спокойно обсудили, и подвели некоторые итоги. Суть диалога представляет некоторый интерес и я его вначале частично опубликую.
А затем хочу продемонстрировать один наглядный пример построения дерева «происхождения видов» с помощью моего подхода (назовем его «детерминированный подход»). По сути метод можно обобщить, и тогда он не будет относится только к филогенетике и его можно использовать в других областях, когда нужно граф превратить в дерево, выкинув слабые связи.
