Рубрика «Биотехнологии» - 143

Map of life — каталог информации о биологических видах на Земле
В интернете появилась бета-версия сервиса Map of Life, который может оказаться полезным для учёных, занимающихся биологическими и экологическими исследованиями, и просто всем любопытствующим. Создатели сервиса — учёные Йелльского университета совместно с NASA — позиционируют Map of Life как «биологическую Википедию», однако отмечают, что информация на сайте будет пополняться только из академических источников и после многократной проверки. На данный момент Map of life содержит информацию о приблизительно 25 000 видах флоры и фауны со всего мира (включая и Восточную Европу), однако каталог будет пополняться как минимум до того момента, как число подробно описанных видов достигнет двух миллионов — над этим процессом сейчас работают студенты биологического факультета Йелльского университета.

Поиск на Map of Life осуществляется либо по названию биологического вида (пока только на английском, однако картография сервиса русский язык поддерживает), либо просто кликая мышкой на определенном месте карты, выбирая радиус поиска и вид животных или растений, который требуется найти в данной области.
Читать полностью »

PageRank и борьба с раком

Немецкие учёные используют модифицированную версию PageRank для сканирования опухолей. Этот алгоритм, NetRank, сканирует гены и белки в клетках и определяет все особенности связей между ними, точно так же, как PageRank сканирует веб-страницы на предмет гиперссылок. Данный подход может помочь в поиске новых способов лечения опухолей.Читать полностью »

Синтетический вирус M13 преобразует кинетическую энергию в электричество
Протеиновая оболочка генетически модифицированного варианта M13 и его код

Всем знаком пьезоэлектрический эффект — создание электрического поля под действием механического напряжения. Например, нажимаете кнопку — и в пьезозажигалке образуется искра. Отличная система, казалось бы, пьезоэлементы можно внедрять повсеместно для сбора механической энергии — в каблуки ботинок, компьютерную клавиатуру, напольные покрытия, дверные коробки и так далее — куда угодно, ведь это практически вечный источник «бесплатной» энергии. Но в реальности подходящие пьезоэлектрики дороги и токсичны для повсеместного использования.

Группа учёных из Национальной лаборатории им. Лоуренса в Беркли нашла решение этой проблемы: они сконструировали вирус, который справляется с задачей гораздо лучше, чем неорганические пьезоэлектрики, и при этом безопасен.
Читать полностью »

11 мая побывал на MassChallenge в Бостоне на презентации Российских и Португальских стартапов. Кто не знает — MassChallenge — это такая «теплица» для стартапов, помогающая молодым компаниям найти спонсоров, предоставляющая временное место для работы и некоторую другую поддержку.

Мероприятие называлось Russian and Portuguese Startups Demo Day. Основной контингент со стороны России был из МГУ, ФизТеха и Институтов РАН, все ребята молодые по 22-25 лет, что меня очень сильно порадовало. Общее впечатление — очень положительное, основная масса стартапов из естественно-научной области, направленные на фарматек, биотек и медицину. Большой оригинальности идей у стартапов не было и все они базируются на идеях опубликованных довольно давно (5-10 лет минимум), но сама материальная реализация этих идей — насущная проблема, которую ребята, как раз и хотят решить, или решили, т.к. большая часть из них уже имеют компактные рабочие прототипы. Практически все Российские ребята хорошо говорили на английском языке, что меня также обрадовало. Мы смотрелись наравне с португальскими стартапами, очень достойно, однако у меня сложилось впечатление, что у наших ребят хромает защита интеллектуальной собственности проектов, также мы 100% выигрывали в возрасте участников, т.к. практически все португальские стартапы были представлены людьми за 30.

Все стартапы, и российские и португальские можно разбить на следующие группы
1. Медицинская диагностика
2. Биотех
3. Энергосбережение
4. Веб-сервисы

Моя основная специализация компьютерная разработка лекарств, высшее образование по Фармацевтической химии, поэтому все стартапы из серии клоны Facebook и прочая web2.3-0 вакханалия вызывает у меня мало эмоций. Все комментарии и выводы о стартапах мои личные, последней инстанцией не являются.

Кому интересно прочитать про каждый стартап прошу далее...Читать полностью »

Многим из нас приходилось принимать различные препараты в лекарственных целях. В то же время, на аспирине, виагре и тамифлю фармацевтические корпорации делают миллиарды долларов. Вот только верхушка айcберга лекарственных блокбастеров: Список самых продаваемых лекарств 2010 года

Давайте разберемся, как же разрабатываются на текущий момент подобные лекарственные препараты.
Читать полностью »

Пластиковая электроника изменит дизайн привычных вещей

Группа учёных под руководством профессора Хеннинга Сирринхауса (Henning Sirringhaus) из Кавендишской лаборатории Кембриджского университета разработала новый техпроцесс для печати электрических схем на пластике. Это приближает нас к тому времени, когда каждый из нас сможет в домашних условиях напечатать нужную микросхему, а в повседневную жизнь войдут прозрачные «умные» материалы, такие как искусственная кожа.
Читать полностью »

Могут ли насекомые быть запчастями?
Эта киберплатформа несёт до 9 грамм полезной нагрузки.

Возьмём гусеницу. В какой-то момент она начинает сама переделывать себя в бабочку. Вопрос прост: можно ли дать ей для сборки синтетические компоненты, которые позволят получить киборга-насекомое? Ответ – да, можно. И Мишель Махарбиз это сделал.

Когда этот учёный из Беркли создал первого киборга-жука, к нему сразу пришли военные (DARPA) и спросили, собирается ли он убивать людей, плюс что будет, если его жук убежит и начнёт бешено размножаться. Читать полностью »

Итак, в прошлых частях мы разобрались как сравнительно просто сворачивать спирали РНК. Теперь нам предстоит понять, как вообще сворачивается РНК. То РНК, которые мы взяли в виде примера имеет три спирали. Две из них L1 и L2 можно свернуть независимо. А вот с третьей проблемы. Эта третья состоит из концов РНК, и при ее сворачивании начинаю двигать наши свернутые спирали L1 и L2. Во-первых, при этом они мешают друг другу, и следовательно и сворачиванию третьей спирали. Во-вторых, возможно образование около десятка разнообразных псевдосимметричных структур — спирали L1, L2 могут по разному располагаться по отношению к сворачиваемым концам РНК.

Здесь мы попробуем разобраться как эти проблемы решить.

Читать полностью »

В этой статье мы рассмотрим как свернуть одну спираль в РНК. Для понимания нужно прочитать все предыдущие части От белков к РНК, Мат. критерии, Как уменьшить число поворотов цепи?, Как оценить ход сворачивания односпиральной РНК?, Ограничение оптимизирующих методов в играх с противником и без. Если ранее у нас все шло как по маслу, то здесь мы столкнемся с серьезной проблемой. Может кто-то подскажет как её решить.

Читать полностью »

Итак, если еще не устали от цикла «Hello, RNA World» — ловите последнею статью сезона :)

В прошлой статье я обосновал, почему следует (или хотя бы целесообразно) отказаться от оценки энергии как целевой функции. Если кто не в курсе — целевая функция, это такая придуманная нами функция, по которой можно оценить приближаемся мы к поставленной нами цели или нет, т.е. «правильно» сворачивается РНК или нет.

Если энергия — это мало репрезентативная цель, тогда что более стабильно/чётче указывает куда двигаться? Если бы у нас была абсолютно формализованная и точная цель — это уже означало бы, что мы задачу решили, т.к. сама формализация целевой функции — есть не что иное как полноценное понимание процесса.

Но у нас такой роскоши нет. Мы вынуждены вначале выдвигать гипотезу — каким закономерностям подчиняется процесс, и определенным образом отражать это в целевой функции.

Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js