Рубрика «биоинформатика» - 9

Продолжаем рассказывать о нашем опыте построения «самой лучшей магистратуры по Computer Science» =) и интересоваться мнением IT сообщества. Напомню, что нашей целью было создать магистратуру с сильной программой, в которой не было бы «лишних» курсов.. И благодаря сотрудничеству с Академией Современного Программирования и лабораторией математической логики Санкт-Петербургского отделения математического института им. В.А. Стеклова РАН у нас это успешно получилось сделать.

В прошлый раз мы написали о том, как создавалась кафедра и о том, чего нам удалось добиться за 5 лет.

В этом посте мы обсудим, чему нужно учить в магистратуре по Computer Science.
СПбАУ РАН: чему должны учить в магистратуре по Computer Science?

Читать полностью »

Попробуем найти законченную форму для изложенных ранее знаний и через нее совершить качественный скачок в понимании происходящих процессов. Если вы обладаете абстрактным мышлением и способны ради экперимента отказаться от своих устоявшихся взглядов, то поехали.
Читать полностью »

Sony создает компанию, занимающуюся исследованиями генома человека

Многие технологические корпорации, кроме основного бизнеса, ведут еще и побочную деятельность, которая, порой, кажется весьма далекой от их главного направления. Так, Google занимается, к примеру, вопросами исследования Луны, а также изучением основных вопросов геронтологии. А компания Sony сейчас собирается заняться изучением генотипа человека, для формирования в дальнейшем направлений деятельности, связанных с персонализированной медициной и здравоохранением.

Читать полностью »

Мозг обрабатывает изображения за 13 миллисекунд

Нейробиологи из Массачусетского технологического института установили минимальное время, в течение которого человеку нужно показывать изображение, чтобы мозг сумел его обработать. Показатель равен 13 миллисекундам. Это значительно меньше, чем предполагалось. Раньше учёные оценивали время обработки информации примерно в 100 миллисекунд.

Во время эксперимента испытуемым предлагалось сигнализировать, если они увидят определённый тип картинки, такой как «пикник» или «улыбающаяся пара», при этом им демонстрировали серию из 6 или 12 изображений с промежутком 13-80 миллисекунд. На иллюстрации выше показан образец такой последовательности кадров.
Читать полностью »

Мой прошлый пост с треском провалился. А все потому, что я допустил серьезную ошибку, построив многоуровневую абстрактную модель. Будем исправлять.Читать полностью »

Мой предыдущий пост оправдал ожидания вызвал весьма оживленную дискуссию. Тема актуальная и интересная, поэтому стоит продолжать. И самое время заложить основы понимания и определиться с терминологией.Читать полностью »

Сергей Науменко, научный сотрудник лаборатории эволюционной геномики факультета бионженерии и информатики МГУ им. Ломаносова рассказал ПостНауке о лаборатории, сепуркомьютерах, которые используются для обработки геномных данных, и проблемах, которые в связи с этим приходится решать.
Компьютеры для геномикиЧитать полностью »

Минздрав США угрожает компании 23andMeАгентство FDA (Food and Drug Administration) при министерстве здравоохранения и социальных служб США опубликовало письмо в адрес исполнительного директора стартапа 23andMe Энн Войчицки с предупреждением о правовых последствиях невыполнения предписанного действия.

Чиновники предупреждают, что анализ персональных геномов является медицинской деятельностью, а работа без соответствующего разрешения нарушает закон Federal Food, Drug and Cosmetic Act (FD&C Act). В частности, компания предлагает услуги персонального сервиса генотипирования (PGS), в рамках которого предоставляет индивидуальный отчёт о наличии или отсутствии 254 заболеваний и состояний, в том числе в тематических категориях «карьера», «риски для здоровья» и «реакция на лекарства». При этом PGS позиционируется как средство для раннего предупреждения о риске серьёзных заболеваний, таких как диабет, ишемическая болезнь сердца, рак груди. Анализ ДНК помогает найти неизвестных родственников, определить родословную, получать новую информацию о своих генетических маркерах по мере их расшифровки научным сообществом.

FDA считает, что большинство способов использования PGS указывают на то, что контейнер для приёма образцов слюны — это медицинский прибор, а генотипирование — медицинская услуга. Такие приборы и услуги требуют разрешения FDA.
Читать полностью »

Смертельная болезнь оказалась программным багом 23andMeУ немецкого программиста Лукаса Хартманна (Lukas F. Hartmann) недавно случился второй день рождения. Он узнал, что диагностированная у него по результатам генетического теста смертельная болезнь — всего лишь баг программы. В смысле, не его генетической программы, а компьютерной программы статистического анализа генетической информации.

23andMe — частная биотехнологическая компания из США, которая осуществляет изучение генома всего за $99. Человек должен отправить в фирму капельку слюны, а в ответ получит логин и пароль для доступа к результатам анализа (предупреждение: отправка генетического материала из России запрещена законодательством РФ, поэтому фирма 23andMe не принимает образцы из России).
Читать полностью »

Проблема кратчайшей общей надстроки формулируется следующим образом: найти кратчайшую строку, такую, что каждая строка из заданного набора являлась бы её подстрокой. Эта проблема имеет место как в биоинформатике (задача сборки генома в общем случае) так и в сжатии данных (вместо данных хранить их надстроку и последовательность пар, вида (индекс вхождения, длина)).

Когда я искал в сети информацию по этой проблеме и её решению на русском языке — находилась лишь пара постов про биоинформатике, где вскользь упоминаются эти слова. Кода (кроме жадного алгоритма), конечно же, тоже не было. Разобравшись в проблеме, этот факт сподвиг на статью здесь.

Осторожно, 4 мегабайта!
Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js