«Добро пожаловать к себе», «познакомьтесь со своей ДНК», «исследуйте свою внутреннюю вселенную» — такие слоганы составляют компании, предлагающие генетическое тестирование. Действительно, занятное дело — посмотреть на сбои своего собственного генома или узнать, откуда берет начало твой род. Сейчас сделать это довольно просто, потому что ИТ-компании смогли «завернуть» результаты биологических исследований в понятную для нас форму. Плюнул в пробирку сегодня, а через месяц уже смотришь разноцветные отчеты на сайте.
Читать полностью »
Рубрика «биоинформатика» - 7
Игрушка генетического тестирования
2014-07-30 в 6:46, admin, рубрики: 23andme, биоинформатика, Биотехнологии, биотехнологияRNAInSpace и фолдинг тРНК — закрытие сезона, новый сезон — Структурное выравнивание
2014-07-21 в 23:02, admin, рубрики: биоинформатика, геном, РНК, Структурное выравнивание, фолдингИ вот не прошло и полтора года как я добрался собрать третичную структуру тРНК. Напомню, что ранее писал статью на эту тему на хабре Развитие RNAInSpace… . Надо сказать, что около года я этим не занимался, но за это время вышла вторая моя научная статья на эту тему Применение теории игр для задачи сворачивания рибонуклеиновых кислот (это для тех кто захочет поговорить об этом профессионально). Но вот недавно я можно сказать получил третичную структуру тРНК и сверил её с образцом имеющимся в базе данных (PDB), который получен биологическими методами (кристалография).
Под катом рисунки 3D-структуры тРНК, пояснения и планы на будущие…
Мелочи мышления или статья о дендритных шипиках
2014-07-16 в 18:41, admin, рубрики: биоинформатика, искусственный интеллект 
Несколько месяцев назад был опубликован цикл статей под общим названием «Логика мышления». Оптимистично планировалось продолжить его через месяц-другой. Но жизнь внесла свои коррективы. Моделирование паттерно-волновой модели коры дало настолько интересные результаты, что пришлось на время отложить все остальное, в том числе и написание продолжения цикла для хабра.
Однако, не так давно я написал и выложил на препринт статью (http://arxiv.org/abs/1406.6901). В чем-то она может быть интересна тем, кто ранее заинтересовался волновой моделью. Напомню, что ключевой момент модели – это утверждение, что нейроны способны запоминать и узнавать не один единственный образ, описываемый весами его синапсов, а еще и огромное количество других отличных от этого образа сигналов. Конечно, такое усложнение нейрона идет в разрез со многими существующими теориями и требует более, чем серьезного обоснования. Ниже я, как раз, и попробую описать один из приведенных в статье аргументов в пользу моей модели.
Читать полностью »
В данной статье предлагаю рассмотреть создание достаточно быстро (~30 секнуд) устройства вводящего человека в состояние транса или гипнотического состояния.
В последнее время на хабре появилась ряд статей посвященных осознанным сновидениям.
И мне подумалось, что мои исследования в этой области могут быть интересными для других.
Началось все с попыток научным образом описать и объяснить феномен осознанных сновидений или другими словами ОСов. Для чего мне пришлось сделать массу экспериментов над собой и окружающими. Как правило эти эксперименты были безболезненными хотя случались исключения. В конечном мне довелось познакомиться с ребятами которые которые занимались этим исследованием более основательно. В частности у ребят оказался электроэнцефалограф (далее ЭЭГ), при помощи которого была снята ЭЭГ работы мозга человека во время осознанного сновидения.
Читать полностью »
Игнатий Колесниченко: «У бактерии денег не попросишь»
2014-07-01 в 5:24, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании Caspowa.com, геном, интервью, подкаст, метки: биоинформатика, геном, интервью, подкастПредставляем второй выпуск подкаста о технологиях, процессах, инфраструктуре и людях в IT-компаниях. Сегодня в гостях у “CTOcast” — Игнатий Колесниченко, технический директор компании iBinom (анализ генома человека).Читать полностью »
MiTCR – платформа для диагностики нового типа. Семинар в Яндексе
2014-06-29 в 11:07, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании Яндекс, метки: биоинформатикаРассказ Дмитрия Болотина посвящен программному обеспечению MiTCR, разработанному для анализа репертуаров иммунологических рецепторов. В своем докладе он рассмотрел основные особенности анализа сырых данных секвенирования, в частности, алгоритмы выравнивания последовательностей и коррекции ошибок в исходных данных, а также кратко описал архитектуру, производительность и ближайший план развития программы. Исходный код MiTCR открыт. В перспективе это ПО может вылиться в общую платформу для биоинформатиков, где они смогут обрабатывать свои данные и обмениваться ими с другими исследователями. Результатом такой совместной работы должен стать новый тип диагностики: при помощи анализа крови можно будет ответить не только на вопрос, есть ли у человека то или иное заболевание, а сразу определить, чем именно он болен.
Начнем мы издалека, чтобы было понятно, с какими данными мы работаем, и откуда они берутся. На картинке ниже очень схематично изображен иммунитет. Одним цветом окрашены клетки, которые имеют одинаковую специфичность (т.е. они распознают одни и те же типы инфекций). Мы называем такие клетки клонами. Во время инфекционной атаки, количество клеток, которые ее распознают, возрастает.
Специфичность этих клеток обусловлена тем, что у них на поверхности есть Т-клеточный рецептор, правила сборки которого записаны в соответствующем гене. Для последующего повествования важно понимать его структуру.
Читать полностью »
Как захватить мир, доказав, что P=NP
2014-06-26 в 14:12, admin, рубрики: p=np, Алгоритмы, биоинформатика Гипотетически предположим, что вы сумели доказать равенство P=NP. Что же теперь нужно сделать для обретения господства над целым миром?
Читать полностью »
3D модели вирусов человека. Часть вторая: молекулярное моделирование и биоинформатика
2014-06-24 в 8:28, admin, рубрики: data visualization, science, биоинформатика, Блог компании Visual Science, молекулярное моделирование, Научно-популярное, метки: data visualization, science, биоинформатика, молекулярное моделированиеВ нашем первом посте про трехмерное моделирование вирусов мы перечислили основные стадии процесса и рассказали о том, с чего мы начинаем и как собираем исходную информацию. В этой заметке мы расскажем о следующем этапе работы — о создании моделей отдельных молекул, из которых впоследствии будет собрана целая частица.
Компоненты вирусной частицы Гриппа A/H1N1
Вирусная частица — это молекулярный механизм, решающий две принципиальные задачи. Во-первых, частица должна обеспечить упаковку вирусного генома и его защиту от деструктивных факторов среды, пока вирус путешествует из клетки, в которой он собрался, к клетке, которую он сможет заразить. Во-вторых, частица должна быть способна присоединиться к заражаемой клетке, после чего доставить вирусный геном и сопутствующие молекулы внутрь, чтобы запустить новый цикл размножения. Задач не очень много, поэтому вирусы, за редким исключением, могут позволить себе быть довольно экономными в том, что касается структуры.
Читать полностью »
Недавно в топе Хабра появился пост, заставивший меня вылезти из read-only: «Overclock мозга или внутрення виртуализация сознания».
Вводящее в заблуждение название и не менее спорное содержание. Неприятные ощущения вызывает еще и тот факт, что при всей неточности и искажении фактов автор осмелился прикрепить к нему метку tutorial.
Желающих взглянуть на осознанные сновидения без налета авторской фантазии, прошу под кат.
Читать полностью »
Логика мышления. Промежуточный итог
2014-03-26 в 19:17, admin, рубрики: биоинформатика, искусственный интеллект, Программирование, метки: искусственный интеллект 
Итак, на сегодня в сеть выложены 17 статей из цикла «Логика мышления». Сам цикл – это попытка построить достаточно полную модель работы мозга. То есть, не просто описать отдельные механизмы, но и показать, как из их взаимодействия может рождаться человеческое мышление. То, что уже опубликовано – это фундамент излагаемой концепции. В нем показывается, как на уровне нейронов реализуются основные информационные механизмы. Этот фундамент определенным образом задает правила всей дальнейшей игры. Он определяет, каким инструментарием мы располагаем для реализации более сложных процессов. Я постарался показать, что, оставаясь в рамках биологически достоверных идей, можно создать модель, обладающую высокими вычислительными возможностями. Как пример было показано соответствие между свойствами коры и возможностями реляционной алгебры.
Читать полностью »