Совсем недавно были объявлены Нобелевские лауриаты 2014 года. Премию по физиологии или медицине разделили американец Джон О`Киф и супруги норвежцы Эдвард Мозер и Мэй-Бритт Мозер. Исследования, которые получили столь высокую оценку, касались небольшого участка мозга, называемого гиппокампом. Это название происходит от греческого ἱππόκαμπος — морской конек, именно на на него чем-то отдаленно похож этот удивительный орган.
Читать полностью »
Рады представить вам два ролика из серии «Супергерои с точки зрения науки».Читать полностью »
Думаю, что многие читатели Хабра уже слышали о биоинформатике, возможно даже непосредственно о задаче сборки генома. Множество людей по всем миру занято написанием геномных ассемблеров — программ, интерпретирующих сырые данные машин для секвенирования и выдающих в результате последовательность ДНК изучаемого организма. Однако, в большинстве случаев, геном целиком «из коробки» получить не удается. В этой статье я постараюсь объяснить, почему же геном нельзя собрать одним щелчком мыши и опишу процесс его «финиширования» — пожалуй, самый трудоемкий этап во всей сборке, порой длящийся несколько лет.
Также, я расскажу, как мы иногда можем существенно облегчить этот процесс, используя уже собранные геномы близкородственных организмов. Этой задачей я занимался в рамках написания своей магистерской диссертации в Санкт-Петербургском Академическом Университете, а обучение проходило совместно с Институтом Биоинформатики. Поскольку получившийся алгоритм достаточно специфичен, я начну с описания проблемы в целом, дам обзор некоторых «хардварных» методов ее решения, а затем немного расскажу о том, что же получилось у меня.
Привет! Мы — биотех-стартап «Мой ген». Мы хотим принести в Россию дивный новый мир персональной генетики. В нашем блоге мы планируем размещать последние новости в этой области, представлять интересные научные статьи по биоинформатике, и наверное даже расскажем однажды, каково это — быть биостартапом в нашей стране. Надеемся, что уже скоро в нашу жизнь войдут концепции «облачная лаборатория» и «генетика вещей» (puns intended), и будем этому всячески способствовать своими усилиями.
Читать полностью »
Из выступления Max Little (основателя PVI) на конференции TED в 2012 году.
Здравствуй, Хабрахабр. Данный цикл статей будет посвящен рассмотрению возможности и построению Open Source универсального анализатора нарушений речи.
В данной статье будет рассказано о проекте Parkinson Voice Initiative, посвященному ранней диагностике Болезни Паркинсона по голосу (успешность распознавания составляет 98,6± 2.1% за 30 секунд по телефонному разговору).
Будет произведено сравнение точности используемых в нем алгоритмов выбора особенностей (ВО) – Feature Selection Algorithm – LASSO, mRMR, RELIEF, LLBFS.
Битва между Random Forest (RF) и Supported Vector Machine (SVM) за звание лучшего анализатора в данного рода приложениях.
Читая статьи по синтезу и распознаванию речи, нашел упоминание о том, что при болезни изменяется голос. Проверив очевидность факта, что я не первый догадался использовать распознавание речи для диагностики болезней (первые клиницисты определили некоторые features — особенности еще в 40-х годах прошлого века, записывая на магнитофонную ленту, а потом вручную анализируя), пошел по ссылкам Гугла. Одна из первых указывала на проект PVI.
Вот уже второй год подряд Университет Иннополис проводит на своей базе Летнюю школу высокопроизводительных вычислений в области современной биологии и медицины. Соорганизатор мероприятия — МФТИ (Московский физико-технический институт). В этом году школа пройдет при поддержке Российского Фонда Фундаментальных Исследований.
21 августа стартуют занятия у 40 слушателей, прошедших конкурсный отбор. Мы ждем участников из Москвы, Казани, Ростова-на-Дону, Нижнего Новгорода, Волгограда, Екатеринбурга, Воронежа, Омска, Перми, Уфы, Красноярска, Перевальска (Луганская обл. Украины), Альметьевска, Елабуги, Инсара, Советска (Тульская обл.)
Читать полностью »
Обзор научно-популярных игр.
Мои родители и брат последнее время увлеченно играют в известную игрушку “2048” на своих телефонах, тренируя логику и математические способности. Это хорошо. Но еще лучше, когда игры способствуют не только индивидуальному развитию, но и прогрессу всего мира. Громко сказано, конечно, тем не менее, есть некоторое число игр, которые нацелены на то, чтобы совместить приятное и полезное для вас с полезным для всех. Я с целью пропаганды хороших вещей среди людей, представляю далее обзор нескольких таких игр.
Большие скриншоты имеются.
Читать полностью »
«Добро пожаловать к себе», «познакомьтесь со своей ДНК», «исследуйте свою внутреннюю вселенную» — такие слоганы составляют компании, предлагающие генетическое тестирование. Действительно, занятное дело — посмотреть на сбои своего собственного генома или узнать, откуда берет начало твой род. Сейчас сделать это довольно просто, потому что ИТ-компании смогли «завернуть» результаты биологических исследований в понятную для нас форму. Плюнул в пробирку сегодня, а через месяц уже смотришь разноцветные отчеты на сайте.
Читать полностью »
И вот не прошло и полтора года как я добрался собрать третичную структуру тРНК. Напомню, что ранее писал статью на эту тему на хабре Развитие RNAInSpace… . Надо сказать, что около года я этим не занимался, но за это время вышла вторая моя научная статья на эту тему Применение теории игр для задачи сворачивания рибонуклеиновых кислот (это для тех кто захочет поговорить об этом профессионально). Но вот недавно я можно сказать получил третичную структуру тРНК и сверил её с образцом имеющимся в базе данных (PDB), который получен биологическими методами (кристалография).
Под катом рисунки 3D-структуры тРНК, пояснения и планы на будущие…
Несколько месяцев назад был опубликован цикл статей под общим названием «Логика мышления». Оптимистично планировалось продолжить его через месяц-другой. Но жизнь внесла свои коррективы. Моделирование паттерно-волновой модели коры дало настолько интересные результаты, что пришлось на время отложить все остальное, в том числе и написание продолжения цикла для хабра.
Однако, не так давно я написал и выложил на препринт статью (http://arxiv.org/abs/1406.6901). В чем-то она может быть интересна тем, кто ранее заинтересовался волновой моделью. Напомню, что ключевой момент модели – это утверждение, что нейроны способны запоминать и узнавать не один единственный образ, описываемый весами его синапсов, а еще и огромное количество других отличных от этого образа сигналов. Конечно, такое усложнение нейрона идет в разрез со многими существующими теориями и требует более, чем серьезного обоснования. Ниже я, как раз, и попробую описать один из приведенных в статье аргументов в пользу моей модели.
Читать полностью »
