Рассказ Дмитрия Болотина посвящен программному обеспечению MiTCR, разработанному для анализа репертуаров иммунологических рецепторов. В своем докладе он рассмотрел основные особенности анализа сырых данных секвенирования, в частности, алгоритмы выравнивания последовательностей и коррекции ошибок в исходных данных, а также кратко описал архитектуру, производительность и ближайший план развития программы. Исходный код MiTCR открыт. В перспективе это ПО может вылиться в общую платформу для биоинформатиков, где они смогут обрабатывать свои данные и обмениваться ими с другими исследователями. Результатом такой совместной работы должен стать новый тип диагностики: при помощи анализа крови можно будет ответить не только на вопрос, есть ли у человека то или иное заболевание, а сразу определить, чем именно он болен.
Видеозапись доклада
Начнем мы издалека, чтобы было понятно, с какими данными мы работаем, и откуда они берутся. На картинке ниже очень схематично изображен иммунитет. Одним цветом окрашены клетки, которые имеют одинаковую специфичность (т.е. они распознают одни и те же типы инфекций). Мы называем такие клетки клонами. Во время инфекционной атаки, количество клеток, которые ее распознают, возрастает.
Специфичность этих клеток обусловлена тем, что у них на поверхности есть Т-клеточный рецептор, правила сборки которого записаны в соответствующем гене. Для последующего повествования важно понимать его структуру.
Читать полностью »
