Рубрика «биоинформатика» - 5

Биоинформатика стремительно набирает популярность и превращается из убежища для гиков в широко известную устоявшуюся дисциплину. Думаю, большинство читателей Geektimes с уверенностью могут сказать, что кролик — это не только ценный мех и 3-4 килограмма диетического мяса, но и 44 хромосомы, множество разнообразных белков, механизмов транскрипции и трансляции и чего только не. Также я вряд ли кого-нибудь удивлю, если скажу, что все это можно изучать и анализировать не только стоя в белом халате у микроскопа в стерильной лаборатории, но и лежа на диване с ноутбуком, попивая что-то шотландское со льдом. Однако, дальше этого познания обычно не заходят. Я решил-таки попытаться исправить это досадное недоразумение и сделать короткую экскурсию в то, как выглядит биоинформатика изнутри с практической точки зрения, исходя из своего опыта.

В этой статье я соберу вопросы, которые сам же задавал три года назад, в бытность еще студентом математического факультета, и постараюсь на них ответить.

Подводная лодка информатики в степях биологии - 1
Читать полностью »

Набор в Санкт-Петербургский академический университет - 1Традиционно сообщаем об открытии набора на кафедру математических и информационных технологий. Мы довольно много писали о нашей кафедре в этом блоге, поэтому в этом посте я напишу обо всём тезисно.

Онлайн-курсы

Начну с конца: если вы не заканчиваете школу или бакалавриат в этом году, то вы всё равно можете поучиться в Академическом университете благодаря нашим (совместно с Computer Science центром) онлайн курсам! (Кстати, скоро появятся курсы по физике от наших коллег, следите за новостями!)

Бакалавриат

Более молодых читателей, которые в этом году заканчивают школу, мы приглашаем в наш бакалавриат. Он очень молодой, существует всего два года, и второй год подряд нам удаётся набрать самых сильных абитуриентов. С нашими замечательными второкурсниками из первого набора мы записали небольшой мотивирующий видеоролик о нашем бакалавриате.

Подробности о поступлении в бакалавриат

Магистратура

Тех, кто в этом году заканчивает бакалавриат или специалитет, мы приглашаем учиться к нам в магистратуру. На нашей кафедре есть три направления.
Читать полностью »

Секвенирование ДНК в последние десятилетия из узкой области, которой занималось небольшое число ученых, превратилось в одну из самых стремительно развивающихся технологий. Фактически, стоимость секвенирования падает даже быстрее, чем, если бы она следовала закону Мура, и, из-за большой конкуренции на рынке и огромного спроса, развитие и дальше будет идти высокими темпами. Кроме того, развитие секвенирования привело к такому же буму в биоинформатике и коренным образом изменило биологию, и, постепенно, также основательно меняет медицину.

Как секвенируют ДНК - 1

По катом я подробнее рассматриваю, как это делают.
Читать полностью »

Создан белок для добычи урана из морской воды - 1

Группа исследователей из Чикагского университета, Пекинского университета и Аргоннской национальной лаборатории спроектировала белковый комплекс, который эффективно связывает растворенный в воде уран. Генетически кодируемая структура рассчитана вычислительными методами, но ее свойства подтвердились экспериментально (статья в Nature Chemistry).

Это первая известная демонстрация, когда для добычи урана из морской воды используется бактериальная система, сконструированная из натуральных белков.
Читать полностью »

Лекции по биоинформатике - 1

Рад представить вам 27 лекций по биоинформатике (включая описания, слайды и полные видеозаписи). Лекции читались на летней школе по биоинформатике, которая проходила в июле 2014 под Санкт-Петербургом, собрала вместе 100 студентов со всей России и СНГ, а также лекторов из МГУ, МФТИ, Сколтеха, РАН, СПбАУ, СПбГПУ, СПбГУ, Yale University, Fox Chase Cancer Center, George Washington University, Pennsylvania State и других прекрасных организаций.

Школу традиционно проводила команда Института биоинформатики, а поддерживали ее СПбАУ РАН, СПбГУ, JetBrains, РВК, BIOCAD, EMC, Фонд «Династия» и РФФИ, благодаря чему удалось сделать мероприятие абсолютно бесплатным для всех участников.
Читать полностью »

Как сообщает РБК, на американском рынках укрепляет свои позиции перспективный облачный сервис из России, позволяющий врачам на основе расшифровки геномных данных поставить диагноз пациенту. «Мы – еще один инструмент помощи врачу, как скальпель, пачка ваты или микроскоп. Мы помогаем ставить диагноз, когда это затруднительно», – заявляет Андрей Афанасьев, основатель стартапа iBinom. Сервис работает по принципу поиска иголки в стоге сена. Читать полностью »

boxshell

ROTE — простая библиотека на языке C, служащая для эмуляции терминала VT100. Она создает терминал и предоставляет доступ к его состоянию в виде структуры языка C. В терминале можно запустить дочерний процесс, «нажимать» в нем клавиши и смотреть, что он рисует на терминале. Кроме того, есть функция для отрисовки состояния терминала в окне curses.

Зачем на практике может потребоваться эмулировать терминал и взаимодействовать через него с дочерним процессом? В первую очередь это нужно для автоматического тестирования программ, рисующих что-то на терминале с помощью curses, по моему мнению. Как иначе написать тесты для программы, которая ждёт, что пользователь нажмёт клавишу, и выводит результаты в определенное место экрана средствами curses?

Несмотря на всё удобство и внутреннюю красоту ROTE, использовать её напрямую в тестах было бы громоздко. Поэтому я решил упростить задачу, привязав ROTE к языку Lua, который я очень люблю и знаю, как писать тесты. Так и родилась библиотека lua-rote, о которой я хочу рассказать.
Читать полностью »

Об авторе

Автор нижеприведенной заметки родился в 1981-м году, чем поставил окончательный крест на секретной программе по евгенике в УССР, давшей миру так много тех, о ком он совершенно не просил. Родился в опасной близости от гидроэлектростанции Днепрогэс, ввиду чего одним из любимых занятий было писать на доске мелом слово «гидроэлектростанция». Другим любимым занятием автора был запуск самодельных ракет на основе сельскохозяйственной селитры, фольги и газет. Ввиду маниакальной склонности к доведению любого дела до конца автор продолжил заниматься своим хобби сначала на химическом факультете МГУ, а потом и в аспирантуре университета штата Мичиган. Получив степень Ph.D. в органической химии, автору неожиданно пришла в голову мысль, что не так интересна селитряная ракета, как та голова, которая ее придумала — или хотя бы то, что от нее осталось. Так автор увлекся биологией — сперва молекулярной динамикой протеинов, а потом и тем, что гордо зовется «системной биологией», чем и промышляет сейчас в медицинской школе Университета Вашингтона в Сент-Луисе.

Молекулярная биология на данный момент представляет из себя типичный фронтир, научный эквивалент Калифорнии времени Золотой Лихорадки (все же читали Джека Лондона, да? Нет, не «До Адама», там про программистов). А ведь как все мы усвоили из художественной литературы, Дикий Запад — это не только жуткие болезни, скальпы, беспорядочная стрельба, беспринципность, звериная жестокость, грязь, вонь и бескультурье, а еще и возможность заработать себе на жизнь несколько монет, показать свое беспримерное мужество, и, вообще, хорошо провести время. Надеюсь, эта заметка раззадорит вас, и вы тоже рискнете намыть немного золотишка.

Нижеследующий текст можно рассматривать как короткую и несерьезную зарисовку о современном положении дел в системной биологии.
Читать полностью »

Ход эволюции изображают в виде деревьев

Важнейшей задачей биологии является реконструкция хода эволюции. Данных палеонтологии катострофически не хватает, а все, что у нас есть кроме нее, это ныне живые организмы. Пути эволюции изображают в виде деревьев жизни, или филогентических деревьев, показывающих, в каком порядке разошлись эволюционные пути различных организмов. Филогенетическими они называются потому, что процесс эволюционной истории организма называется филогенезом.

image

Сейчас деревья имеют множество важных применений, как чисто фундаментального характера. Например, чтобы узнать особенности строения организмов, живших миллиарды лет назад. Они используются при сборках геномов, поиске генов, важных для патогенности возбудителей болезней, и многого другого.
Читать полностью »

Мы рады объявить об открытии набора в магистратуру на 2015-2017 учебные годы.
Магистратура Академического университета открывает набор на 2015 год - 1

Магистратура Академического университета существует с 2008 года. Всё это время мы прикладываем очень много усилий, что бы поддерживать в нашем университете благоприятную образовательную среду: подбираем качественные и интересные курсы, приглашаем в качестве преподавателей известных ученых и ведущих разработчиков, развиваем партнерские отношения с известными IT-компаниями, создаём удобную для студентов инфраструктуру. Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js