Совсем недавно закончилась очередная школа GoTo в СПб. В отличие от прошлой осени, в этот раз Питер порадовал нас большим количеством солнечных и теплых ноябрьских дней, их было целых два. В один из этих дней боевые единицы из юных и не очень программистов отправились добывать код: поцеловать незнакомых петербуржских девушек, пройти кастинг в Мариинку на эскалаторе, накормить Олега Георгиевича кровью невинного программиста и запечатлить лик Наполеона между ног коня.
В остальные дни мы по старинке делали мы не менее увлекательные проекты по биоинформатике, машинному обучению, распределенным системам и гоняли чаи на кухне с разговорами о прекрасном. Отчет ИТМО можно прочесть здесь.
Не возьмемся судить о том, что читателю интереснее, обо всем по порядку под катом.
Читать полностью »
Рубрика «биоинформатика» - 4
GoTo в ИТМО: Ботали неделю. Порвали 2 баяна
2017-12-01 в 9:24, admin, рубрики: camp, Goto Camp, анализ данных, биоинформатика, Блог компании Школа GoTo, блокчейн, итмо, машинное обучение, обучение программированию, Программирование, проектный подход, распределенные системы, студенты, Учебный процесс в IT, хакатон, Хакатоны, школа, школа разработчиков, школьникиБольшие данные и машинное обучение: новые возможности для медицины
2017-10-22 в 11:54, admin, рубрики: big data, биоинформатика, Блог компании Университет ИТМО, Большие данные, хемоинформатика«Мы разработали более совершенные технологии для подбора обуви на Amazon, чем для выбора типа лечения больных раком», — так отзывается профессор MIT Регина Барзилай (Regina Barzilay) о текущем состоянии высокотехнологичных медицинских проектов. Оценка неутешительная: зачастую «популярные» направления, такие как электронная коммерция, по уровню использующихся технологий опережают более социально важные сферы.
Однако есть и хорошие новости: решения, которые разрабатывались для условного «поиска обуви» можно использовать и для помощи больным. И спрос на такие разработки только растет: по прогнозам агентства Frost & Sullivan, объем одного только рынка медицинских разработок, использующих машинное обучение и большие данные, увеличивается на 40% ежегодно и к 2021 году составит 6,6 миллиардов долларов.
Сегодня расскажем о том, как большие данные используются в медицинских проектах и какие разработки в этом направлении ведутся в Университете ИТМО.
Просто о сложном: что нужно знать о биоинформатике
2017-09-13 в 16:27, admin, рубрики: EPAM, Life Sciences, биоинформатика, Блог компании EPAM, геном, секвенирование ДНКЕсли спросить случайного прохожего, что такое биология, он наверняка ответит что-то вроде «наука о живой природе». Про информатику скажет, что она имеет дело с компьютерами и информацией. Если мы не побоимся быть навязчивыми и зададим ему третий вопрос – что такое биоинформатика? – тут-то он наверняка и растеряется. Логично: про эту область знаний даже в ЕРАМ знает далеко не каждый – хотя в нашей компании и биоинформатики есть. Давайте разбираться, для чего эта наука нужна человечеству вообще и ЕРАМ в частности: в конце концов, вдруг нас на улице об этом спросят.
Читать полностью »
Технологии больших данных в работе с бактериями микробиоты. Лекция в Яндексе
2017-06-18 в 18:50, admin, рубрики: complexity science, Hbase, natural language processing, text mining, transfer learning, антибиотики, биоинформатика, биоинформатические алгоритмы, Блог компании Яндекс, геном, геномика, гены, Исследования и прогнозы в IT, калории, микробиология, секвенирование, секвенирование геномаМы часто говорим о задачах, которые лежат на стыке той или иной классической науки и анализа данных. В сегодняшнем докладе эта идеология представлена воочию — большую часть доклада читает учёный, а о конкретных методах и инструментах рассказывает программист.
Под катом — расшифровка и основная часть слайдов.
Лекции по биоинформатике: от статистики до генетических конструкций
2017-06-06 в 11:38, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, видео, видеолекции, лекции, летняя школа, учебные материалыЧтобы погрузиться в относительно новую для себя научную область, существует огромное количество самых разных мероприятий и проектов. В последние годы их количество и форматы значительно расширились: это открытые лекции и целые научные фестивали, онлайн-курсы и онлайн-программы, летние стажировки и школы, неформальные лекции в барах, опенсорсные проекты и так далее.
Уже пять лет Институт биоинформатики собирает ученых-биоинформатиков и студентов со всей страны и в течение недельной интенсивной учебы за городом на летней школе направляет биологов, медиков, информатиков и математиков в сторону биоинформатики — до сих пор очень динамично развивающейся области. С 2013 года мы записываем лекции на видео и собираем подборку полезных материалов для тех, кто не участвует в мероприятиях, но хотел бы развиваться в этой области.
Программа школы разрабатывается таким образом, чтобы объединить мир биологии и программирования и стимулировать не только развитие профессиональное развитие, но и междисциплинарное общение.
Мы продолжаем делиться архивом видеозаписей лекций летних школ. Лекции, которые можно смотреть без дополнительной подготовки, отмечены «*». Просмотр остальных лекций требует знаний в области биологии и программирования. Под катом описание содержания лекций, ссылки на слайды и видеозаписи.
Читать полностью »
Весеннее обострение: проектная школа в Иннополисе, методический интенсив и митап по инфобезу
2017-03-22 в 10:00, admin, рубрики: intel, анализ данных, биоинформатика, Блог компании Школа GoTo, гранты, Иннополис, Интернет вещей, информационная безопасность, КРОК, машинное обучение, обучение, Программирование, проектный подход, Разработка для интернета вещей, школаЭтой весной наша проектная школа в очередной раз состоится в новом месте. На это раз, мы едем в Иннополис – изучать новый город и университет, о котором пока только наслышаны. До школы мы планируем умудриться провести методический интенсив для преподавателей на основе проекта по интернету вещей и митап по информационной безопасности.
#ужевыехали
Читать полностью »
Elixir в биоинформатике
2016-12-21 в 8:26, admin, рубрики: Elixir, Elixir/Phoenix, Erlang/OTP, GenStage, Алгоритмы, биоинформатика, функциональное программированиеВ этой статье я расскажу о своей попытке использования библиотеки GenStage, а в частности модуля Flow, для реализации одного из алгоритмов биоинформатики. На протяжении последних двух лет я занимался разработкой комплексной системы хранения и поиска результатов метагеномного анализа (метагеномика) углеводородного сырья. Наверное, для многих это китайская грамота. Фактически такой анализ означает выявление всех типов микроорганизмов, обитающих, к примеру, в залежах нефти. Некоторые из этих микроорганизмов, преимущественно бактерии, способны разъедать стальные трубы и создавать множество других неблагоприятных эффектов.
Читать полностью »
ДНК, новые технологии и геном человека: Биоинформатика в Университете ИТМО
2016-08-01 в 7:01, admin, рубрики: биоинформатика, Блог компании Университет ИТМО, геном, итмо, математика, метки: ИТМОБиоинформатика – перспективная сфера науки и стремительно развивающаяся индустрия. Применение информационных технологий в биологических исследованиях сегодня позволяет тестировать лекарственные препараты в виртуальной среде и расшифровывать последовательности ДНК за считанные часы. В этом материале мы расскажем о биоинформатике и о том, какие разработки ведутся в этой сфере в Университете ИТМО.
Читать полностью »
CRISPR-Cas как сигнатурный антивирус
2016-05-14 в 9:25, admin, рубрики: CRISPR/Cas, антивирусная защита, биоинформатика, Биотехнологии, генетика, информационная безопасность, Научно-популярное, сигнатура, метки: CRISPR/Cas, антивирусная защита, сигнатураРазбираемся в противовирусном иммуннитете бактерий CRISPR/Cas, сравнивая с сигнатурным антивирусом.