Рубрика «биоинформатика» - 4

«Мы разработали более совершенные технологии для подбора обуви на Amazon, чем для выбора типа лечения больных раком», — так отзывается профессор MIT Регина Барзилай (Regina Barzilay) о текущем состоянии высокотехнологичных медицинских проектов. Оценка неутешительная: зачастую «популярные» направления, такие как электронная коммерция, по уровню использующихся технологий опережают более социально важные сферы.

Однако есть и хорошие новости: решения, которые разрабатывались для условного «поиска обуви» можно использовать и для помощи больным. И спрос на такие разработки только растет: по прогнозам агентства Frost & Sullivan, объем одного только рынка медицинских разработок, использующих машинное обучение и большие данные, увеличивается на 40% ежегодно и к 2021 году составит 6,6 миллиардов долларов.

Сегодня расскажем о том, как большие данные используются в медицинских проектах и какие разработки в этом направлении ведутся в Университете ИТМО.

Большие данные и машинное обучение: новые возможности для медицины - 1Читать полностью »

Если спросить случайного прохожего, что такое биология, он наверняка ответит что-то вроде «наука о живой природе». Про информатику скажет, что она имеет дело с компьютерами и информацией.  Если мы не побоимся быть навязчивыми и зададим ему третий вопрос – что такое биоинформатика? – тут-то он наверняка и растеряется. Логично: про эту область знаний даже в ЕРАМ знает далеко не каждый – хотя в нашей компании и биоинформатики есть. Давайте разбираться, для чего эта наука нужна человечеству вообще и ЕРАМ в частности: в конце концов, вдруг нас на улице об этом спросят.
Просто о сложном: что нужно знать о биоинформатике - 1
Читать полностью »

Мы часто говорим о задачах, которые лежат на стыке той или иной классической науки и анализа данных. В сегодняшнем докладе эта идеология представлена воочию — большую часть доклада читает учёный, а о конкретных методах и инструментах рассказывает программист.

Под катом — расшифровка и основная часть слайдов.

Читать полностью »

Чтобы погрузиться в относительно новую для себя научную область, существует огромное количество самых разных мероприятий и проектов. В последние годы их количество и форматы значительно расширились: это открытые лекции и целые научные фестивали, онлайн-курсы и онлайн-программы, летние стажировки и школы, неформальные лекции в барах, опенсорсные проекты и так далее.

Уже пять лет Институт биоинформатики собирает ученых-биоинформатиков и студентов со всей страны и в течение недельной интенсивной учебы за городом на летней школе направляет биологов, медиков, информатиков и математиков в сторону биоинформатики — до сих пор очень динамично развивающейся области. С 2013 года мы записываем лекции на видео и собираем подборку полезных материалов для тех, кто не участвует в мероприятиях, но хотел бы развиваться в этой области.

Программа школы разрабатывается таким образом, чтобы объединить мир биологии и программирования и стимулировать не только развитие профессиональное развитие, но и междисциплинарное общение.

image

Мы продолжаем делиться архивом видеозаписей лекций летних школ. Лекции, которые можно смотреть без дополнительной подготовки, отмечены «*». Просмотр остальных лекций требует знаний в области биологии и программирования. Под катом описание содержания лекций, ссылки на слайды и видеозаписи.
Читать полностью »

Мы уже несколько раз упоминали серию мероприятий Data & Science, где специалисты по анализу данных и учёные рассказывают друг другу о своих задачах и ищут способы для взаимодействия. Одна из встреч была посвящена биоинформатике. Это отличный пример отрасли, где есть масса ещё не решённых задач для разработчиков.

Алгоритмические задачи в биоинформатике. Лекция в Яндексе - 1

Под катом вы найдёте расшифровку лекции Игната Колесниченко — выпускника мехмата МГУ и Школы анализа данных. Сейчас Игнат работает ведущим разработчиком службы технологий распределённых вычислений Яндекса.

Читать полностью »

Этой весной наша проектная школа в очередной раз состоится в новом месте. На это раз, мы едем в Иннополис – изучать новый город и университет, о котором пока только наслышаны. До школы мы планируем умудриться провести методический интенсив для преподавателей на основе проекта по интернету вещей и митап по информационной безопасности.

image
#ужевыехали
Читать полностью »

Elixir в биоинформатике - 1

В этой статье я расскажу о своей попытке использования библиотеки GenStage, а в частности модуля Flow, для реализации одного из алгоритмов биоинформатики. На протяжении последних двух лет я занимался разработкой комплексной системы хранения и поиска результатов метагеномного анализа (метагеномика) углеводородного сырья. Наверное, для многих это китайская грамота. Фактически такой анализ означает выявление всех типов микроорганизмов, обитающих, к примеру, в залежах нефти. Некоторые из этих микроорганизмов, преимущественно бактерии, способны разъедать стальные трубы и создавать множество других неблагоприятных эффектов.
Читать полностью »

ДНК, новые технологии и геном человека: Биоинформатика в Университете ИТМО - 1

Биоинформатика – перспективная сфера науки и стремительно развивающаяся индустрия. Применение информационных технологий в биологических исследованиях сегодня позволяет тестировать лекарственные препараты в виртуальной среде и расшифровывать последовательности ДНК за считанные часы. В этом материале мы расскажем о биоинформатике и о том, какие разработки ведутся в этой сфере в Университете ИТМО.
Читать полностью »

Разбираемся в противовирусном иммуннитете бактерий CRISPR/Cas, сравнивая с сигнатурным антивирусом.

CRISPR-Cas как сигнатурный антивирус - 1
Читать полностью »

Биологический суперкомпьютер сможет питаться той же пищей, что и человек - 1

Обычные суперкомпьютеры имеют огромную производительность, но при этом и массу недостатков: они дороги, потребляют много электроэнергии, сильно греются и занимают слишком много места. Но что если применить радикально иной подход к разработке микросхем, вообще отказавшись от стандартных кремниевых материалов в пользу биологических компонентов из природы?

Живой суперкомпьютер размером с книгу сможет получать энергию от аденозинтрифосфатов (АТФ), как все нормальные организмы. Вместо электронов информацию будут передавать протеины. Над такой сумасшедшей идеей работает международная группа биоинженеров. Недавно они опубликовали первые результаты своих экспериментов в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).
Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js