В предыдущей подробной статье про Полный геном мы обещали опубликовать три задачи и подарить тест тому, кто первым решит все три правильно. Заодно в этих задачах мы даем примеры, как можно работать с генетическими данными. Сегодня публикуем первую.
Рубрика «биоинформатика» - 3
Задача №1. Узнайте пол и степень родства
2019-12-18 в 12:38, admin, рубрики: анализ данных, биоинформатика, биоинформатические алгоритмы, Биотехнологии, Блог компании «Атлас», генетика, генетика человека, гены, задачи для программистов, Здоровье гика, Научно-популярноеЧто такое Полный геном и зачем он нужен
2019-12-13 в 12:39, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании «Атлас», генетика, генетический анализ, генетический код, гены, днк, Здоровье гика, здоровье и компьютер, здоровье и образ жизни, Научно-популярное, профилактика заболеваний, секвенирование генома, секвенирование ДНКАтлас запустил новый продукт — Полный геном. Теперь мы можем исследовать не только отдельные точки в геноме, как в генетическом тесте, но и прочитать всю последовательность нуклеотидов генома. В этой статье рассказываем, что это и зачем это нужно.
Внимание! Мы подарим Полный геном одному из наших читателей, кто выполнит все задания. Подробнее — в конце статьи.
«Это тоже анализ данных». Разговор о биоинформатике с Михаилом Гельфандом
2019-11-25 в 10:29, admin, рубрики: ya talks, yatalks, биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании Яндекс, гельфанд, Карьера в IT-индустрии, конференции, ПрограммированиеБиоинформатика — чрезвычайно любопытная область научного знания, так как в ней соединяются задачи, формулируемые в биологических терминах, и методы, привычные для специалистов по алгоритмам, обработке больших данных и машинному обучению. Таким образом, биоинформатика — это один из примеров, когда IT может прийти на помощь при изучении реального мира.
Недавно я побывал в гостях у Михаила Сергеевича Гельфа́нда в Институте проблем передачи информации. Мы поговорили о том, что такое биоинформатика, о её интересных приложениях, о том, чем могут быть полезны IT-специалисты в биоинформатике и что им для этого нужно выучить.
Под катом этой статьи вы найдете полную расшифровку нашего разговора, а видео можно посмотреть на YouTube.
Ученые вырастили клетки со вживленной в них электроникой
2019-08-16 в 21:21, admin, рубрики: биоинженерия, биоинжениринг, биоинформатика, биология, БиотехнологииЗа последние несколько лет ученые создали такое количество искусственных органов, что из них можно было бы собрать целый искусственный организм. Это, конечно же, шутка, и искусственные органы разрабатываются совсем для других целей. В частности, для того, чтобы лучше изучать их работу и взаимодействие с различными веществами. Но если с «целыми» органами все более или менее понятно, то вот следить за работой отдельных клеток не так-то просто. Во многом это связано с тем, что датчики довольно сложно поместить внутрь клеток, не повредив их при этом. Однако ученые из Гарварда придумали, как обойти это ограничение: выращивать клетки, в которых уже изначально будут находиться электронные компоненты.
Введение в геномику для программистов
2019-05-20 в 10:30, admin, рубрики: GWAS, vcf, биоинформатика, Биотехнологии, геном, геномика, днк, инверсия Мура — Пенроуза, машинное обучение, Научно-популярное, неравновесное сцепление, рекомбинацияОб авторе. Энди Томасон — ведущий программист Genomics PLC. Он с 70-х годов занимается графическими системами, играми и компиляторами; специализация — производительность кода.
Гены: краткое введение
Геном человека состоит из двух копий примерно по 3 миллиарда пар оснований ДНК, для кодирования которых используются буквы A, C, G и T. Это около двух бит на каждую пару оснований:
3 000 000 000 × 2 × 2 / 8 = 1 500 000 000 или около 1,5 ГБ данных.
На самом деле эти копии очень похожи, и ДНК всех людей практически одинаков: от торговцев с Уолл-Стрит до австралийских аборигенов.
Существует ряд «референсных геномов», таких как файлы Ensembl Fasta. Эталонные геномы помогают построить карту с конкретными характеристикам, которые присутствуют в ДНК человека, но не уникальны для конкретных людей.
Читать полностью »
Лучший способ начать изучать современную генетику, молекулярную биологию, генную инженерию и геномику
2018-10-20 в 18:49, admin, рубрики: MIT, биоинформатика, Биотехнологии, генетика, генная инженерия, геномика, Научно-популярное, образование онлайн, химияЕсли вы когда-либо хотели разобраться в фундаментальных основах современных биотехнологий, генной инженерии, биоинформатики и молекулярной биологии, детально понимать, что творится на передних рубежах этой удивительной и революционной в настоящий момент науки, быть сознательным свидетелем тех потрясающих научных открытий, современниками которых мы являемся, но не знали с чего начать — этот пост должен быть вам интересен.
В первую очередь я считаю своим долгом поделиться своей находкой — без сомнения лучшим курсом лекций в области естественных наук, который мне когда-либо доводилось слушать, а учился я ни мало. Этот курс просто невозможно слушать иначе, чем открыв рот от непрерывного удивления и восхищения как его концентрированным содержанием, полным захватывающих фактов, так ясностью и выразительностью с которой лектору удается очень просто, увлекательно и одновременно глубоко объяснять весьма сложные вещи.
Также я кратко отмечу информацию о иных курсах по этой теме, которые мне удалось найти. Надеюсь в комментариях увидеть рекомендации других членов нашего сообщества о том, с чего по их мнению лучше начать и чем продолжить образование в этой области.
Цукерберг финансирует: Построение инструментов для Science Together
2018-10-01 в 14:41, admin, рубрики: Chan Zuckerberg, collaboration, Computational Biology, Human Cell Atlas, open science, open source, science, биоинформатика, биомедицина, Биотехнологии, Блог компании Philtech Initiative, Здоровье гика, Управление сообществом, филантропия, филтехЗарождение совместных вычислительных средств для Human Cell Atlas
Специалист по вычислительной статистике Ким-Анх Ля Цао, работающая с ученым CZ Biohub Анджелой Писко.
Клетки являются фундаментальными единицами жизни, но нам еще многое предстоит узнать об их основной функции и организации. Существуют тысячи типов клеток и триллионы отдельных клеток, работающих в сложных системах дабы обеспечить многообразие функций в нашем организме, начиная от иммунной системы, заканчивая мозгом. Новые экспериментальные технологии для характеристики отдельных клеток — в сочетании с правильными вычислительными подходами — могут помочь нам осмыслить эту сложность и начать ее организовывать.
Human Cell Atlas (HCA) — это амбициозное глобальное сотрудничество для создания открытой справочной карты всех клеток в организме человека путем всестороннего описания типов клеток, их количества и пространственных местоположений. После завершения он станет фундаментальным ресурсом для ученых, позволяя им лучше понять, как работают здоровые клетки, и что с ними происходит не так, когда болезнь наносит удар. Но сборка, интеграция, анализ и совместное использование этого ресурса требует новой облачной инфраструктуры данных и новых аналитических методов обработки и интерпретации больших и сложных различных наборов данных.
CZI поддерживает Human Cell Atlas посредством предоставления грантов, инфраструктуры данных, совместной разработки программного обеспечения с открытым исходным кодом и поддержки совместных исследований. В рамках этих усилий CZI Science недавно организовала четырехдневную конференцию более чем 200 ученых, вычислительных биологов и инженеров-программистов, чтобы положить начало созданию совместных вычислительных инструментов для Human Cell Atlas — серию из 85 грантов для исследователей, нацеленных на совместную работу для решения вычислительных задач для HCA.
Читать полностью »
Компьютерное зрение и философия
2018-09-22 в 9:10, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, искусственный интеллект, Исследования и прогнозы в IT, Компьютерное зрение, мозг, СемантикаНаука и философия принципиально по-разному описывают процесс зрительного восприятия человека.
Наука: Информационные процессы в живых и неживых системах протекают единообразно.
Основатель кибернетики Норберт Винер считал, что процессы обработки информации в живых и неживых системах протекают единообразно. Поэтому книгу о созданной им новой науке - кибернетике он назвал «Кибернетика, или управление и связь в животном и машине» (1948 г.)
Так же и создатели первой искусственной нейронной сети Дж. Маккалок и У. Питтс были уверены в том, что в своей работе они повторяют структуру нервной системы человека. Описание сети было приведено в работе «Логическое исчисление идей, относящихся к нервной активности» (1943 г.)
Стремление создателей информационных технологий повторить структуру и функции нервной системы человека вполне понятно. Оно обусловлено тем, что человек является «природным преобразователем информации», а потому и образцом для технического подражания.
Лекции по биоинформатике: анализ данных, нейросети, и их применение в биологии и медицине
2018-05-22 в 10:26, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, видеолекции, лекции, Научно-популярноеПочти год назад, летом 2017 года, на базе МФТИ состоялась традиционная летняя школа от Института биоинформатики. Основной темой школы в этом году стал интеллектуальный анализ данных. Почему? Количество получаемых данных в биологии и медицине растет с невероятной скоростью. В то же время обнаружить ранее неизвестные вещи в таком объеме информации вручную физически невозможно (да и классическими алгоритмами уже тоже сложновато), поэтому приходится использовать статистику и дополнять естественный интеллект искусственным.
Именно этим активно и занимались участники летней школы. В этом посте собрана 21 видеозапись лекций со слайдами и описанием для всех интересующихся темой анализа данных в биоинформатике. Лекции, которые можно смотреть без дополнительной подготовки, отмечены звёздочкой «*» (их больше половины).
Distant Joining: выбираем репрезентативный набор генов
2018-03-16 в 9:18, admin, рубрики: python, биоинформатика, выборка данных, Программирование, филогенетикаСовременные методы биоинформатики позволяют довольно точно восстанавливать эволюционные истории на основании последовательностей генов или белков ныне живущих организмов. А благодаря технологиям секвенирования нового поколения последовательности производятся быстрее, чем их успевают анализировать. Вот только эволюционная реконструкция – дело вычислительно дорогое и неплохо бы уметь получать репрезентативные выборки пригодного для анализа размера. Как это сделать и что вообще такое в данном случае “репрезентативная” – под катом.
Читать полностью »