Рубрика «биоинформатика» - 2
Как работает DeepMind AlphaFold2?
2022-01-08 в 18:50, admin, рубрики: AlphaFold2, DeepMind, биоинформатика, биология, Биотехнологии, машинное обучение, механизм внимания, нейронные сети, трансформеры, Фолдинг белков
Краткое знакомство с моделированием белков
2021-12-11 в 9:10, admin, рубрики: diy или сделай сам, timeweb_статьи_выходного_дня, Алгоритмы, базы данных, белки, библиотеки, биоинформатика, биология, Биотехнологии, Блог компании Timeweb Cloud, модели, моделирование, молекулы, Научно-популярное, Читальный залБлагодарность: искренне благодарим биоинформатика Жукову Алину Александровну (к.б.н., доцент кафедры анатомии и физиологии человека и животных РГПУ им. А.И. Герцена) за дельные советы, проверку статьи и помощь
Данная статья будет интересна тем, кто хоть как-то знаком с молекулярной биологией и биохимией, а также интересуется возможностью визуализации белков.
Наш мир полон разнообразия: повсюду встречаются различные виды растений и животных — повсюду кишит жизнь. И если так подумать, вспомнить школьные годы, то один из ученых, а именно Фридрих Энгельс когда-то дал свое особенное определение жизни, которое является одним из множества других:
“Жизнь есть способ существования белковых тел, существенным моментом которого является постоянный обмен веществ с окружающей их внешней природой, причем с прекращением этого обмена веществ прекращается и жизнь, что приводит к разложению белка”. Читать полностью »
Видео курсов Computer Science клуба
2021-01-05 в 14:22, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании Образовательные проекты JetBrains, курсы, математика, машинное обучение, языки программированияComputer Science клуб — это открытые лекции по компьютерным наукам в Санкт-Петербургском отделении Математического института РАН. Филиалы CS клуба действуют в Новосибирске и Казани. В связи с эпидемией все лекции осеннего семестра проходили онлайн и были доступны всем желающим вне зависимости от их местонахождения. Видеозаписи этих курсов выложены на сайт клуба и в канал на ютубе.
Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ
2020-11-15 в 9:12, admin, рубрики: ruvds_прямые эфиры, анонс, биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании RUVDS.com, Карьера в IT-индустрии, Научно-популярное, оля кунявская
Мы продолжаем раскрывать тему биоинформатики как науки из первых рук.
Завтра, 16 ноября, в 20:00 в наших соцсетях выступит Ольга Кунявская, младший научный сотрудник лаборатории «Центр биоинформатики и алгоритмической биотехнологии» СПбГУ.
Оля в науке уже 4 года и сейчас учится на втором курсе магистратуры НИУ ВШЭ Санкт-Петербург по направлению Software Engineering. Закончила Академический университет по направлению биоинформатика.
Чем биоинформатика отличается от вычислительной биологии — краткое введение
2020-11-01 в 9:12, admin, рубрики: ruvds_прямые эфиры, биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании RUVDS.com, вычислительная биология, машинное обучение, Научно-популярноеПару дней назад на нашем ютубе выступала Алсу Миссарова, выпускница мехмата МГУ, PhD по системной биологии (functional genomics in yeast) в Universitat Ponepu Fabra в Барселоне. Сейчас Алсу постдок в лабе JOhn Marioni (EBI, Cambridge, UK), занимается single cell RNA-seq and интеграцией со spatial transcriptomics.
Алсу сделала очень краткое введение в то, что такое биоинформатика и чем это отличается от вычислительной биологии. Делимся с вами записью и расшифровкой эфира: мы надеемся, что это вводная к целой серии спикеров, которые занимаются биоинформатикой.
Меня зовут Алсу Миссарова. Меня просили рассказать про биоинформатику – в частности, какие задачи я решаю, какого рода данные я обрабатываю, какого рода задачи есть в вычислительной биологии для технарей, для людей с уклоном в computer science, data analysis и так далее.
Читать полностью »
Всё-таки я не зря учился! Как клёвые алгоритмы и школьные формулы помогают создавать инновационные лекарства
2020-07-21 в 14:31, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, биотех, Биотехнологии, Блог компании Образовательные проекты JetBrains, математика, Образование в России, структурная биология
Введение
Меня зовут Александр Садовников, я выпускник корпоративной магистерской программы ИТМО и JetBrains «Разработка программного обеспечения» и по совместительству старший разработчик биоинформатического ПО в департаменте вычислительной биологии компании BIOCAD.
В этом посте я в доступной форме и без чрезмерного жонглирования нудными биоинформатическими терминами опишу один из ключевых этапов создания лекарственного средства — этап предсказания места взаимодействия лекарства с целевой молекулой в организме человека. Данная тема выбрана мной не случайно: в рамках своей дипломной работы я занимался именно этой проблемой.
Понять, как взаимодействуют две молекулы, можно, если предсказать структуру комплекса, который они формируют в природе. Предсказание структуры молекулярного комплекса по-научному называется задачей докинга. Частого использования этого термина я, к сожалению, избежать не смогу. Главная новость заключается в том, что задачу докинга человечество уже умеет с переменным успехом решать с помощью компьютерного моделирования. Это стало возможным, в частности, за счёт использования довольно известных за пределами биоинформатики алгоритмов и математических подходов. На их примере я покажу, как очень частные знания, которые мы получаем на протяжении многих лет учёбы в школе и вузе, оказываются полезными на практике, причём зачастую не самым очевидным образом.
Лекции со школы по биоинформатике от А до Я
2020-02-20 в 2:56, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, видеолекции, лекции, наука, Научно-популярное, Учебный процесс в ITЛетом 2019 года в седьмой раз проходила летняя школа по биоинформатике — недельный образовательный интенсив для ста студентов и недавних выпускников из разных городов и стран, делающих первые шаги в этой области.
Биологи, медики, программисты, математики, физики, химики — самые распространенные специальности участников школы — условно поделились на два потока «биологов» и «информатиков». Лекции и практики были посвящены различным биоинформатическим методам и их применению в медицине и биологии: начиная от эволюции и заканчивая анализом данных секвенирования одиночных клеток и старением.
Ниже мы делимся обзором, видеозаписями и слайдами 15 прошедших лекций. Помеченные звёздочкой «*» можно смотреть без подготовки или с базовыми знаниями.
Приятного просмотра!
Правильные ответы и анонс победителя
2019-12-27 в 12:50, admin, рубрики: big data, биоинформатика, биоинформатические алгоритмы, Биотехнологии, Блог компании «Атлас», генетика, генетический анализ, генетический код, генетический тест, днк, Здоровье гикаМы завершаем цикл статей с практическими задачами о том, как использовать данные генетических тестов. Сегодня публикуем правильные ответы и победителей, которые решили все три задачи быстрее остальных.
Задача №2. Определение популяционной структуры
2019-12-20 в 13:35, admin, рубрики: big data, биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании «Атлас», генетика, генетическое программирование, гены, днк, ДНК человека, днк-тесты, Здоровье гика, Научно-популярное, происхождение человекаМы продолжаем цикл задач, где рассказыаем, как работать с генетическими данными. Первую задачу «Узнайте пол и степень родства» уже можно решить и прислать нам ответы. Сегодня публикуем вторую.
Главный приз — Полный геном.
Задача №1. Узнайте пол и степень родства
2019-12-18 в 12:38, admin, рубрики: анализ данных, биоинформатика, биоинформатические алгоритмы, Биотехнологии, Блог компании «Атлас», генетика, генетика человека, гены, задачи для программистов, Здоровье гика, Научно-популярноеВ предыдущей подробной статье про Полный геном мы обещали опубликовать три задачи и подарить тест тому, кто первым решит все три правильно. Заодно в этих задачах мы даем примеры, как можно работать с генетическими данными. Сегодня публикуем первую.
