Это продолжение статьи Часть №1. Введение в биовычисления по сворачиванию. От белков к РНК. Здесь мы опишем ковалентные и водородные связи математически. Посмотрим какие углы мы будем вращать у РНК для сворачивания. И прикоснемся к вопросу «а в чем трудность то?»
Рубрика «биоинформатика» - 17
Часть №2. Введение в биовычисления по сворачиванию. Мат. критерии
2012-03-17 в 2:15, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, Биотехнологии, кибернетика, сворачивание рнк, теория игр, Фолдинг белков, метки: кибернетика, сворачивание рнк, теория игр, Фолдинг белковЧасть №1. Введение в биовычисления по сворачиванию. От белков к РНК
2012-03-16 в 23:28, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, Биотехнологии, кибернетика, теория игр, Фолдинг белков, метки: кибернетика, теория игр, Фолдинг белковСразу надо сказать, что буду излагать вопрос о биовычислениях с определенной кибернетико-геометрической точки зрения. Это мое название и это направление не распространено. Уверен, что так будет легче понять тем кто не в теме этой биологической проблематики. Те кто уже в теме — готов и с вами подискутировать и показать почему традиционные методы не пригодны с точки зрения кибернетического подхода (но в этой статье не вы моя аудитория — уж извините, но уверен и вам она будет полезна как расширение мировоззрения на проблематику).
Практическое применение для биологов имеет больше вопрос сворачивания белков. В определенной степени очень много практических задач можно свести к этой задаче (знанию того как сворачивается белок), основная из которых — разработка лекарств по борьбе с вирусами и болезнями.
Но эта задача в общем виде не решена. Это как нерешенные задачи в математике, только с биологическим контекстом (см. парадокс Левинталя). Биологи могут лишь с определенной погрешностью увидеть путем биоэкспериментов состояние в уже свернутом состоянии, но проследить как это происходит пока не возможно. Но все это кроме того очень дорого. Почему и занимаются компьютерными вычислениями — это дешево, даже не смотря на то, что используется тысячи компьютеров в распределенных проектах.
Но введения хватит, далее с корабля на бал…
Усовершенствовании паттерна Flyweight в биовычислениях
2012-03-15 в 14:19, admin, рубрики: биоинформатика, паттерны проектирования, Проектирование и рефакторинг, Совершенный код, метки: биоинформатика, паттерны проектированияПредыстория
Сразу извиняюсь за сложность, но сложна как сама ситуация для применения этого, так и способ решения, но получается в результате красиво и эффективно :)
Началось с того, что описал одну проблемку о проблемах ООП. Потом случайно благодаря разговорам тут начал обдумывать паттерны проектирования. И в связи с темой «полное копирование объекта» вышел на паттерн Flyweight. Кто не знает — прошу вначале читайте о нем в Приемы объектно-ориентированного проектирования. Паттерны проектирования (Не в вики, а в оригинале).
Основная идея там такова:
Паттерн Flyweight описывает, как совместно разделять очень мелкие объекты без чрезмерно высоких издержек. Каждый объект-приспособленец имеет две части: внутреннее и внешнее состояния. Внутреннее состояние хранится (разделяется) в приспособленце и состоит из информации, не зависящей от его контекста. Внешнее состояние хранится или вычисляется объектами-клиентами и передается приспособленцу при вызове его методов.
Задача
Мы рассмотрим как это улучшить на конкретном примере. О биовычислениях буду говорить очень мало — но пример будет построен на этом. Суть биовычислений попытаюсь полностью вытравить, оставив только схему.
Усовершенствование паттерна Flyweight в биовычислениях
2012-03-15 в 14:19, admin, рубрики: биоинформатика, паттерны проектирования, Проектирование и рефакторинг, Совершенный код, метки: биоинформатика, паттерны проектированияПредыстория
Сразу извиняюсь за сложность, но сложна как сама ситуация для применения этого, так и способ решения, но получается в результате красиво и эффективно :)
Началось с того, что описал одну проблемку о проблемах ООП. Потом случайно благодаря разговорам тут начал обдумывать паттерны проектирования. И в связи с темой «полное копирование объекта» вышел на паттерн Flyweight. Кто не знает — прошу вначале читайте о нем в Приемы объектно-ориентированного проектирования. Паттерны проектирования (Не в вики, а в оригинале).
Основная идея там такова:
Паттерн Flyweight описывает, как совместно разделять очень мелкие объекты без чрезмерно высоких издержек. Каждый объект-приспособленец имеет две части: внутреннее и внешнее состояния. Внутреннее состояние хранится (разделяется) в приспособленце и состоит из информации, не зависящей от его контекста. Внешнее состояние хранится или вычисляется объектами-клиентами и передается приспособленцу при вызове его методов.
Задача
Мы рассмотрим как это улучшить на конкретном примере. О биовычислениях буду говорить очень мало — но пример будет построен на этом. Суть биовычислений попытаюсь полностью вытравить, оставив только схему.
P.S. Если кому то интересна проблематика самих биовычислений по задаче сворачивания РНК/белков — делайте заказ напишу тогда отдельную статью.
Учебный процесс в IT / Магистерские программы Санкт-Петербургского Академического университета (бывший АФТУ РАН)
2012-03-05 в 16:12, admin, рубрики: computer science, software engineering, биоинформатика, магистратура, образование, разработка по, метки: computer science, software engineering, биоинформатика, магистратура, образование, разработка по 
Повсеместный переход на Болонскую систему даёт студентам возможность сменить ВУЗ после получения диплома бакалавра. Однако немногие студенты задумываются об этом. Во многих ВУЗах магистерская программа очень «разрежена»: присутствует множество непрофильных курсов (философия, культурология и т.д.), профильных же очень мало, и для того, чтобы их сдать, достаточно просто появиться на экзамене/зачёте.
Тех, кто ещё сохранил желание учиться, кафедра математических и информационных технологий Академического университета приглашает в магистратуру по тремЧитать полностью »
Биоинформатика / Алгоритмы в биоинформатике ч.1
2012-02-19 в 20:10, admin, рубрики: QuEST, Алгоритмы, биоинформатика, Пуассон, метки: QuEST, Алгоритмы, биоинформатика, Пуассон
В предыдущих статьях (1,2) мы познакомились с тем, как могут выглядеть данные в зависимости от проведенного биологического эксперимента. На основании этих визуализированных данных были сделаны предположения о том, что же происходит внутри клетки. Теперь остановимся на том, как математически и алгоритмически проанализировать данные для того, чтобы машины за нас могли выполнить рутинную работу. К сожалению, после прочтения множества статей по анализу данных у меня сложилось впечатление, что однозначного или наиболее универсального решения не существует. Есть алгоритмы, которые хорошо себя показывают на некотором наборе данных, а вЧитать полностью »
Биоинформатика / Практическая биоинформатика ч.5. Секвенирование ДНК
2012-02-05 в 7:01, admin, рубрики: ChIP-seq, Pol II, биоинформатика, секвенирование ДНК, метки: ChIP seq, Pol II, биоинформатика, секвенирование ДНК
В стремлении рассказать о самом сложном, как можно быстрее, очевидно, забываешь о самом простом. И, в моем случае, не только о простом, но и о важном связывающем звене. Причинно-следственная связь слегка нарушилась. В моих предыдущих статьях (1, 2, 3, 4) описаны математический аспект и программирование, но в них практически нет биологии. Поэтому эта статья о том, какую именно часть молекулярной биологии пытаются раскрыть, предсказать, увидеть и решить описываемые мною программы и алгоритмы.
Картинка с изображением яйцеклетки и сперматозоидов на поверхности символизирует пропущенный мною этап, когда все только зарождается.Читать полностью »