В институте цитологии и генетики ежегодно проводит школу молодых ученых. На школу приглашаются ведущие ученые в области биоинформатики и системной биологии. Мы уже второй год записываем лекции и выкладываем их в публичный доступ.
Читать полностью »
Рубрика «биоинформатика» - 14
Видеолекции по биоинформатике
2012-10-03 в 7:46, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, видеолекции, обучение, метки: биоинформатика, биотехнологии, видеолекции, обучениеКосмики: моделирование эволюции многоклеточных организмов
2012-10-02 в 12:38, admin, рубрики: CUDA, gpgpu, биоинформатика, искусственный интеллект, моделирование, роевой интеллект, эволюция, метки: CUDA, моделирование, роевой интеллект, эволюцияЗдравствуй!
Несколько лет назад в прикладных целях я реализовал обычный Force-based визуализатор графов.
На меня произвело впечатление, как простые итеративные преобразования могут производить субъективно сложные и интересные вычисления, формируя нетривиальные визуально-кинетические модели.
Со временем возникло несколько идей, что интересного можно смоделировать.
Вот что получилось с одной из них:
Молекулярный компьютер 3000000 вековой давности
2012-09-08 в 9:01, admin, рубрики: биоинформатика, биология, Биотехнологии, Научно-популярное, метки: биология Говорят, что все изобретения человечества были «подмечены» у природы, или хотя бы имеют природные аналоги; например, у самолёта в природе есть аналог — птица. А есть ли аналог компьютера и компьютерных программ?
Это — биологическая клетка, которая и будет рассмотрена в этом посте с точки зрения программиста, как молекулярный компьютер. Вы узнаете, что многие современные способы и алгоритмы обработки информации появились не в 1980-х годах, а на многие миллионы лет раньше.
Читать полностью »
Правила игры в индустрии ИТ
2012-09-03 в 8:31, admin, рубрики: Fab Lab, i-free, jetbrains, бизнес, биоинформатика, будущее, введение, индустрия, искусственный интеллект, исследование, ит, менеджмент, открытые данные, рвк, Учебный процесс в IT, метки: Fab Lab, i-free, jetbrains, бизнес, биоинформатика, будущее, введение, индустрия, искусственный интеллект, исследование, ит, менеджмент, открытые данные, рвкДля чего полезно знать как устроена индустрия в которой работаешь? Мы считаем, что это дает возможность увидеть наилучшее для себя место (интересное и хорошо оплачиваемое) и/или своего собственного бизнеса (динамично развивающегося и общественно полезного) в этой самой индустрии.
Вот уже два года вместе с vyahhi и студентами межвузовской программы GameChangers мы изучаем устройство индустрии информационных технологий, и теперь хотим представить некоторые из материалов, которые у нас накопились за это время (видео и конспекты).Читать полностью »
Розалинд — платформа для изучения биоинформатики
2012-08-17 в 10:17, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, образование, Спортивное программирование, Учебный процесс в IT, метки: биоинформатика, биотехнологии, образование, спортивное программирование 
Широко известны сайты для решения олимпиадных задач по программированию, такие, как, например, TopCoder и Codeforces, а также сборники математических задач-головоломок, например, Project Euler. За последний год произошёл бум онлайн образования: возникли стартапы Coursera и Udacity, предоставляющие онлайн курсы от топовых университетов США… но для тех, кто хочет изучить биоинформатику, пока ничего нет.
Розалинд — проект, разрабатываемый в Санкт-Петербуге и University of California, San Diego с мая 2012 года, как раз заполняет эту нишу. Это платформа для обучения биоинформатике с помощью решения задач, бесплатная и открытая.Читать полностью »
Получена траектория сворачивания вироидного рибозима или новости с фронтов при использовании ПО RNAInSpace
2012-08-12 в 3:28, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, кибернетика, разработка, РНК, фолдинг, метки: кибернетика, РНК, фолдингПару месяцев назад я рассказывал о приближенных результатах в задаче о сворачивании РНК. Напомню требуется свернуть вироидный рибозим NC_003540 организма Chrysanthemum chlorotic mottle viroid, третичная структура которого неизвестна.
И вот оно свершилось — рибозим свернулся !
Смотрим его конечное состояние, а под катом еще его траекторию сворачивания, а также подводим итоги.
Впервые создана компьютерная модель клетки
2012-07-21 в 4:42, admin, рубрики: cad, E. coli, Mycoplasma genitalium, биоинформатика, Биотехнологии, будущее здесь, модели систем, Стэнфордский университет, метки: cad, E. coli, Mycoplasma genitalium, биотехнологии, модели систем, Стэнфордский университет 
Ученые в Стэнфорде совершили огромный шаг вперед: впервые была создана полная цифровая модель организма и всего его жизненного цикла. Для создания компьютерной модели крошечной бактерии Mycoplasma genitalium потребовалось написать 28 независимых взаимодействующих друг с другом модулей, симулирующих процессы живой клетки и оперирующих 1.900 параметрами. Для описания их поведения использовались 900 различных научных отчетов. Сложность модели высока: лишь для процесса деления одноклеточного требуется 10 часов симуляции, а на выходе получается полгигабайта данных.
Mycoplasma genitalium — простой паразит, обитающий в мочеполовых и дыхательных путях. Бактерия привлекает исследователей в первую очередь размером своего генетического аппарата — у M. genitalium всего 525 генов, в то время как у более традиционной лабораторной E. coli их 4.288. Несмотря на характер микроорганизма и трудности в работе с паразитом, малое количество генов делает его привлекательным для биоинженеров: именно с участием M. genitalium в 2008 году впервые была создана искусственная хромосома.Читать полностью »
Впервые создана компьютерная модель живой клетки
2012-07-21 в 4:42, admin, рубрики: cad, E. coli, Mycoplasma genitalium, биоинформатика, Биотехнологии, будущее здесь, модели систем, Стэнфордский университет, метки: cad, E. coli, Mycoplasma genitalium, биотехнологии, модели систем, Стэнфордский университет 
Ученые в Стэнфорде совершили огромный шаг вперед: впервые была создана полная цифровая модель организма и всего его жизненного цикла. Для создания компьютерной модели крошечной бактерии Mycoplasma genitalium потребовалось написать 28 независимых взаимодействующих друг с другом модулей, симулирующих процессы живой клетки и оперирующих 1.900 параметрами. Для описания их поведения использовались 900 различных научных отчетов. Сложность модели высока: лишь для процесса деления одноклеточного требуется 10 часов симуляции, а на выходе получается полгигабайта данных.
Mycoplasma genitalium — простой паразит, обитающий в мочеполовых и дыхательных путях. Бактерия привлекает исследователей в первую очередь размером своего генетического аппарата — у M. genitalium всего 525 генов, в то время как у более традиционной лабораторной E. coli их 4.288. Несмотря на характер микроорганизма и трудности в работе с паразитом, малое количество генов делает его привлекательным для биоинженеров: именно с участием M. genitalium в 2008 году впервые была создана искусственная хромосома.Читать полностью »
Использование UML для эксперимента по эволюционной систематике прокариот, и косвенно о психологии ученных
2012-07-03 в 22:23, admin, рубрики: UML, Алгоритмы, биоинформатика, генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, управление проектами, эволюция, метки: UML, генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюцияЭта статья продолжение двух других Интересные результаты о эволюционной систематике прокариот или «многовидовое происхождение», Геномы секвенированных организмов — ошибки в базах.
После них я имел честь получить некоторую обратную связь как от интересующихся, так и от профессионалов в этом вопросе. Также, как можно было видеть, была достаточно оживленная дискуссия. С одной стороны я хотел бы ответить на полученные замечания.
С другой поставить новый эксперимент. И было бы желательно привлечь к этому тех кто интересуется подобными вещами. Если у вас нет времени — может у вас есть свободное процессорное время :)?
Геномы секвенированных организмов — ошибки в базах
2012-06-29 в 23:14, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, геномы, поисковые системы, секвенирование, метки: геномы, поисковые системы, секвенированиеНаиболее известная база, содержащая геномы секвенированных организмов — NCBI, содержит большое количество систематических ошибок. Из-за этого практически невозможно использование этих данных, и тем более невозможно изучение механизма мутаций (а, следовательно, и эволюции), так как в таком случае исследуются человеческие ошибки при секвенировании, а не природные мутации. Поэтому прежде чем использовать эти данные необходимо уточнение этой базы.
И это трудоемкая задача, её невозможно решить для отдельного нужного организма. Поэтому хотелось бы найти тех, кто хотел бы создать свой русскоязычный источник аналогичный NCBI, но с уточненной информацией.
В статье показывается на сколько массовы ошибки геномов, находящихся в NCBI и рассказывается как самому в этом убедится, и некоторые способы исправления.