Каждый, кто разрабатывает экранный интерфейс, наверняка задается вопросом его дружественности по отношению к конечному пользователю (юзабилити). И наверняка вы предполагаете, что Ваш продукт будет пользоваться популярностью не только ваших знакомых программистов, которые понимают значения стереотипных пиктограмм, но и совсем обычных людей, которые с вычислительной техникой на ВЫ. А если затрагивается локализация продукта на территории пост-советского пространства, проблемы начинают расти как снежный ком. Так-как по мнению автора хороший приемлемый интерфейс = оттестированный интерфейс, следует что без тестов не обойтись. Созывать консилиумы, создавать фокус группы и давать попробовать друзьям и коллегам конечно просто замечательно, но не всегда возможно по тем или иным причинам. За этим мы и попытаемся создать модель рядового пользователя экранного интерфейса. Пользователь экранного интерфейса (далее ПЭИ.)
Читать полностью »
Рубрика «биоинформатика» - 13
Рядовой пользователь экранного интерфейса: кто он?
2013-02-06 в 11:41, admin, рубрики: биоинформатика, интерфейсы, искусственный интеллект, Песочница, социология, философия, метки: интерфейсы, социология, философияCуперкомпьютер за 1 млрд евро: симуляция мозга человека
2013-02-03 в 9:59, admin, рубрики: Human Brain Project, биоинформатика, Биотехнологии, будущее здесь, нейробиология, нейроморфный чип, симуляция мозга, метки: Human Brain Project, нейробиология, нейроморфный чип, симуляция мозга 
Еврокомиссия одобрила финансирование самого крупного и амбициозного проекта по симуляции человеческого мозга. Проект Human Brain Project объединит усилия европейских учёных на 2013-2023 гг и предварительно оценивается в 1,19 млрд евро.
Читать полностью »
Надёжное хранение информации в ДНК (2,2 петабайта на грамм)
2013-01-24 в 5:57, admin, рубрики: CRC, биоинформатика, будущее здесь, днк, Накопители, метки: CRC, днк .jpg "Надёжное хранение информации в ДНК (2,2 петабайта на грамм)")
На Хабре неоднократно упоминались технологии записи/считывания информации в ДНК, которые сейчас испытываются в лабораториях.
Молекула ДНК используется для хранения информации в четверичной системе счисления, по количеству нуклеотидов (0 = A, 1 = T, 2 = C, 3 = G). Это компактный контейнер с плотностью записи в тысячи раз больше, чем у существующих носителей. Однако, чтобы технология перешла от научных испытаний к коммерческому использованию, требуется решить ряд проблем. Одна из них — специфика человеческой информации, в которой одни и те же биты могут многократно повторяться (CCCCCCCCCCCCCCC). Если многократно повторять один и тот же нуклеотид в молекуле ДНК, то это негативно влияет на стабильность кластера и информация может быть потеряна, даже при использовании избыточного дублирования и коррекции ошибок.
Читать полностью »
Дарвиновская эволюция бактерий — полная картина
2013-01-05 в 8:06, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюция, метки: генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюцияЯ начну с провокационного заявления — «биологи не публикуют детали своих исследований». Казалось бы столько статей, столько исследований… но где описание и детализация информации, которая получена? Её в принципе нет. А статьи без такой информации пусты и спорны. Каждый нахваливает свой метод, но много ли кто озаботился верификацией чужих данных, а главное смог ли он её сделать?
Можно лишь приветствовать появление таких биоинформационных баз как NCBI genomes и PDB, в которые исследователи помещают данные о секвенированных геномах и структурах РНК, белков. И главное, некоторые ученные прежде чем опубликовать статью, прежде помещают данные в биоинформационные базы.
Вы скажите есть много других баз — но я вам скажу они менее серьезные, и как правило перепосты этих двух с некоторой адаптацией. Но главное, что вся другая биоинформационная информация, можно сказать вторичная — не помещается в базы. А в статьях тем не менее идут различные спекуляции.
Конечно, так оно выглядит только для таких дилетантов как я. У настоящих же профессионалов все как в аптеке. Поэтому можете не утруждать себя ответом на эти пафосные заявления. Мы просто поговорим как выглядит биоинформатика в её частных областях глазами дилетанта. Но может и вас эта история к чему нибудь побудит.
Мы поговорим ниже о построение дерева эволюции согласно Дарвину, посмотрим на сколько это справедливо и таки я в итоге дам полное дерево (в рамках имеющейся информации) эволюции бактерий на основании самых консервативных генов тРНК. И дам пояснение о методе построения такого дерева.
Специалистам в биоинформатике рекомендую читать с раздела №5, пропустив весь мой пафос.
Дебри филогенетики — демонстрация и объяснение
2012-12-31 в 9:24, admin, рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, генетика, геномика, геномы, графы, поисковые системы, происхождение видов, эволюция, метки: генетика, геномика, геномы, графы, поисковые системы, происхождение видов, эволюцияДумаю многие ИТ-специалисты интересуются не только программированием, но и вопросами более земными и частенько их можно застать рассуждающими о происхождении человека, разума и т.д. Мы обратимся к самому началу — происхождению видов бактерий. И хотя там есть много узкоспециальных вопросов, сам принцип построения филогенетических деревьев не такой легкий, но захватывающий. О нем то мы и будем говорить.
Чуть ранее я написал статью Систематика прокариот — дальние родственники, где сообщил о грубых результатах и методе их получения. Он несколько не классический, но вполне укладывается в научную парадигму. Достаточно «жесткий» диалог с Davidov, который имел место быть в этой статье, может создать впечатление проблематичности метода о котором я говорю. Но мы потом сели и спокойно обсудили, и подвели некоторые итоги. Суть диалога представляет некоторый интерес и я его вначале частично опубликую.
А затем хочу продемонстрировать один наглядный пример построения дерева «происхождения видов» с помощью моего подхода (назовем его «детерминированный подход»). По сути метод можно обобщить, и тогда он не будет относится только к филогенетике и его можно использовать в других областях, когда нужно граф превратить в дерево, выкинув слабые связи.
Зоологический краудсорсинг
2012-12-17 в 10:57, admin, рубрики: zooniverse, биоинформатика, краудсорсинг, обработка изображений, метки: zooniverse, краудсорсинг 
Офисные работники, застигнутые начальством в рабочее время за просмотром фотографий в сети, получили еще одну удачную отговорку. Теперь они могут сказать разозленному боссу, что всего лишь хотели помочь ученым изучить редких животных в национальном парке Серенгети.
Говоря чуть серьезнее, инициатива ученых из Zooniverse не нова. Она заключается в том, что в открытый доступ был выложен архив фотографий, сделанных камерами слежения на территории национального парка Серенгети в Танзании. За последние годы учеными там было установлено несколько сотен фотокамер, оснащенных датчиками движения, которые регистрируют обитающих в Серенгети животных. С тех пор камеры сделали несколько миллионов фотографий, что намного превышает возможности ученых обрабатывать их. Поэтому было решено привлечь к этому обычных интернет-пользователей.
Систематика прокариот — детализированные пояснения
2012-12-17 в 1:20, admin, рубрики: биоинформатика, генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюция, метки: генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюцияВ предыдущей статье я не сильно утруждал себя детальным описанием идеи. Мне казалось она интуитивна понятна и элементарна. Но после дискуссии с Davidov понял, что идею не так то просто схватить. Дело в том, что сейчас классические представления в филогенетике строятся на одной догме, которая искажает мировоззрение биологов.
Когда мы строим эволюционное дерево — мы конечно же хотим знать в какой последовательности во времени видообразовывались виды. Но классическая филогенетика объявила, что это не научно ставить такой вопрос. И по сути расписалась в своем невежестве. Действительно, судить о времени видообразования, в то время как эволюционный процесс идет каждую минуту сложно. Но можно. Пояснить как это можно и призвано данное детализированное объяснение.
Систематика прокариот — дальние родственники
2012-12-15 в 22:34, admin, рубрики: UML, Алгоритмы, биоинформатика, генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюция, метки: UML, генетика, геномика, геномы, поисковые системы, происхождение видов, эволюцияЕще летом я запланировал эксперимент и написал статью Использование UML для эксперимента по эволюционной систематике прокариот, и косвенно о психологии ученых. Результаты по грубой обработки уже были готовы к концу лета (спасибо, mktums за помощь ).
Вот теперь образовалась пауза, и я добил эту тему, и представляю результаты.
Развитие RNAInSpace, алгоритм CRA, проблемы программирования под Linux и прочие
2012-10-12 в 8:31, admin, рубрики: CRA, CRISP, Алгоритмы, биоинформатика, кибернетика, тРНК, фолдинг, метки: CRA, CRISP, биоинформатика, кибернетика, тРНК, фолдингЧто-то давно не писал, вот решил написать промежуточную статью о развитии RNAInSpace. Первый этап статей собран в Получена траектория сворачивания вироидного рибозима или новости с фронтов при использовании ПО RNAInSpace. Попробуем начать второй этап.
Второй этап я собирался начать со сворачивания тРНК. Тут оказались некоторые проблемы. С другой стороны, есть интересный алгоритм CRA, который должен помочь решить мне эти проблемы. Он сложный и я его не понимаю. Но он реализован в некоторых ПО в основном для Linux. Что есть большое фи. В общем обо все по порядку.
P.S. Ищу тех кто понимает математику и сможет помочь мне разобраться с алгоритмом CRA. С другой стороны, нуждаюсь в помощи тех кто использовал Gromacs.
Развитие RNAInSpace, алгоритм CRA, проблемы кода на Linux и прочие
2012-10-12 в 8:31, admin, рубрики: CRA, CRISP, Алгоритмы, биоинформатика, кибернетика, тРНК, фолдинг, метки: CRA, CRISP, биоинформатика, кибернетика, тРНК, фолдингЧто-то давно не писал, вот решил написать промежуточную статью о развитии RNAInSpace. Первый этап статей собран в Получена траектория сворачивания вироидного рибозима или новости с фронтов при использовании ПО RNAInSpace. Попробуем начать второй этап.
Второй этап я собирался начать со сворачивания тРНК. Тут оказались некоторые проблемы. С другой стороны, есть интересный алгоритм CRA, который должен помочь решить мне эти проблемы. Он сложный и я его не понимаю. Но он реализован в некоторых ПО в основном для Linux. Что есть большое фи. В общем обо все по порядку.
P.S. Ищу тех кто понимает математику и сможет помочь мне разобраться с алгоритмом CRA. С другой стороны, нуждаюсь в помощи тех кто использовал Gromacs.