Рубрика «биоинформатика» - 12

Известно, что на любой вопрос можно дать простой, понятный, убедительный неправильный ответ. Временами этот ответ столь прост и убедителен, что его очевидной неправильности попросту не замечают миллиарды людей.

Сегодня я хотел бы рассказать об одном таком простом вопросе и о двух ответах на него: простом, всем известном, но неправильным; и сложном, непонятном, но правильном.

Это рассказ о цветах. Все мы знаем ещё с детства, что белый свет можно разложить в радугу; а затем из цветов радуги можно собрать как обратно белый свет, так и любой другой цвет, воспринимаемый глазом. Более того, мы твёрдо уверены, что любой цвет можно получить, имея всего три базовых цвета — например, красный, зелёный и синий. Мы проделывали это сотни раз с акварельными красками, и сейчас читаем этот текст с экрана монитора, построенного на этом нехитром принципе.

Также все мы со школы знаем, что белый свет — это смесь световых волн разной длины. Используя тот факт, что волны разной длины по-разному преломляются, мы, с помощью призмы, можем получить «чистый» свет с конкретной заданной длиной волны. Каждому из базовых цветов соответствует своя конкретная длина волны; например, красному соответствует свет с длиной волны 635-700 нм, оранжевому — 590-635 нм, жёлтому — 560-590 нм.

Эти два факта отлично известны любому школьнику. Однако почему-то никто не замечает очевидного противоречия между этими двумя фактами. А именно: если мы возьмём монохромный красный свет (скажем, 650 нм) и смешаем с монохромным жёлтым светом (допустим, 570 нм) мы никак не можем получить оранжевый свет с длиной 610 нм — длины волн не складываются и не усредняются, мы просто получим смесь из 650- и 570-нм волн! Тем не менее, если смешать желтую краску с красной — мы получим оранжевую, и это тоже совершенно несомненно.

Читать полностью »

Декодирование изображений из мозга человека

Сегодня в журнале Science публикована научная работа (pdf) с описанием нового метода автоматической реконструкции изображений из мозга человека. Авторы научной работы считают, что их метод более точный, чем предыдущие работы в этой области: хорошо распознаются символы алфавита и простые контрастные фигуры.

Пока что декодер распознаёт только картинки, которые реально видит человек в данный момент, но в будущем он должен работать и на воображаемых изображениях. В этом случае станет возможным, например, набирать текст с закрытыми глазами.
Читать полностью »

Оцифровка человека: мы не готовы
Идея информационной телепортации крайне проста: специальный сканер разбирает объект на атомы, одновременно считывая их полное состояние. Полученные данные передаются в пункт назначения, где 3D-принтер с атомарным разрешением печатает исходный объект. Просто, логично, понятно. Многократно показано в фантастике (например, в фильме «Трон»).
Какова же должна быть пропускная способность сети для комфортной телепортации? Хватит ли нам плохонького 3G от «большой тройки»?
Читать полностью »

Стэнфордские учёные создали компьютер внутри живой клеткиВ XIX веке Чарльз Бэббидж, разрабатывая проект своей вычислительной машины, опирался на механические элементы. ЭНИАК, первая современная универсальная ЭВМ, созданная в середине 40-ых, была основана на особенностях работы вакуумных ламп. Сегодня компьютеры используют транзисторы на основе полупроводниковых элементов для проведения логических операций.

Команда биоинженеров Стэнфордском университете в свою очередь создала логический элемент из генетического материала, который получил название биологический транзистор или транскриптор. Об этом они сообщили в журнале Science 28 марта этого года.

В публикации исследователи описали универсальную систему генетических транзисторов, которая может быть помещена в живую клетку и быть включена или отключена при определенных условиях. Авторы исследования высказывают надежду, что со временем такие группы транзисторов могут стать микроскопическими живыми компьютерами. Компьютеры такого рода могут выполнять разнообразные задачи, к примеру, определять наличие определенного токсина в клетке, считать количество делений раковой клетки или предоставлять детальную и точную информацию о взаимодейтсвии препарата на какой-либо вид клеток.
Читать полностью »

Магистратура Академического университета РАН: делимся опытомКафедра математических и информационных технологий Санкт-Петербургского Академического университета РАН создана в 2008 году. В этом году ей исполняется 5 лет. Настало время подвести промежуточные итоги и поделиться опытом с сообществом.

Мы уже несколько раз писали об этом на хабре. Правда раньше мы ограничивались сухими объявлениями.

Зачем мы решили открыть кафедру?

Читать полностью »

Не последнюю роль в биоинформатике занимает визуализация. Учёные в этой области работают с огромными объёмами информации, которую хорошо бы как-то охватить взглядом и представить в голове. Ярким примером средства визуализации являются браузеры геномов (genome browser), о которых я и хочу рассказать.
Браузеры генома
Читать полностью »

Двое английских учёных Peter Bentley и Christos Sakellariou создали компьютер, который подобно мозгу человека выполняет инструцкии не последовательно, а сегментами в случайном порядке.
По словам учёных, такой механизм позволяет этому компьютеру адаптироваться к критическим ситуациям и обходить их без остановки работы.
Читать полностью »

В предыдущей статье, обсуждение получилось слишком крикливым. Но мы открыли свой сайт и там я переписал более взвешенно. Написанное там рекомендую прочитать, чтобы потом не жаловаться на сложность изложения. На самом деле нужен минимум информации для понимания. Я обещал написать продолжение о своем эксперименте, поэтому те кто заинтересовался проблематикой построения эволюционных деревьев — прошу под кат. Читать полностью »

Я — ученый [здесь про это подробнее]. «Пролетарий умственного труда». По образованию физик. Тружусь на ниве обработки медицинской и биологической информации 30+ лет.
В R работаю ровно 10 лет, мигрировав на него после 15 лет плотного сотрудничества с Matlab. Первопричиной миграции на другую рабочую платформу послужила моя собственная физическая миграция на противоположный край Земли в Окланд, Новая Зеландия. Здесь жизнь с первых дней толкнула меня в объятия R, о чем мне еще не приходилось жалеть.

Все чаще наблюдаю вспышки интереса к R в профессиональном ру.нете. Ну вот и на этом уважаемом ресурсе появляются статьи про него. Далее под катом моя первая попытка русскоязычного введения в R — первая (словесная) часть презентации, которую я делал для коллег факультета Animal Science, Iova State University три года назад.
(в сторону: а как, оказывется, трудно себя переводить...)
Читать полностью »

Этот проект был задуман давно. Лет 5 назад я считал, что многие результаты в геномике могут быть получены людьми далекими от биологии, коим я в полной мере являюсь. Конечно за это время я немного нахватался терминологии и немного узнал как работают специалисты. Но чем больше я узнавал как работают специалисты тем большие отторжение это у меня вызывало. Я считаю, что они явно много незаслуженно усложняют в результате чего не простая область становится не проходимой. В то время как все достаточно просто и качественно можно сделать. И да я с ними пытаюсь конкурировать (конечно, только в определенной узкой области), как бы наивно это не выглядело.

Вся проблема этого проекта — это то, что я его единственный полноценный участник. Конечно, я успел со многими за это время поговорить и многие оказали реальное влияние на проект. Всем им спасибо. Понятно, что не коммерческий проект не сильно может рассчитывать на успех. Да, действительно за каждым научным проектом стоит солидные около миллионные вливания и команда серьезных ученных. У нас этого нет, а есть лишь гуманизм и энтузиазм.

Поэтому в первую очередь я нуждаюсь в советах от тех у кого есть опыт в стартапе подобных проектов на не коммерческой основе. Во вторую очередь, нужна собственно команда программистов (от знания биологии, при необходимости, я вас освобожу :) ). А сейчас я хотел бы найти таких энтузиастов, которые могли бы обеспечить работу (скажем скромно) домашней веб-страницы проекта (прошу писать мне на почту tac@inbox.lv или личными сообщениями хабра). И конечно, важен любой другой отклик и предложения.

А ниже я расскажу идею и то на что претендует проект, а также о текущих результатах, а они в худшем случае сравнимы с теми которые дают специалисты. Но я вполне самокритичен, поэтому всегда готов выслушать критику — желательно не в мой адрес, а в адрес проекта.

Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js