Рубрика «биоинформатика» - 12

Существует ли связь между астмой и шизофренией?
Диабет и биполярное расстройство личности — могут ли они иметь что-то общее?
Сможет ли выявить столь нетривиальные связи анализ базы данных по 1500000 пациентов США?
На какие вопросы можно ответить, проанализировав 1 500 000 уникальных историй болезней?
предупреждение: под катом очень много текста
Читать полностью »

Известно, что на любой вопрос можно дать простой, понятный, убедительный неправильный ответ. Временами этот ответ столь прост и убедителен, что его очевидной неправильности попросту не замечают миллиарды людей.

Сегодня я хотел бы рассказать об одном таком простом вопросе и о двух ответах на него: простом, всем известном, но неправильным; и сложном, непонятном, но правильном.

Это рассказ о цветах. Все мы знаем ещё с детства, что белый свет можно разложить в радугу; а затем из цветов радуги можно собрать как обратно белый свет, так и любой другой цвет, воспринимаемый глазом. Более того, мы твёрдо уверены, что любой цвет можно получить, имея всего три базовых цвета — например, красный, зелёный и синий. Мы проделывали это сотни раз с акварельными красками, и сейчас читаем этот текст с экрана монитора, построенного на этом нехитром принципе.

Также все мы со школы знаем, что белый свет — это смесь световых волн разной длины. Используя тот факт, что волны разной длины по-разному преломляются, мы, с помощью призмы, можем получить «чистый» свет с конкретной заданной длиной волны. Каждому из базовых цветов соответствует своя конкретная длина волны; например, красному соответствует свет с длиной волны 635-700 нм, оранжевому — 590-635 нм, жёлтому — 560-590 нм.

Эти два факта отлично известны любому школьнику. Однако почему-то никто не замечает очевидного противоречия между этими двумя фактами. А именно: если мы возьмём монохромный красный свет (скажем, 650 нм) и смешаем с монохромным жёлтым светом (допустим, 570 нм) мы никак не можем получить оранжевый свет с длиной 610 нм — длины волн не складываются и не усредняются, мы просто получим смесь из 650- и 570-нм волн! Тем не менее, если смешать желтую краску с красной — мы получим оранжевую, и это тоже совершенно несомненно.

Читать полностью »

Декодирование изображений из мозга человека

Сегодня в журнале Science публикована научная работа (pdf) с описанием нового метода автоматической реконструкции изображений из мозга человека. Авторы научной работы считают, что их метод более точный, чем предыдущие работы в этой области: хорошо распознаются символы алфавита и простые контрастные фигуры.

Пока что декодер распознаёт только картинки, которые реально видит человек в данный момент, но в будущем он должен работать и на воображаемых изображениях. В этом случае станет возможным, например, набирать текст с закрытыми глазами.
Читать полностью »

Оцифровка человека: мы не готовы
Идея информационной телепортации крайне проста: специальный сканер разбирает объект на атомы, одновременно считывая их полное состояние. Полученные данные передаются в пункт назначения, где 3D-принтер с атомарным разрешением печатает исходный объект. Просто, логично, понятно. Многократно показано в фантастике (например, в фильме «Трон»).
Какова же должна быть пропускная способность сети для комфортной телепортации? Хватит ли нам плохонького 3G от «большой тройки»?
Читать полностью »

Стэнфордские учёные создали компьютер внутри живой клеткиВ XIX веке Чарльз Бэббидж, разрабатывая проект своей вычислительной машины, опирался на механические элементы. ЭНИАК, первая современная универсальная ЭВМ, созданная в середине 40-ых, была основана на особенностях работы вакуумных ламп. Сегодня компьютеры используют транзисторы на основе полупроводниковых элементов для проведения логических операций.

Команда биоинженеров Стэнфордском университете в свою очередь создала логический элемент из генетического материала, который получил название биологический транзистор или транскриптор. Об этом они сообщили в журнале Science 28 марта этого года.

В публикации исследователи описали универсальную систему генетических транзисторов, которая может быть помещена в живую клетку и быть включена или отключена при определенных условиях. Авторы исследования высказывают надежду, что со временем такие группы транзисторов могут стать микроскопическими живыми компьютерами. Компьютеры такого рода могут выполнять разнообразные задачи, к примеру, определять наличие определенного токсина в клетке, считать количество делений раковой клетки или предоставлять детальную и точную информацию о взаимодейтсвии препарата на какой-либо вид клеток.
Читать полностью »

Магистратура Академического университета РАН: делимся опытомКафедра математических и информационных технологий Санкт-Петербургского Академического университета РАН создана в 2008 году. В этом году ей исполняется 5 лет. Настало время подвести промежуточные итоги и поделиться опытом с сообществом.

Мы уже несколько раз писали об этом на хабре. Правда раньше мы ограничивались сухими объявлениями.

Зачем мы решили открыть кафедру?

Читать полностью »

Не последнюю роль в биоинформатике занимает визуализация. Учёные в этой области работают с огромными объёмами информации, которую хорошо бы как-то охватить взглядом и представить в голове. Ярким примером средства визуализации являются браузеры геномов (genome browser), о которых я и хочу рассказать.
Браузеры генома
Читать полностью »

Двое английских учёных Peter Bentley и Christos Sakellariou создали компьютер, который подобно мозгу человека выполняет инструцкии не последовательно, а сегментами в случайном порядке.
По словам учёных, такой механизм позволяет этому компьютеру адаптироваться к критическим ситуациям и обходить их без остановки работы.
Читать полностью »

В предыдущей статье, обсуждение получилось слишком крикливым. Но мы открыли свой сайт и там я переписал более взвешенно. Написанное там рекомендую прочитать, чтобы потом не жаловаться на сложность изложения. На самом деле нужен минимум информации для понимания. Я обещал написать продолжение о своем эксперименте, поэтому те кто заинтересовался проблематикой построения эволюционных деревьев — прошу под кат. Читать полностью »

Я — ученый [здесь про это подробнее]. «Пролетарий умственного труда». По образованию физик. Тружусь на ниве обработки медицинской и биологической информации 30+ лет.
В R работаю ровно 10 лет, мигрировав на него после 15 лет плотного сотрудничества с Matlab. Первопричиной миграции на другую рабочую платформу послужила моя собственная физическая миграция на противоположный край Земли в Окланд, Новая Зеландия. Здесь жизнь с первых дней толкнула меня в объятия R, о чем мне еще не приходилось жалеть.

Все чаще наблюдаю вспышки интереса к R в профессиональном ру.нете. Ну вот и на этом уважаемом ресурсе появляются статьи про него. Далее под катом моя первая попытка русскоязычного введения в R — первая (словесная) часть презентации, которую я делал для коллег факультета Animal Science, Iova State University три года назад.
(в сторону: а как, оказывется, трудно себя переводить...)
Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js